| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 509,009 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 509,009 | 0 | A | T | 100.0% | 538.2 / NA | 227 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (117/110); total (117/110) | |||||||||||
| * | CP042583 | 509,010 | 0 | C | G | 99.6% | 532.8 / NA | 227 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (116/110); minor base T (1/0); total (117/110) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 509,011 | 0 | T | A | 99.1% | 532.1 / NA | 227 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); new base A (116/109); total (117/110) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 228 total aligned reads displayed.
TGGTGCCACGTTGTTTGGGTTGTAATCATTAGGCATAAGTTGGCTGTTTTTAACCCACAGAACGCAATCCACTGGCTCTTCACGAAAGGGGCTAACCTGATGGATCGCCATGCGGATTTCATTAATCGCTTTGATGCGATCATCTTCCGGCAAGCTGGCGAGAAATTGCGTTAAATCCTGCGTTAATCGTTGTTGCATAGTATCCCCCATTCCTGACGTTTTCCTTTTATCCGTTCGTTATAACGCTGATAGTTCTTGCTTTTTGTGGGGCTAAAACTTAATGCCCGACACCAGTAATCGTTATTGAGTAAAACTTTGCATATCCGCCGCCAGGAGGGGATATCTTTCGCGCCAATGTCCCCTTGCTGGGTTTGTGGAACCTCGATGCCTTTTTTCTGATACCAGTGCAAATAAATGGCGATTTTATTGCGGTAATGCTCAGCTGTTTTTTCCGGCATGCTATTGAGCAGCAATAATGCATATTCTTGCCAGTCTAAATGTTCTGGCTTGAGGATTTTCCGATGCCCATAGAAATGATTGTCATGTCCGGCGTAAATGCCGC > CP042583/508734‑509295 ||| ggtgCCACGTTGTTTGGGTTGTAATCATTAGGCATAAGTTGGCTGTTTTTAACCCACAGAACGCAATCCACTGGCTCTTCACGAAAGGGGCTAACCTGATGGATCGCCATGCGGATTTCATTAATCGCTTTGATGCGATCATCTTCCGGCAAGCTGGCGAGAAATTGCGTTAAATCCTGCGTTAATCGTTGTTGCATAGTATCCCCCATTCCTGACGTTTTCCTTTTATCCGTTCGTTATAACGCTGATAGTTCTTCGATTTTGTGGGGCTAAATGATAATGCCCGac < 1:1180000/288‑1 (MQ=255) ggtgCCACGTTGTTTGGGTTGTAATCATTAGGCATAAGTTGGCTGTTTTTAACCCACAGAACGCAATCCACTGGCTCTTCACGAAAGGGGCTAACCTGATGGATCGCCATGCGGATTTCATTAATCGCTTTGATGCGATCATCTTCCGGCAAGCTGGCGAGAAATTGCGTTAAATCCTGCGTTAATCGTTGTTGCATAGTATCCCCCATTCCTGACGTTTTCCTTTTATCCGTTCGTTATAACGCTGATAGTTCTTCGATTTTGTGGGGCTAAATGATAATGCCCGac > 1:1299762/1‑288 (MQ=255) cGTTGTTTGGTTTGTAATCATTAGGCATAAGTTGGCTGTTTTTACCCCACAGAACGCACTCCACTGGCTCTTCACGAAAGGGGCTAACCTGATGGATCGCCATGCGGATTTCATTAATCGCTTTGATGCGATCATCTTCCGGCAAGCTGGCGAGAAATTGCGTTAAATCCTGCGTTAATCGTTGTTGCATAGTATCCCCCATTCCTGACGTTTTCCTTTTATCCGTTCGTTATAACGCTGATAGTTCTTCGAGTTTGTGGGGCTAAATGATAATGCCCGACACCAGTaa < 1:910133/289‑1 (MQ=255) tttGGGTTGTAATCATTAGGCATAAGTTGGCTGTTTTTAACCCACAGAACGCAATCCACTGGCTCTTCACGAAAGGGGCTAACCTGATGGATCGCCATGCGGATTTCATTAATCGCTTTGATGCGATCATCTTCCGGCAAGCTGGCGAGAAATTGCGTTAAATCCTGCGTTAATCGTTGTTGCATAGTATCCCCCATTCCTGACGTTTTCCTTTTATCCGTTCGTTATAACGCTGATAGTTCTTCGATTTTGTGGGGCTAAATGATAATGCCCGACACCAGTAATCGtt > 2:402869/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |