Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 508,313 | 2 bp→GC | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 508,313 | 0 | A | G | 100.0% | 524.5 / NA | 227 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 508,314 | 0 | T | C | 99.6% | 524.1 / NA | 227 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); major base C (106/119); minor base G (0/1); total (107/120) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 227 total aligned reads displayed.
CTTTTATCGCCAGAAGCGCGATATTCTGGTGAATGCTTTAAATGAAAGCCGGCTGGAGATTTTACCGTGTGAAGGTACATACTTTTTGCTGGTGGATTACAGCGCGGTTTCTACCCTGGATGATGTTGAGTTTTGCCAGTGGCTGACGCAGGAGCA‑CGGCGTAGCGGCGATTCCGCTGAGCGTGTTTTGCGCCGATCCCTTCCCACATAAACTGATTCGTCTCTGTTTTGCCAAGAAGGAAAGCACGTTGCTGGCAGCAGCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAATTATTTAACCGTCCAGGCGCGGGAATATTGACGGTCGGCAAACAACTCTTGCAGGCCGTTAATTTGCTTCAGGCGCAGCACTTCGTCGCTGTCCATTCCCAGCTCTTTGCCAATTTTATTATCGTCCCATCCCAACTGGCTAAGTTCACGGACGATTTCGCTCATGGCGGTGATTTGATGGCGTCCACGAGCGCGATTATGACGAATAGTCGCGGCGATGCGTTGATTACGCGTACCTTCCAGACAGGTCACCGGCAAATAACCTTTTAAGCGTAATTTTAAA > CP042583/508031‑508596 || cTTTTATCGCCAGAAGCGCGATATTCTGGTGAATGCTTTAAATGAAAGCCGGCTGGAGATTTTACCGTGTGAAGGTACATACTTTTTGCTGGTGGATTACAGCGCGGTTTCTACCCTGGATGATGTTGAGTTTTGCCAGTGGCTGACGCAGGAGCA‑CGGCGTAGCGGCGATTCCGCTGTCGGTGTTTTGCGCCGATCCCTTCCCACATAAACTGATTCGTCTCTGTTTTGCCAAGAAGGAATCGACGTTGCTGGCAGCAGCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAGCTAttt < 1:284212/289‑1 (MQ=255) ttttATCGCCAGAAGCGCGATATTCTGGTGAATGCTTTAAATGAAAGCCGGCTGGAGATTTTACCGTGTGAAGGTACATACTTTTTGCTGGTGGATTACAGCGCGGTTTCTACCCTGGATGATGTTGAGTTTTGCCAGTGGCTGACGCAGGAGCA‑CGGCGTAGCGGCGATTCCGCTGTCGGTGTTTTGCGCCGATCCCTTCCCACATAAACTGATTCGTCTCTGTTTTGCCAAGAAGGAATCGACGTTGCTGGCAGCAGCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAGCTATTTa < 2:1007512/289‑1 (MQ=255) tttATCGCCAGAAGCGCGATATTCTGGTGAATGCTTTAAATGAAAGCCGGCTGGAGATTTTACCGTGTGAAGGTACATACTTTTTGCTGGTGGATTACAGCGCGGTTTCTACCCTGGATGATGTTGAGTTTTGCCAGTGGCTGACGCAGGAGCA‑CGGCGTAGCGGCGATTCCGCTGTCGGTGTTTTGCGCCGATCCCTTCCCACATAAACTGATTCGTCTCTGTTTTGCCAAGAAGGAATCGACGTTGCTGGCAGCAGCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAGCTATTTaa < 1:1699480/289‑1 (MQ=255) tttATCGCCAGAAGCGCGATATTCTGGTGAATGCTTTAAATGAAAGCCGGCTGGAGATTTTACCGTGTGAAGGTACATACTTTTTGCTGGTGGATTACAGCGCGGTTTCTACCCTGGATGATGTTGAGTTTTGCCAGTGGCTGACGCAGGAGCA‑CGGCGTAGCGGCGATTCCGCTGTCGGTGTTTTGCGCCGATCCCTTCCCACATAAACTGATTCGTCTCTGTTTTGCCAAGAAGGAATCGACGTTGCTGGCAGCAGCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAGCTATTTaa < 1:1437738/289‑1 (MQ=255) ttATCGCCAGAAGCGCGATATTCTGGTGAATGCTTTAAATGAAAGCCGGCTGGAGATTTTACCGTGTGAAGGTACATACTTTTTGCTGGTGGATTACAGCGCGGTTTCTACCCTGGATGATGTTGAGTTTTGCCAGTGGCTGACGCAGGAGCA‑CGGCGTAGCGGCGATTCCGCTGTCGGTGTTTTGCGCCGCTCCCTTCCCACATACACTGATTCGTCACTGTTTTGCCAAGAAGGAACCGACGTTTCTGGCAGAATCTGGACGACTGCGCTAGCTTTAGTCATCTaa > 2:567265/1‑288 (MQ=255) atactggcgATGTTCTGGGGAATGGTTTAAATGAAAGCCGGCTGGAGATTTTACCGTGTGTATGTGCATACTTTTTGCTGGTGGATTACAGCGCGGTTTCTACCCTGGATGATGTTGAGTTTTGCCAGTGGCTGACGCAGGAGCA‑CGGCGTAGCGGCGATTCCGCTGTCGGTGTTTTGCGCCGATACCTTCCCGCGTAAACTGATTCGTCTCTGTTTTGCCAAGAAGGAATCGACGTTGCTGGCAGCAGCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAGCTATTTAACCGTCCAgg < 2:179156/283‑1 (MQ=255) aaGCGCGATATTCTGGTGAATGCTTTAAATGAAAGCCGGCTGGAGATTTTACCGTGTGAAGGTACATACTTTTTGCTGGTGGATTACAGCGCGGTTTCTACCCTGGATGATGTTGAGTTTTGCCAGTGGCTGACGCAGGAGCA‑CGGCGTAGCGGCGATTCCGCTGTCGGTGTTTTGCGCCGATCCCTTCCCACATAAACTGATTCGTCTCTGTTTTGCCAAGAAGGAATCGACGTTGCTGGCAGCAGCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAGCTATTTAACCGTCCAGgc > 2:1777339/1‑288 (MQ=255) 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aaTGCTTTAAATGAAAGCCGGCTGGAGATTTTACCGTGTGAAGGTACATACTTTTTGCTGGTGGATTACAGCGCGGTTTCTACCCTGGATGATGTTGAGTTTTGCCAGTGGCTGACGCAGGAGCA‑CGGCGTAGCGGCGATTCCGCTGTCGGTGTTTTGCGCCGATCCCTTCCCACATAAACTGATTCGTCTCTGTTTTGCCAAGAAGGAATCGACGTTGCTGGCAGCAGCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAGCTATTTAACCGTCCAGgcg > 2:449128/1‑271 (MQ=255) aTGCTTTAAATGAAAGCCGGCTGGAGATTTTACCGTGTGAAGGTACATACTTTTTGCTGGTGGATTACAGCGCGGTTTCTACCCTGGATGATGTTGAGTTTTGCCAGTGGCTGACGCAGGAGCA‑CGGCGTAGCGGCGATTCCGCTGTCGGTGTTTTGCGCCGATCCCTTCCCACATAAACTGATTCGTCTCTGTTTTGCCAAGAAGGAATCGACGTTGCTGGCAGCAGCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAGCTATTTAACCGTCCAGGCGCGGGAATATTGACGGTCg < 1:998798/288‑1 (MQ=255) tGCTTTAAATGAAAGCCGGCTGGAGATTTTACCGTGTGAAGGTACATACTTTTTGCTGGTGGATTACAGCGCGGTTTCTACCCTGGATGATGTTGAGTTTTGCCAGTGGCTGACGCAGGAGCA‑CGGCGTAGCGGCGATTCCGCTGTCGGTGTTTTGCGCCGATCCCTTCCCACATAAACTGATTCGTCTCTGTTTTGCCAAGAAGGAATCGACGTTGCTGGCAGCAGCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAGCTATTTAACCGTCCAGGCGCGGGAATATTGACGGTCg > 1:79984/1‑287 (MQ=255) 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tGCTTTAAATGAAAGCCGGCTGGAGATTTTACCGTGTGAAGGTACATACTTTTTGCTGGTGGATTACAGCGCGGTTTCTACCCTGGATGATGTTGAGTTTTGCCAGTGGCTGACGCAGGAGCA‑CGGCGTAGCGGCGATTCCGCTGTCGGTGTTTTGCGCCGATCCCTTCCCACATAAACTGATTCGTCCCTGTTTTGCCAAGAAGGAATCGACGTTGCTGGCAGCAGCTGAACGCCTGCTCCAGCTTTAGCTATTTAACCGCTCAGGCGCGGGAATCGTGACGGTCGGc > 2:895858/1‑289 (MQ=255) tttAAATGAAAGCCGGCTGGAGATTTTACCGTGTGAAGGTACATACTTTTTGCTGGTGGATTACAGCGCGGTTTCTACCCTGGATGATGTTGAGTTTTGCCAGTGGCTGACGCAGGAGCA‑CGGCGTAGCGGCGATTCCGCTGTCGGTGTTTTGCGCCGATCCCTTCCCACATAAACTGATTCGTCTCTGTTTTGCCAAGAAGGAATCGACGTTGCTGGCAGCAGCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAGCTATTTAACCGTCCAGGCGCGGGAATATTGACGGTCGGCaaa > 1:760259/1‑289 (MQ=255) ttAAATGAAAGCCGGCTTGAGATTTTACCGTGTGAAGGTACATACTTTTTGCTGGTGGATTACAGCGCGGTTTCTACCCTGGATGATGTTGAGTTTTGCCAGTGGCTGACGCAGGAGCA‑CGGCGTAGCGGCGATTCCGCTGTCGGTGTTTTGCGCCGATCCCTTCCCACATAAACTGATTCGTCTCTGTTTTGCCAAGAAGGAATCGACGTTGCTGGCAGCAGCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAGCTATTTAACCGTCCAGGCGCGGGAATATTGACGGTCGGCAaac < 2:201127/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |