| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 1,681,951 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 1,681,951 | 0 | A | T | 100.0% | 459.8 / NA | 195 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 1,681,952 | 0 | G | C | 100.0% | 452.8 / NA | 195 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (93/102); total (93/102) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,681,953 | 0 | C | G | 99.5% | 454.8 / NA | 195 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (92/102); minor base T (1/0); total (93/102) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.77e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 195 total aligned reads displayed.
ATTCCGTTGCGTGAGGTTGCTGGCTGGGAACACGATCTTCATGCTGCAATGAACAACATTCAGGAAGAAATCGAATTGGTTGGCGAGAATGCGGCGAGCATTGATGCTTATGCAGCCAGCGATCCTGCTGAATGTTTTGCCGTACTTTCTGAATATTTCTTTAGCGCCCCAGAACTTTTTGCTCCTCGTTTCCCTAGTTTGTGGCAACGTTTCTGCCAATTTTATCAACAAGATCCTTTGCAGAGACTGCATCACGCTAATGATACAGACAGCTTTAGCGCGACGAATGTTCATTAATTAACAACTTTGCAGATTAATTAACCAATTGAAATGACTTATGAAATTTAGTGTTGACAGACAAGGTACCGCTAAGTAATATTCGCCCCGTTCACACGATTCCTCTGTAGTTCAGTCGGTAGAACGGCGGACTGTTAATCCGTATGTCACTGGTTCGAGTCCAGTCAGAGGAGCCAAATTCTAAAAATTCGCTTTTTTAGCGCAATGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGTTT > CP042583/1681675‑1682223 ||| aTTCCGTTGCGTGAGGTTGCTGGCTGGGAACACGATCTTCATGCTGCAATGAACAACATTCAGGAAGAAATCGAATTGGTTGGCGAGAATGCGGCGAGCATTGATGCTTATGCAGCCAGCGATCCTGCTGAATGTTTTGCCGTACTTTCTGAATATTTCTTTAGCGCCCCAGAACTTTTTGCTCCTCGTTTCCCTTCATTGTGGCAACGTTTCTGCCAATTTTATCAACAAGATCCTTTGCAGAGACTGCATCACGCTAATGATACAGACTCGTTTTCGGCGACGAATg > 2:710572/1‑289 (MQ=255) 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aacaTTCAGGAAGAAATCGAATTGGTTGGCGAGAATGCGGCGAGCATTGATGCTTATGCAGCCAGCGATCCTGCTGAATGTTTTGCCGTACTTTCTGAATATTTCTTTAGCGCCCCAGAACTTTTTGCTCCTCGTTTCCCTTCATTGTGGCAACGTTTCTGCCAATTTTATCAACAAGATCCTTTGCAGAGACTGCATCACGCTAATGATACAGACTCGTTTTCGGCGACGAATGTTCATTAATTAACAACTTTg > 2:531767/1‑255 (MQ=255) caTTCAGGAAGAAATCGAATTGGTTGGCGAGAATGCGGCGAGCATTGATGCTTATGCAGCCAGCGATCCTGCTGAATGTTTTGCCGTACTTTCTGAATATTTCTTTAGCGCCCCAGAACTTTTTGCTCCTCGTTTCCCTTCATTGTGGCAACGTTTCTGCCAATTTTATCAACAAGATCCTTTGCAGAGACTGCATCACGCTAATGATACAGACTCGTTTTCGGCGACGAATGTTCATTAATTAACAACTTTGCAGATTAATTAACCAATTGAAATGACTTATGAAAtt > 1:1050143/1‑289 (MQ=255) tCAGGAAGAAATCGAATTGGTTGGCGAGAATGCGGCGAGCATTGATGCTTATGCAGCCAGCGATCCTGCTGAATGTTTTGCCGTACTTTCTGAATATTTCTTTAGCGCCCCAGAACTTTTTGCTCCTCGTTTCCCTTCATTGTGGCAACGTTTCTGCCAATTTTATCAACAAGATCCTTTGCAGAGACTGCATCACGCTAATGATACAGACTCGTTTTCGGCGACGAATGTTCATTAATTAACAACTTTGCAGATTAATTAACCAATTGAAATGACTTATGAAATTTAg > 2:1282422/1‑289 (MQ=255) 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agaCTGCATCACGCTAATGATACAGACTCGTTTTCGGCGACGAATGTTCATTAATTAACAACTTTGCAGATTAATTAACCAATTGAAATGACTTATGAAATTTAGTGTTGACAGACAAGGTACCGCTAAGTAATATTCGCCCCGTTCACACGATTCCTCTGTAGTTCAGTCGGTAGAACGGCGGACTGTTAATCCGTATGTCACTGGTTCGAGTCCAGTCAGAGGAGCCAAATTCTAAAAATTCGCTTTTTTAGCGCAATGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGttttt > 2:813970/1‑289 (MQ=255) aTGATACAGACTCGTTTTCGGCGACGAATGTTCATTAATTAACAACTTTGCAGATTAATTAACCAATTGAAATGACTTATGAAATTTAGTGTTGACAGACAAGGTACCGCTAAGTAATATTCGCCCCGTTCACACGATTCCTCTGTAGTTCAGTCGGTAGAACGGCGGACTGTTAATCCGTATGTCACTGGTTCGAGTCCAGTCAGAGGAGCCAAATTCTAAAAATTCGCTTTTTTAGCGCAATGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGtt > 1:510878/1‑289 (MQ=255) tGATACAGACTCGTTTTCGGCGACGAATGTTCATTAATTAACAACTTTGCAGATTAATTAACCAATTGAAATGACTTATGAAATTTAGTGTTGACAGACAAGGTACCGCTAAGTAATATTCGCCCCGTTCACACGATTCCTCTGTAGTTCAGTCGGTAGAACGGCGGACTGTTAATCCGTATGTCACTGGTTCGAGTCCAGTCAGAGGAGCCAAATTCTAAAAATTCGCTTTTTTAGCGCAATGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGttt > 2:130996/1‑289 (MQ=255) ||| ATTCCGTTGCGTGAGGTTGCTGGCTGGGAACACGATCTTCATGCTGCAATGAACAACATTCAGGAAGAAATCGAATTGGTTGGCGAGAATGCGGCGAGCATTGATGCTTATGCAGCCAGCGATCCTGCTGAATGTTTTGCCGTACTTTCTGAATATTTCTTTAGCGCCCCAGAACTTTTTGCTCCTCGTTTCCCTAGTTTGTGGCAACGTTTCTGCCAATTTTATCAACAAGATCCTTTGCAGAGACTGCATCACGCTAATGATACAGACAGCTTTAGCGCGACGAATGTTCATTAATTAACAACTTTGCAGATTAATTAACCAATTGAAATGACTTATGAAATTTAGTGTTGACAGACAAGGTACCGCTAAGTAATATTCGCCCCGTTCACACGATTCCTCTGTAGTTCAGTCGGTAGAACGGCGGACTGTTAATCCGTATGTCACTGGTTCGAGTCCAGTCAGAGGAGCCAAATTCTAAAAATTCGCTTTTTTAGCGCAATGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGTTT > CP042583/1681675‑1682223 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |