Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 1,722,553 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,722,553 | 0 | A | T | 98.8% | 403.2 / ‑1.0 | 172 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,722,554 | 0 | C | G | 98.3% | 399.2 / ‑2.2 | 172 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (87/82); minor base T (1/2); total (88/84) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.14e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,722,555 | 0 | T | A | 99.4% | 401.5 / NA | 172 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (88/82); minor base G (0/1); total (88/84) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.85e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 172 total aligned reads displayed.
TTCAGTGGAGTCGGTAAACAGCATCGGGATATTTTGCTTAATCGCGCCTTCCTGTAACAGAGCAGCGAAACGTTCTGCGCGTTCACTACGCTCACCGATGACAATACGACTAGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTACCCTCACGGAGAAATTCCGGGGAGAATATAATATTTTCAGTGCGATATTTCTTATGCATCGCTGCGGTAAAACCAACGGGAACCGTACTTTTGATGACCATAACCGCATAAGGATTTATCTCAACTACGTCTTTAATTACACTTTCTACACTGGATGTATTGAAATAATTAGTTTTAGGATCATAGTCGGTTGGAGTGGCGATGATGACATAATCAGCATCCCGGTAGGCTTCATTTTTATCTAATGTGGCATTAAAGTGTATTTTATCACTTTGCAAAAACTGCTGAATTTCCTTATCAACAATAGGAGATATCCGATCATTCAGCATAGCAACGCGACTCGGTAAAATATCTAATGCCACAACCTCATGATTTTGTGCGATTAGAAGCCCGTTACTCAAGCCTACATAGCCAGT > CP042583/1722274‑1722828 ||| ttCAGTGGAGTCGGTAAACAGCATCGGGATATTTTGCTTAATCGCGCCTTCCTGTAACAGAGCAGCGAAACGTTCTGCGCGTTCTGAACGCTCACCGATGACAATACGTGAAGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTACCCTCACGGAGAAATTCCGGGGAGAATATAATATTTTCAGTGCGATATTTCTTATGCATCGCTGCGGTAAAACCAACGGGAACCGTTGATTTGATGACCATAACCGCATAAGGATTTATCTCAACTACGTCTTTAATTACTGATTCTaca < 2:1636919/289‑1 (MQ=255) 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ccTGTAACAGAGCAGCGAAACGTTCTGCGCGTTCTGAACGCTCACCGATGACAATACGTGAAGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTACCCTCACGGAGAAATTCCGGGGAGAATATAATATTTTCAGTGCGATATTTCTTATGCATCGCTGCGGTAAAACCAACGGGAACCGTTGATTTGATGACCATAACCGCATAAGGATTTATCTCAACTACGTCTTTAATTACTGATTCTACACTGGATGTATTGAaataat > 2:1871333/1‑258 (MQ=255) aaCAGAGCAGCGAAACGTTCTGCGCGTTCTGAACGCTCACCGATGACAATACGTGAAGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTACCCTCACGGAGAAATTCCGGGGAGAATATAATATTTTCAGTGCGATATTTCTTATGCATCGCTGCGGTAAAACCAACGGGAACCGTTGATTTGATGACCATAACCGCATAAGGATTTATCTCAACTACGTCTTTAATTACTGATTCTACACTGGATGTATTGAAATAATTAGTTTTAGGATCATAGTCGGTTGGAGTGGCgatg < 1:1226870/288‑1 (MQ=255) agcagcGAAACGTTCTGCGCGTTCTGAACGCTCACCGATGACAATACGTGAAGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTACCCTCACGGAGAAATTCCGGGGAGAATATAATATTTTCAGTGCGATATTTCTTATGCATCGCTGCGGTAAAACCAACGGGAACCGTTGATTTGATGACCATAACCGCATAAGGATTTATCTCAACTACGTCTTTAATTACTGATTCTacac < 2:1119320/230‑1 (MQ=255) agcagcGAAACGTTCTGCGCGTTCTGAACGCTCACCGATGACAATACGTGAAGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTACCCTCACGGAGAAATTCCGGGGAGAATATAATATTTTCAGTGCGATATTTCTTATGCATCGCTGCGGTAAAACCAACGGGAACCGTTGATTTGATGACCATAACCGCATAAGGATTTATCTCAACTACGTCTTTAATTACTGATTCTacac > 1:1119320/1‑230 (MQ=255) agcagcGAAACGTTCTGCGCGTTCTGAACGCTCACCGATGACAATACGTGAAGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTACCCTCACGGAGAAATTCCGGGGAGAATATAATATTTTCAGTGCGATATTTCTTATGCATCGCTGCGGTAAAACCAACGGGAACCGTTGATTTGATGACCATAACCGCATAAGGATTTATCTCAACTACGTCTTTAATTACTGATTCTACACTGGa < 1:1427605/234‑1 (MQ=255) agcagcGAAACGTTCTGCGCGTTCTGAACGCTCACCGATGACAATACGTGAAGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTACCCTCACGGAGAAATTCCGGGGAGAATATAATATTTTCAGTGCGATATTTCTTATGCATCGCTGCGGTAAAACCAACGGGAACCGTTGATTTGATGACCATAACCGCATAAGGATTTATCTCAACTACGTCTTTAATTACTGATTCTACACTGGa > 2:1427605/1‑234 (MQ=255) agcagcGAAACGTTCTGCGCGTTCTGAACGCTCACCGATGACAATACGTGAAGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTACCCTCACGGAGAAATTCCGGGGAGAATATAATATTTTCAGTGCGATATTTCTTATGCATCGCTGCGGTAAAACCAACGGGAACCGTTGATTTGATGACCATAACCGCATAAGGATTTATCTCAACTACGTCTTTAATTACTGATTCTACACTGGATGTATTGAaataat < 1:511815/248‑1 (MQ=255) agcagcGAAACGTTCTGCGCGTTCTGAACGCTCACCGATGACAATACGTGAAGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTACCCTCACGGAGAAATTCCGGGGAGAATATAATATTTTCAGTGCGATATTTCTTATGCATCGCTGCGGTAAAACCAACGGGAACCGTTGATTTGATGACCATAACCGCATAAGGATTTATCTCAACTACGTCTTTAATTACTGATTCTACACTGGATGTATTGAAATAATTAGTTTTAGTATCATAGTCGGTTGGAGTGGCGTTGATGACa > 1:158295/1‑289 (MQ=255) agcagcGAAACGTTCTGCGCGTTCTGAACGCTCACCGATGACAATACGTGAAGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTACCCTCACGGAGAAATTCCGGGGAGAATATAATATTTTCAGTGCGATATTTCTTATGCATCGCTGCGGTAAAACCAACGGGAACCGTTGATTTGATGACCATAACCGCATAAGGATTTATCTCAACTACGTCTTTAATTACTGATTCTACACTGGATGTATTGAAATAATTAGTTTTAGGATCATAGTCGGTTGGAGTGGCGAtgatga > 2:1506649/1‑287 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |