| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,694,654 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP042583 | 1,694,654 | 0 | A | T | 100.0% | 454.4 / NA | 191 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (93/98); total (93/98) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,694,655 | 0 | G | C | 99.5% | 445.3 / NA | 191 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (93/97); minor base A (0/1); total (93/98) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,694,656 | 0 | T | A | 100.0% | 455.6 / NA | 191 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (93/98); total (93/98) | |||||||||||
Only 100 of 191 total aligned reads displayed.
AGTGGGACGTAAATGGGCCAATATTGTTGCTAAAAAAACGGCTAAAGACGGTGCAACGTCTAAAATTTATGCAAAATTCGGTGTAGAAATCTATGCTGCTGCTAAACAAGGTGAACCCGATCCAGAATTAAACACATCTTTAAAATTCGTTATTGAACGTGCAAAGCAGGCACAAGTTCCAAAGCACGTTATTGATAAAGCAATTGATAAAGCCAAAGGCGGCGGAGATGAAACGTTCGTGCAGGGACGTTATGAAGGCTTTGGTCCTAATGGCAGTATGATTATCGCCGAGACATTGACTAGTAATGTTAACCGTACGATTGCTAACGTTCGCACAATTTTCAATAAAAAAGGCGGCAATATCGGAGCGGCAGGTTCTGTCAGCTATATGTTTGACAATACGGGTGTGATTGTATTTAAAGGGACAGACCCTGACCATATTTTTGAAATTTTACTTGAAGCTGAAGTTGATGTTCGTGATGTGACTGAAGAAGAAGGTAACATTGTTATTTATACTGAACCTACTGACCTTCATAAAGGAATCGCG > CP042583/1694380‑1694926 ||| aGTGGGACGTAAATGGGCCAATATTGTTGCTAAAAAAACGGCTAAAGACGGTGCAACGTCTAAAATTTATGCAAAATTCGGTGTAGAAATCTATGCTGCTGCTAAACAAGGTGAACCCGATCCAGAATTAAACACATCTTTAAAATTCGTTATTGAACGTGCAAAGCAGGCACAAGTTCCAAAGCACGTTATTGATAAAGCAATTGATAAAGCCAAAGGCGGCGGAGATGAAACGTTCGTGCAGGGACGTTATGAAGGCTTTGGTCCTAATGGCTCAATGATTATCGcc > 1:1262034/1‑289 (MQ=255) 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AGTGGGACGTAAATGGGCCAATATTGTTGCTAAAAAAACGGCTAAAGACGGTGCAACGTCTAAAATTTATGCAAAATTCGGTGTAGAAATCTATGCTGCTGCTAAACAAGGTGAACCCGATCCAGAATTAAACACATCTTTAAAATTCGTTATTGAACGTGCAAAGCAGGCACAAGTTCCAAAGCACGTTATTGATAAAGCAATTGATAAAGCCAAAGGCGGCGGAGATGAAACGTTCGTGCAGGGACGTTATGAAGGCTTTGGTCCTAATGGCAGTATGATTATCGCCGAGACATTGACTAGTAATGTTAACCGTACGATTGCTAACGTTCGCACAATTTTCAATAAAAAAGGCGGCAATATCGGAGCGGCAGGTTCTGTCAGCTATATGTTTGACAATACGGGTGTGATTGTATTTAAAGGGACAGACCCTGACCATATTTTTGAAATTTTACTTGAAGCTGAAGTTGATGTTCGTGATGTGACTGAAGAAGAAGGTAACATTGTTATTTATACTGAACCTACTGACCTTCATAAAGGAATCGCG > CP042583/1694380‑1694926 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |