| Predicted mutation | ||||||
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| RA | CP042583 | 1,712,480 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 1,712,481 | 0 | C | G | 100.0% | 514.7 / NA | 217 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (120/97); total (120/97) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,712,482 | 0 | T | A | 99.5% | 515.4 / NA | 217 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (119/97); minor base C (1/0); total (120/97) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 217 total aligned reads displayed.
CTCCATGCGAAGCAGATAGCTATCAATGCCACTCATTCGGGCCGCTTCGACACCATCTTGTGTGGTTTTACTCCCGGTGACTTGCCAGCCTCGCGCACTAAGACTCATCGCCAGCGGCATGCCTAACCACCCTAACCCGACAATTGCGACCTTTTTCATCCGTTATCTCCTGATACACCTTAGAT‑CTATAAGGCTACGCTAGCGTATCAAAACTGACAATTCATTCTATGAATGAATCTGTTCAATAATGATAACGACATGCTGCAATGAGCAGACTATCGTCGGTAACCGCGTATACCAGACGGTGCTCCTCTGTAATGCGTCGGGACCAGAAACCACTCAAATTATGTTTCAGGGGTTCTGGCTTCCCCTTACCTTCAAATGGCGTTCTGCGGGTATCTTTGATAAGTTCATTGATCTTTTTAACAATTCGCTTATCTGTTTCCTGCCAGTACAGATAATCGTCCCAACTTTCCTCAGACCAGATTAGTTTCACTCAATGATGTCCTTTTCCGTTCCTTTGCCACTTTTCAGGCTATCGATACTGTCCATCA > CP042583/1712206‑1712759 ||| cTCCATGCGAAGCAGATAGCTATCAATGCCACTCATTCGGGCCGCTTCGACACCATCTTGTGTGGTTTTACTCCCGGTGACTTGCCAGCCTCGCGCTGAAAGTGACATCGCCAGCGGCATGCCTAACCACCCTAACCCGACAATTGCGACCTTTTTCATCCGTTATCTCCTGATACACCTTAGAT‑CTATAAGGCTACGCTAGCGTATCAAAACTGACAATTCATTCTATGAATGAATCTGTTCAATAATGATAACGACATGCTGCAATGAGCAGTGAATCGTTGGTaa < 1:1090102/288‑1 (MQ=255) tCCATGCGAAGCAGATAGCTATCAATGCCACTCATTCGGGCCGCTTCGACACCATCTTGTGTGGTTTTACTCCCGGTGACTTGCCAGCCTCGCGCTGAAAGTGACATCGCCAGCGGCATGCCTAACCACCCTAACCCGACAATTGCGACCTTTTTCATCCGTTATCTCCTGATACACCTTAGAT‑CTATAAGGCTACGCTAGCGTATCAAAACTGACAATTCATTCTATGAATGAATCTGTTCAATAATGATAACGACATGCTGCAATGAGCAGTGAATCGTCGGTAAcc > 1:1556400/1‑289 (MQ=255) cATGCGAAGCAGATAGCTATCAATGCCACTCATTCGGGCCGCTTCGACACCATCTTGTGTGGTTTTACTCCCGGTGACTTGCCAGCCTCGCGCTGAAAGTGACATCGCCAGCGGCATGCCTAACCACCCTAACCCGACAATTGCGACCTTTTTCATCCGTTATCTCCTGATACACCTTAGAT‑CTATAAGGCTACGCTAGCGTATCAAAACTGACAATTCATTCTATGAATGAATCTGTTCAATAATGATAACGACATGCTGCAATGAGCAGTGAATCGTCGGTAACcgc < 1:1065752/289‑1 (MQ=255) cATGCGAAGCAGATAGCTATCAATGCCACTCATTCGGGCCGCTTCGACACCATCTTGTGTGGTTTTACTCCCGGTGACTTGCCAGCCTCGCGCTGAAAGTGACATCGCCAGCGGCATGCCTAACCACCCTAACCCGACAATTGCGACCTTTTTCATCCGTTATCTCCTGATACACCTTAGAT‑CTATAAGGCTACGCTAGCGTATCAAAACTGACAATTCATTCTATGAATGAATCTGTTCAATAATGATAACGACATGCTGCAATGAGCAGTGAATCGTCGGTAACcgc < 2:728942/289‑1 (MQ=255) 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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |