Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,712,908 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,712,908 | 0 | G | C | 99.6% | 551.8 / NA | 236 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,712,909 | 0 | C | G | 100.0% | 554.1 / NA | 236 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (97/139); total (97/139) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,712,910 | 0 | T | A | 99.6% | 559.5 / ‑5.7 | 236 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (97/138); minor base G (0/1); total (97/139) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 |
Only 100 of 236 total aligned reads displayed.
ACAATTCGCTTATCTGTTTCCTGCCAGTACAGATAATCGTCCCAACTTTCCTCAGACCAGATTAGTTTCACTCAATGATGTCCTTTTCCGTTCCTTTGCCACTTTTCAGGCTATCGATACTGTCCATCAATCTCCGGGCGTTAGCGGGGGAGCGCAGTAGATAAGCCGTCTCTTCCAGGCTGTTGTATTCTTCGAGACTCATCAGAACACAAGCCTCTCCATTCTGACGAGTAATAAGGATCGGGGCATGATCTTCAACGGCTTTCATCATTGTTGCGCTCAAATTCTGACGCGCTTCGCTGTAGCTAATTGTACGCATGTCAATCTCCTCTTTTGTACAGTTCATTGTACAATGATGAGCGTTAATTAACTATTTATTAATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGTGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAATATATAAAAAAGCCCTTGCTTTCTAACGTGAAAGTGGTT > CP042583/1712631‑1713187 ||| aTTCGCTTCTCTGTTTCCTGCCAGTACAGATAAGCGTCCCATGATTCCTCAGACCAAATTAATTTCACTCAATGATGTCCTTTTCCGTTCCTTTGCCTGATTTCAGGCTATCGGTTGAGTCCATCAATCTCCGGGCGTTAGCGGGGGAGCGCAGTAGATAAGCCGTCTCTTCCAGCGAGTTGTATTCTTCGAGTGACATCAGAACACAAGCCTCTCCATTCTGACGAGTAATAAGGATCGGGGCATGATCTTCAACGGCTTTCATCATTGTTGCCGACAAATTCTGAcg < 1:1368785/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |