| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 1,712,543 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 1,712,543 | 0 | A | T | 100.0% | 594.3 / NA | 248 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 1,712,544 | 0 | C | G | 99.6% | 584.8 / NA | 248 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (146/101); minor base T (0/1); total (146/102) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.11e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,712,545 | 0 | T | A | 100.0% | 590.4 / NA | 248 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (146/102); total (146/102) | |||||||||||
Only 100 of 248 total aligned reads displayed.
TGTGGTTTTACTCCCGGTGACTTGCCAGCCTCGCGCACTAAGACTCATCGCCAGCGGCATGCCTAACCACCCTAACCCGACAATTGCGACCTTTTTCATCCGTTATCTCCTGATACACCTTAGATCTATAAGGCTACGCTAGCGTATCAAAACTGACAATTCATTCTATGAATGAATCTGTTCAATAATGATAACGACATGCTGCAATGAGCAGACTATCGTCGGTAACCGCGTATACCAGACGGTGCTCCTCTGTAATGCGTCGGGACCAGAAACCACTCAAATTATGTTTCAGGGGTTCTGGCTTCCCCTTACCTTCAAATGGCGTTCTGCGGGTATCTTTGATAAGTTCATTGATCTTTTTAACAATTCGCTTATCTGTTTCCTGCCAGTACAGATAATCGTCCCAACTTTCCTCAGACCAGATTAGTTTCACTCAATGATGTCCTTTTCCGTTCCTTTGCCACTTTTCAGGCTATCGATACTGTCCATCAATCTCCGGGCGTTAGCGGGGGAGCGCAGTAGATAAGCCGTCTCTTCCAGGCTGTTGTATTCTTC > CP042583/1712266‑1712823 ||| ttttCCTCCCGGTGACTTGCCTGCCTCTCGCTGAAAGTGACATCGCCAGCGGCATGCCTAACCACCCTAACCCGACAATTGCGACCTTTTTCATCCGTTATCTCCTGATACACCTTAGATCTATAAGGCTACGCTAGCGTATCAAAACTGACAATTCATTCTATGAATGAATCTGTTCAATAATGATAACGACATGCTGCAATGAGCAGTGAATCGTCGGTAACCGCGTATACCAGACGGTGCTCCTCTGTAATGCGTCGGGACCAGAAACCTGACAAATTATGTTTc < 2:680944/288‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |