| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,714,813 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,714,813 | 0 | A | T | 100.0% | 386.3 / NA | 166 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (84/82); total (84/82) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,714,814 | 0 | G | C | 98.8% | 390.7 / NA | 172 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base C (89/81); total (89/83) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.31e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,714,815 | 0 | T | A | 99.4% | 404.7 / NA | 172 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (89/82); minor base G (0/1); total (89/83) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.83e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 172 total aligned reads displayed.
TGCAGAGGAGATCGCCGCCGCCAGCGAACGCCTGAGCGACGAGCTAAAACAGGCGATGGCGGTGGCAGTAAAGAATATTGAAACCTTCCACACTGCGCAAAAACTGCCGCCGGTAGATGTAGAAACGCAGCCAGGCGTGCGTTGC‑CAGCAGGTCACGCGTCCGGTAGCTAGTGTTGGGTTGTATATTCCTGGCGGCTCCGCCCCGCTCTTCAGTACGGTATTAATGCTGGCGACTCCGGCGAGTATTGCGGGCTGTAAAAAAGTGGTGCTGTGCAGTCCGCCGCCGATTGCCGATGAGATCCTTTATGCGGCGCAGCTGTGCGGTGTGCAGGACGTGTTTAACGTCGGCGGCGCACAGGCCATTGCCGCACTGGCGTTTGGTACGGAATCTGTGCCAAAAGTGGACAAAATCTTCGGGCCGGGTAACGCCTTTGTCACCGAAGCGAAACGTCAGGTGAGCCAGCGTCTGGACGGTGCGGCGATCGATATGCCCGCAGGCCCGAGCGAAGTGCTGGTGATTGCTGACAGCGGCGCTACGCCGGATTTCGTGGCT > CP042583/1714539‑1715091 ||| tGCAGAGGAGATCGCCGCCGCCAGCGAACGCCTGAGCGACGAGCTAAAACAGGCGATGGCGGTGGCAGTAAAGAATATTGAAACCTTCCACACTGCGCAAAAACTGCCGCCGGTAGATGTAGAAACGCAGCCAGGCGTGCGTTGC‑CAGCAGGTCACGCGTCCGGTAGCTTCAGTTGGGTTGTATATTCCTGGCGGCTCCGCCCCGCTCTTCTCAACGGTATTAATGCTGGCGACTCCGGCGAGTATTGCGGGCTGTAAAAAAGTGGTGCTGTGCTCACCGCCGCCGAtt > 1:931212/1‑289 (MQ=255) gggagATCGCCGCCGCACGCGAACGCCTGAGCGACGAGCTAAAACAGGCGATGGCGGTGGCAGTAAAGAATATTGAACCCTTCCACACTGCGCAAAAACTGCCGCCGGTAGATGTAGAAACGCAGCCAGGCGTGCGTTGC‑CAGCAGGTCACGCGTCCGGTAGCTTCAGTTGGGTTGTATATTCCTGGCGGCTCCGCCCCGCTCTTCTCAACGGTATTAATGCTGGCGACTCCGGCGAGTATTGCGGGCTGTAAAAAAGTGGTGCTGTGCTCACCGCCGCCGATTGCCg < 2:1246543/287‑1 (MQ=255) gagaTCGCCGCCGCCAGCGAACGCCTGAGCGACGAGCTAAAACAGGCGATGGCGGTGGCAGTAAAGAATATTGAAACCTTCCACACTGCGCAAAAACTGCCGCCGGTAGATGTAGAAACGCAGCCAGGCGTGCGTTGC‑CAGCAGGTCACGCGTCCGGTAGCTTCAGTTGGGTTGTATATTCCTGGCGGCTCCGCCCCGCTCTTCTCAACGGTATTAATGCTGGCGACTCCGGCGAGTATTTCGGGCTGTAAAAAAGTGGTGCTGTGCTCACCGCCGCCGCTCTCCGATg > 1:969424/1‑289 (MQ=255) cgccgccgcCAGCGAACGCCTGAGCGACGAGCTAAAACAGGCGATGGCGGTGGCAGTAAAGAATATTGAAACCTTCCACACTGCGCAAAAACTGCCGCCGGTAGATGTAGAAACGCAGCCAGGCGTGCGTTGC‑CAGCAGGTCACGCGTCCGGTAGCTTCAGTTGGGTTGTATATTCCTGGCGGCTCCGCCCCGCTCTTCTCAACGGTATTAATGCTGGCGACTCCGGCGAGTATTGCGGGCTGTAAAAAAGTGGTGCTGTGCTCACCGCCGCCGATTGCCGATgag < 1:1078518/286‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |