| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,715,041 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,715,041 | 0 | A | T | 96.7% | 408.8 / ‑5.8 | 187 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); major base T (93/84); minor base G (4/2); total (100/87) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.86e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,715,042 | 0 | G | C | 98.9% | 427.1 / NA | 187 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base C (99/86); total (100/87) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,715,043 | 0 | C | G | 98.4% | 425.9 / NA | 187 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/1); new base G (98/85); total (100/87) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 187 total aligned reads displayed.
GGCGACTCCGGCGAGTATTGCGGGCTGTAAAAAAGTGGTGCTGTGCAGTCCGCCGCCGATTGCCGATGAGATCCTTTATGCGGCGCAGCTGTGCGGTGTGCAGGACGTGTTTAACGTCGGCGGCGCACAGGCCATTGCCGCACTGGCGTTTGGTACGGAATCTGTGCCAAAAGTGGACAAAATCTTCGGGCCGGGTAACGCCTTTGTCACCGAAGCGAAACGTCAGGTGAGCCAGCGTCTGGACGGTGCGGCGATCGATATGCCCGCAGGCCCGAGCGAAGTGCTGGTGATTGCTGACAGCGGCGCTACGCCGGATTTCGTGGCTTCTGATTTGCTCTCTCAGGCTGAACACGGCCCGGACAG‑TCAGGTGATTTTACTGACGCCCGCTGCTGATATGGCGCGTCGCGTTGCCGAGGCCGTCGAACGCCAACTGGCAGAACTGCCGCGTGCCGAAACCGCCCGCCAGGCACTGAACGCCAGCCGCCTGATCGTGACTAAAGATTTAGCGCAGTGCGTGGAGATCTCCAACCAGTACGGCCCGGAGCACCTGATCAT > CP042583/1714767‑1715321 ||| ggCGACTCCGGCGAGTATTGCGGGCTGTAAAAAAGTGGTGCTGTGCTCACCGCCGCCGATTGCCGATGAGATCCTTTATGCGGCGCAGCTGTGCGGTGTGCAGGACGTGTTTAACGTCGGCGGCGCACAGGCCATTGCCGCACTGGCGTTTGGTACGGAATCTGTGCCAAAAGTGGACAAAATCTTTGGGCCGGGTAACGCCTTTGTCACCGAAGCGAAACGTCAGGTGAGCCAGCGTCTGGACGGTGCGGCGATCGATATGCCCGCAGGCCCGTCGGAAGTGCTGGTg > 1:1136115/1‑289 (MQ=255)ggCGACTCCGGCGAGTATTGCGGGCTGTAAAAAAGTGGTGCTGTGCTCACCGCCGCCGATTGCCGATGAGATCCTTTATGCGGCGCAGCTGTGCGGTGTGCAGGACGTGTTTAACGTCGGCGGCGCACAGGCCATTGCCGCACTGGCGTTTGGTACGGAATCTGTGCCAAAAGTGGACAAAATCTTCGGGCCGGGTAACGCCTTTGTCACCGAAGCGAAACGTCAGGTGAGCCAGCGTCTGGACGGTGCGGCGATCGATATGCCCGCAGGCCCGTCGGAAGTGCTGGTg > 1:1206926/1‑289 (MQ=255)ggCGACTCCGGCGAGTATTGCGGGCTGTAAAAAAGTGGTGCTGTGCTCACCGCCGCCGATTGCCGATGAGATCCTTTATGCGGCGCAGCTGTGCGGTGTGCAGGACGTGTTTAACGTCGGCGGCGCACAGGCCATTGCCGCACTGGCGCTTGGTACGGAATCTGTGCCCAAAGTGGACAAAATCTTCGGGCCGGGTAACGCCTTTGGCACCGAAGCCAAACGCCCGGTGAGGCAGCGGCGTGACGGTGGCGCGATCGCTATGCCCGCAGGCCCGTCGGCAGTGCTGGTg > 2:1932669/1‑289 (MQ=255) aCTCCGGCGAGTATTGCGGGCTGTAAAAAAGTGGTGCTGTGCTCACCGCCGCCGATTGCCGATGAGATCCTTTATGCGGCGCAGCTGTGCGGTGTGCAGGACGTGTTTAACGTCGGCGGCGCACAGGCCATTGCCGCACTGGCGTTTGGTACGGAATCTGTGCCAAAAGTGGACAAAATCTTCGGGCCGGGTAACGCCTTTGTCACCGAAGCGAAACGTCAGGTGAGCCAGCGTCTGGACGGTGCGGCGATCGATATGCCCGCAGGCCCGTCGGCAGTGCTGGTGAtt > 1:356952/1‑288 (MQ=255) 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tAAAAAAGTGGTGCTGTGCTCACCGCCGCCGATTGCCGATGAGATCCTTTATGCGGCGCAGCTGTGCGGTGTGCAGGACGTGTTTAACGTCGGCGGCGCACAGGCCATTGCCGCACTGGCGTTTGGTACGGAATCTGTGCCAAAAGTGGACAAAATCTTCGGGCCGGGTAACGCCTTTGTCACCGAAGCGAAACGTACGGTGCGCCAGCGTCTGGACGGTGCGGCGATCGATATGCCCGCAGGCCCGTCGGAAGGGCGGGGGGTTGCTGACCGCGGCGCTACCGCGGa > 2:1748404/1‑288 (MQ=255) gtgctgtgctCACCGCCGCCGATTGCCGATGAGATCCTTTATGCGGCGCAGCTGTGCGGTGTGCAGGACGTGTTTAACGTCGGCGGCGCACAGGCCATTGCCGCACTGGCGTTTGGTACGGAATCTGTGCCAAAAGTGGACAAAATCTTCGGGCCGGGTAACGCCTTTGTCACCGAAGCGAAACGTCAGGTGAGCCAGCGTCTGGACGGTGCGGCGATCGATATGCCCGCAGGCCCGTCGGAAGTTCCGGGGATTGCTGGCAGCGGCGCGACCCCGGATTGCGTGGCt > 2:169947/1‑288 (MQ=255) gtgctgtgctCACCGCCGCCGATTGCCGATGAGATCCTTTATGCGGCGCAGCTGTGCGGTGTGCAGGACGTGTTTAACGTCGGCGGCGCACAGGCCATTGCCGCACTGGCGTTTGGTACGGAATCTGTGCCAAAAGTGGACAAAATCTTCGGGCCGGGTAACGCCTTTGTCACCGAAGCGAAACGTCAGGTGAGCCAGCGTCTGGACGGTGCGGCGATCGATATGCCCGCAGGCCCGTCGGAAGTGCTGGTGATTGCTGACAGCGGCGCTACGCCGGATTTCGTGGCt > 1:468013/1‑288 (MQ=255) caccgccgccgATTGCCGATGAGATCCTTTATGCGGCGCAGCTGTGCGGTGTGCAGGACGTGTTTAACGTCGGCGGCGCACAGGCCATTGCCGCACTGGCGTTTGGTACGGAATCTGTGCCAAAAGTGGACAAAATCTTCGGGCCGGGTAACGCCTTTGTCACCGAAGCGAAACGTCAGGTGAGCCAGCGTCTGGACGGTGCGGCGATCGATATGCCCGCAGGCCCGTCGGAAGTGCTGGTGATTGCTGACAGCGGCGCTACGCCGGATTTCGTGGCTTCTGATTTGct < 1:1822065/287‑1 (MQ=255) gcggccgATTGCCGATGAGATCCTTTATGCGGCGCAGCTGTGCGGTGTGCAGGACGTGTTTAACGTCGGCGGCGCACAGGCCATTGCCGCACTGGCGTTTGGTACGGAATCTGTGCCAAAAGTGGACAAAATCTTCGGGCCGGGTAACGCCTTTGTCACCGAAGCGAAACGTCAGGTGAGCCAGCGTCTGGACGGTGCGGCGATCGATATGCCCGCAGGCCCGTCGGAAGTGCTGGTGATTGCTGACAGCGGCGCTACGCCGGATTTCGTGGCTTCTGATTTGctctct < 1:1695517/286‑1 (MQ=255) cgccgATTGCCGATGAGATCCTTTATGCGGCGCAGCTGTGCGGTGTGCAGGACGTGTTTAACGTCGGCGGCGCACAGGCCATTGCCGCACTGGCGTTTGGTACGGAATCTGTGCCAAAAGTGGACAAAATCTTCGGGCCGGGTAACGCCTTTGTCACCGAAGCGAAACGTCAGGTGAGCCAGCGTCTGGACGGTGCGGCGATCGATATGCACGCAGGCCCGGCGGAAGTGGTGGGGATTGGTGACAGCTGCGCGACCCCGGCGCTTCTGGCCTCTGCTCTGctctccc > 2:154724/1‑286 (MQ=255) cgccgATTGCCGATGAGATCCTTTATGCGGCGCAGCTGTGCGGTGTGCAGGACGTGTTTAACGTCGGCAGCGCACAGGCCATTGCCACACTGGCGTTTGGTACGGAACCTGTGCCAAAAGTGGACAAAATCTTCGGGCCGGGTCACGCCTTTGTCACCGAAGCGAAACGTCAGGTGAGCCAGCGTCTGGACGGTGCGCCGACCGATATGCCCGCAGGCCCGTCCGCACTGCTGGCGATGGCCGACAGCGGCGCTAACCCCGCTTGCGTGCCTTCtactttcgtctgtc > 2:1178506/1‑275 (MQ=255) ccgATTGCCGATGAGATCCTTTATGCGGCGCAGCTGTGCGGTGTGCAGGACGTGTTTAACGTCGGCGGCGCACAGGCCATTGCCGCACTGGCGTTTGGTACGGAATCTGTGCCAAAAGTGGACAAAATCTTCGGGCCGGGTAACGCCTTTGTCACCGAAGCGAAACGTCAGGTGAGCCAGCGTCTGGACGGTGCGGCGATCGATATGCCCGCAGGCCCGGCGGAAGGGCTGGTGATTGCTGACAGCGGCGCTACGCCGGATTTCGGGGCTTCTGGTTTGCTCTCTCAgg > 1:578160/1‑289 (MQ=255) tGCCGATGAGATCCTTTATGCGGCGCAGCTGTGCGGTGTGCAGGACGTGTTTAACGTCGGCGGCGCACAGGCCATTGCCGCACTGGCGTTTGGTACGGAATCTGTGCCAAAAGTGGACAAAATCTTCGGGCCGGGTAACGCCTTTGTCACCGAAGCGAAACGTCAGGTGAGCCAGCGTCTGGACGGTGCGGCGATCGATATGCCCGCAGGCCCGTCGGAAGTGCTGGTGATTGCTGACAGCGGCGCTACGCCGGATTTCGTGGCTTCTGATTTGCTCTCTCAGGCTGa > 1:1752288/1‑288 (MQ=255) 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GGCGACTCCGGCGAGTATTGCGGGCTGTAAAAAAGTGGTGCTGTGCAGTCCGCCGCCGATTGCCGATGAGATCCTTTATGCGGCGCAGCTGTGCGGTGTGCAGGACGTGTTTAACGTCGGCGGCGCACAGGCCATTGCCGCACTGGCGTTTGGTACGGAATCTGTGCCAAAAGTGGACAAAATCTTCGGGCCGGGTAACGCCTTTGTCACCGAAGCGAAACGTCAGGTGAGCCAGCGTCTGGACGGTGCGGCGATCGATATGCCCGCAGGCCCGAGCGAAGTGCTGGTGATTGCTGACAGCGGCGCTACGCCGGATTTCGTGGCTTCTGATTTGCTCTCTCAGGCTGAACACGGCCCGGACAG‑TCAGGTGATTTTACTGACGCCCGCTGCTGATATGGCGCGTCGCGTTGCCGAGGCCGTCGAACGCCAACTGGCAGAACTGCCGCGTGCCGAAACCGCCCGCCAGGCACTGAACGCCAGCCGCCTGATCGTGACTAAAGATTTAGCGCAGTGCGTGGAGATCTCCAACCAGTACGGCCCGGAGCACCTGATCAT > CP042583/1714767‑1715321 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |