Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,722,808 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,722,808 | 0 | A | T | 100.0% | 419.1 / NA | 175 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,722,809 | 0 | C | G | 99.4% | 410.2 / NA | 175 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (79/95); minor base T (1/0); total (80/95) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.57e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,722,810 | 0 | T | A | 100.0% | 415.1 / NA | 175 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (80/95); total (80/95) |
Only 100 of 175 total aligned reads displayed.
TCTCAACTACGTCTTTAATTACACTTTCTACACTGGATGTATTGAAATAATTAGTTTTAGGATCATAGTCGGTTGGAGTGGCGATGATGACATAATCAGCATCCCGGTAGGCTTCATTTTTATCTAATGTGGCATTAAAGTGTATTTTATCACTTTGCAAAAACTGCTGAATTTCCTTATCAACAATAGGAGATATCCGATCATTCAGCATAGCAACGCGACTCGGTAAAATATCTAATGCCACAACCTCATGATTTTGTGCGATTAGAAGCCCGTTACTCAAGCCTACATAGCCAGTACCGGAAATGGTGATTTTCATTTCATGCTCTCAGAATTAACTTAACTGTGAATCATGATGTTTTTAGCATCCTGATAAGAGCTAAAAGTTTTAACGCTACGTTGTTCGATGGTCAACGCAACGAAAAACAATTCAGATTTTCTTTATAAGAATAGCTGATATTTATTAAGTTAATATTAAGCAGTGAAATTTAGTCTATAAGATATTTGGCAAAAAAAAGCCCGGTGCAATA > CP042583/1722531‑1723060 ||| agtACGTCTTTATTTACTGATTCTACACTGTGTGTATTGAAATAATTAGGTTTAGGATCATAGTCGGTTGGAGTCGCGATGATTACATAATCAGCATCCCGGTAGGCTTCATTTTTATCTAATGTTGCATTAAAGTGTATTTTATCTGATTGCAAAAACTGCTGAATTTCCTTATCAACAATAGGAGATATCCGATCATTCAGCATAGCAACGCGTGACGGTAAAATATCTAATGCCACAACCTCATGATTTTGTGCGATTAGAAGCCCGTTTGACAAGCCTACATAGc < 2:602454/287‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |