Predicted mutation | ||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (78/103); total (78/105) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,696,367 | 0 | T | A | 99.5% | 432.3 / NA | 183 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (78/104); minor base C (0/1); total (78/105) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 183 total aligned reads displayed.
TTGCCATAACCCCGGCAAAGGGAGCCGTTAGCCAGGCGATGGCCGTTAATCCAAGA‑GTGGAAAGCCAGAACACATGCCGCAACTGAATCTCTGCTTGCGCTATCTGCCCTACCCCCAACCTTCGGCCTGTAATGATCGTAGAAGCAGAGCCGAGCGCACTTCCGGGTAAGTTGATAAGAGCCGCAATACTAAACGCGATAAAATTTCCGGCAATAACACTGGTCCCCATCCCGGCAACGAACATTTGGGTTAATAACCGACCACTGGTAAATAACACACTTTCGACACTCGCGGGAATACCAATCCCCATGACTTCCCAGATAATGCTAAAATTCAGCGGTTTAAAATAGCTCTTTAAGCTAATCCTTAGCGCAGGATTAAAACCAATCGCCAGCACCCACAAAATTGCAACTGCGCCAATATAACGAGAAATGGTTAAACCCAGCCCTGCCCCGACAAATCCCAGTCCCGGCCAGGAGAAAAGGCCGTAAATCAATATGCCGCTAATAATAATATTAAGAATATTCAGGCTACCGTTAATCAATAGCGGTATTTTCGT > CP042583/1696088‑1696646 ||| atGCCATAACCCCGGCAAAGGGAGCCGTTAGCCAGGCGATGGCCGTTAATCCAAGA‑GTGGAAAGCCAGAACACATGCCGCAACTGAATCTCTGCTTGCGCTATCTGCCCTACCCCCAACCTTCGGCCTGTAATGATCGTAGAAGCAGAGCCGAGCGCACTTCCGGGTAAGTTGATAAGAGCCGCAATTGAAAACGCGATAAAATTTCCGGCAATAACACTGGTCCCCATCCCGGCAACGAACATTTGGGTTAATAACCGACCACTGGTAAATAACACTGATTCGacac > 2:861183/2‑288 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |