| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,726,035 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,726,035 | 0 | A | T | 98.9% | 428.3 / NA | 188 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (92/92); minor base C (2/0); total (95/93) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.97e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,726,036 | 0 | G | C | 98.9% | 422.1 / NA | 188 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (93/93); minor base T (2/0); total (95/93) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.97e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,726,037 | 0 | C | G | 98.9% | 434.9 / NA | 188 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (93/93); minor base T (2/0); total (95/93) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.97e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 188 total aligned reads displayed.
CATATCGATCTCAACGCGCCGGAAGAAGAAATCCGCCAGTTGCTGGAGCGAAATCAGCATACGCGGCTGGTGGTTACCGACGGTGATGACGCAGAAGATTTGCTCGGTGTTGTTCACGTTATCGACCTGCTACAACAGTCTCTGCGCGGCGAACCGCTCAACCTGCGGGTGTTGATTCGCCAGCCGCTGGTGTTCCCGGAAACCTTGCCGTTGTTACCTGCCCTGGAGCAGTTCCGTAATGCCCGCACGCACTTTGCTTTTGTGGTGGATGAGTTTGGCAGCGTGGAAGGGATTGTGACATTAAGTGACGTCACTGAAACCATTGCCGGTAACTTACCGAACGAAGTGGAAGAGATCGACGCCCGCCATGATATTCAGAAGAATGCGGACGGTTCCTGGACGGCGAATGGTCATATGCCGCTGGAGGATCTGGTGCAATATGTGCCGCTGCCGCTGGATGAAAAACGTGAATATCACACCATTGCCGGGCTGTTGATGGAGTATTTGCAGCGTATTCCAAAACCTGGCGAAGAAGTTCAGGTGGGGGATTATTT > CP042583/1725756‑1726309 ||| cATATCGATCTCAACGCGCCGGAAGAAGAAATCCGCCAGATGCTGGAGCGAAATCAGCATACGCGGCTGGTGGTTACCGACGGTGATGACGCAGAAGATTTGCTCGGTGTTGTTCACGTTATCGACCTGCTACAACAGTCTCTGCGCGGCGAACCGCTCAACCTGCGGGTGTTGATTCGCCAGCCGCTGGTGTTCCCGGAAACCTTGCCGTTGTTACCTGCCCTGGAGCAGTTCCGTAATGCCCGCACGCACTTTGCTTTTGTGGTTGATGAGTTTGGCTCTGTGGAAg > 2:1819166/1‑289 (MQ=255) atatCGATCTCAACGCGCCGGAAGAAGAAATCCGCCAGTTGCTGGAGCGAAATCAGCATACGCGGCTGGTGGTTACCGACGGTGATGACGCAGAAGATTTGCTCGGTGTTGTTCACGTTATCGACCTGCTACAACAGTCTCTGCGCGGCGAACCGCTCAACCTGCGGGTGTTGATTCGCCAGCCGCTGGTGTTCCCGGAAACCTTGCCGTTGTTACCTGCCCTGGAGCAGTTCCGTAATGCCCGCACGCACTTTGCTTTTGTGGTGGATGAGTTTGGCTCGGTGGaa < 1:296763/287‑1 (MQ=255) atatCGATCTCAACGCGCCGGAAGAAGAAATCCGCCAGTTGCTGGAGCGAAATCAGCATACGCGGCTGGTGGTTACCGACGGTGATGACGCAGAAGATTTGCTCGGTGTTGTTCACGTTATCGACCTGCTACAACAGTCTCTGCGCGGCGAACCGCTCAACCTGCGGGTGTTGATTCGCCAGCCGCTGGTGTTCCCGGAAACCTTGCCGTTGTTACCTGCCCTGGAGCAGTTCCGTAATGCCCGCACGCACTTTGCTTTTGTGGTGGATGAGTTTGGCTCGGTGGaa < 1:955601/287‑1 (MQ=255) atctctctcAACTCTCCTGAAGAAGAAATCCGCCAGTTGCTGGAGCGAAATCAGCATACGCGGCTGGTGGTTACCGACGGTGATGACGCAGAAGATTTGCTCGGTGTTGTTCACGTTATCGACCTGCTACAACAGTCTCTGCGCGGCGAACCGCTCAACCTGCGGGTGTTGATTCGCCAGCCGCTGGTGTTCCCGGAAACCTTGCCGTTGTTACCTGCCCTGGAGCAGTTCCGTAATGCCCGCACGCACTTTGCTTTTGTGGTGGATGAGTTTGGCTCGGTGGAAGGGa > 1:1493397/6‑289 (MQ=255) atCGATCTCAACGCGCCGGAAGAAGAAATCCGCCAGTTGCTGGAGCGAAATCAGCATACGCGGCTGGTGGTTACCGACGGTGATGACGCAGAAGATTTGCTCGGTGTTGTTCACGTTATCGACCTGCTACAACAGTCTCTGCGCGGCGAACCGCTCAACCTGCGGGTGTTGATTCGCCAGCCGCTGGTGTTCCCGGAAACCTTGCCGTTGTTACCTGCCCTGGAGCAGTTCCGTAATGCCCGCACGCACTTTGCTTTTGTGGTGGATGAGTTTGGCTCGGTGGAAgg < 1:1131374/287‑1 (MQ=255) cGATCTCAACGCGCCGGAAGAAGAAATCCGCCAGTTGCGGGAGCGAAATCAGCATACGCGGCTGGTGGTTACCGACGGTGATGACGCAGAAGATTTGCTCGGTGTTGTTCACGTTATCGACCTGCTACAACAGTCTCTGCGCGGCGAACCGCTCAACCTGCGGGTGTTGATTCGCCAGCCGCTGGTGTTCCCGGAAACCTTGCCGTTGTTACCTGCCCTGGAGCAGTTCCGTAATGCCCGCACGCACTTTGCTTTTGTGGTGGATGAGTTTGGCTCGGTGGAAGGGAtt < 2:689612/289‑1 (MQ=255) tctcAACGCGCCGGAAGAAGAAATCCGCCAGTTGCTGGAGCGAAATCAGCATACGCGGCTGGTGGTTACCGACGGTGATGACGCAGAAGATTTGCTCGGTGTTGTTCACGTTATCGACCTGCTACAACAGTCTCTGCGCGGCGAACCGCTCAACCTGCGGGTGTTGATTCGCCAGCCGCTGGTGTTCCCGGAAACCTTTCCGTTGTTACCTGCCCTGGAGCAGTTCCGTAATGCCCGCACGCACCTTGCTTTTGTGGTGGCGGAGTTTGGCTCGGGGGAAGGGATtgtg > 2:387206/1‑289 (MQ=255) tctcAACGCGCCGGAAGAAGAAATCCGCCAGTTGCTGGAGCGAAATCAGCATACGCGGCTGGTGGTTACCGACGGTGATGACGCAGAAGATTTGCTCGGTGTTGTTCACGTTATCGACCTGCTACAACAGTCTCTGCGCGGCGAACCGCTCAACCTGCGGGTGTTGATTCGCCAGCCGCTGGTGTTCCCGGAAACCTTGCCGTTGTTACTTGCCCTGGAGCATTTCCGTAACGCCCGCACGCACTTTGCTTTTGTGGTGGATGATTTTGGCGCGGTGGAAGGGAtttgg > 2:955601/1‑286 (MQ=255) tcAACGCGCCGGAAGAAGAAATCCGCCAGTTGCTGGAGCGAAATCAGCATACGCGGCTGGTGGTTACCGACGGTGATGACGCAGAAGATTTGCTCGGTGTTGTTCACGTTATCGACCTGCTACAACAGTCTCTGCGCGGCGAACCGCTCAACCTGCGGGTGTTGATTCGCCAGCCGCTGGTGTTCCCGGAAACCTTGCCGTTGTTACCTGCCCTGGAGCAGTTCCGTAATGCCCGCACGCACTTTGCTTTTGTGGTGGGTGAGTTTGGCCCGGGGGGAGGGATTGTGAc > 2:1047210/1‑289 (MQ=255) cgcgCCGGAAGAAGAAATCCGCCAGTTGCTGGAGCGAAATCAGCATACGCGGCTGGTGGTTACCGACGGTGATGACGCAGAAGATTTGCTCGGTGTTGTTCACGTTATCGACCTGCTACAACAGTCTCTGCGCGGCGAACCGCTCAACCTGCGGGTGTTGATTCGCCAGCCGCTGGTGTTCCCGGAAACCTTGCCGTTGTTACCTGCCCTGGAGCAGTTCCGTAATGCCCGCACGCACTTTGCTTTTGTGGTGGATGAGTTTGGCTCGGTGGAAGGGATTGTGACATTa > 2:18516/1‑289 (MQ=255) cgcgCCGGAAGAAGAAATCCGCCAGTTGCTGGAGCGAAATCAGCATACGCGGCTGGTGGTTACCGACGGTGATGACGCAGAAGATTTGCTCGGTGTTGTTCACGTTATCGACCTGCTACAACAGTCTCTGCGCGGCGAACCGCTCAACCTGCGGGTGTTGATTCGCCAGCCGCTGGTGTTCCCGGAAACCTTGCCGTTGTTACCTGCCCTGGAGCAGTTCCGTAATGCCCGCACCCCCTTGGCTTTTGTGGTGGATGAGTTTGGCTCGTTGGACGGGATTGTGACATTa > 2:791162/1‑289 (MQ=255) cgcgCCGGAAGAAGAAATCCGCCAGTTGCTGGAGCGAAATCAGCATACGCGGCTGGTGGTTACCGACGGTGATGACGCAGAAGATTTGCTCGGTGTTGTTCACGTTATCGACCTGCTACAACAGTCTCTGCGCGGCGAACCGCTCAACCTGCGGGTGTTGATTCGCCAGCCGCTGGTGGTCCCGGAAACCTTGCCGTTGTTACCTGCCCTGGAGCAGTTCCGTAATGCCCGCACGCACTTTGCTTTTGTGGTGGATGAGTTTGTCTTGGTGGACGGG‑TTGTGACATTaa > 2:562492/1‑289 (MQ=255) ccGGAAGAAGAAATCCGCCAGTTGCTGGAGCGAAATCAGCATACGCGGCTGGTGGTTACCGACGGTGATGACGCAGAAGATTTGCTCGGTGTTGTTCACGTTATCGACCTGCTACAACAGTCTCTGCGCGGCGAACCGCTCAACCTGCGGGTGTTGATTCGCCAGCCGCTGGTGTTCCCGGACACCTTGCCGTCGTTACCTCCCCTGGAGCACTTCCGCAATGCCCGCCCGCACTTTGCTTTTGCGGTGGGTGTGGTTGGCTCGGTGGGAGGGGTTGTGACTTTAAGTg > 2:573436/1‑289 (MQ=255) ccGGAAGAAGAAATCCGCCAGTTGCTGGAGCGAAATCAGCATACGCGGCTGGTGGTTACCGACGGTGATGACGCAGAAGATTTGCTCGGTGTTGTTCACGTTATCGACCTGCTACAACAGTCTCTGCGCGGCGAACCGCTCAACCTGCGGGTGTTGATTCGCCAGCCGCTGGTGTTCCCGGAAACCTTGCCATTGTTACCTGCCCTGGAGCAGTTCCGTAATGCCCGCACGCACTTTGCTTTTGTGGTGGATGAGTTTGGCTCGGTGGAAGGGATTGTGACATTAAGTg > 2:706959/1‑289 (MQ=255) ggAAGAAGAAATCCGCCAGTTGCTGGAGCGAAATCAGCATACGCGGCTGGTGGTTACCGACGGTGATGACGCAGAAGATTTGCTCGGTGTTGTTCACGTTATCGACCTGCTACAACAGTCTCTGCGCGGCGAACCGCTCAACCTGCGGGTGTTGATTCGCCAGCCGCTGGTGTTCCCGGAAACCTTGCCGTTGTTACCTGCCCTGGAGCAGTTCCGTAATGCCCGCACGCACTTTGCTTTTGTGGTGGATGAGTTTGGCTCGGTGGAAGGGATTGTGACATTAAGTGAc < 1:1934030/289‑1 (MQ=255) agaaATCCGCCAGTTGCTGGAGCGAAATCAGCATACGCGGCTGGTGGTTACCGACGGTGATGACGCAGAAGATTTGCTCGGTGTTGTTCACGTTATCGACCTGCTACAACAGTCTCTGCGCGGCGAACCGCTCAACCTGCGGGTGTTGATTCGCCAGCCGCTGGTGTTCCCGGAAACCTTGCCGTTGTTACCTGCCCTGGAGCAGTTCCGTAATGCCCGCACGCACTTTGCTTTTGTGGTGGATGAGTTTGGCTCGGTGGAAGGGATTGTGACATTAAGTGACGTCACt < 2:1493397/289‑1 (MQ=255) cGCCCGATGCTGGAGCTAAAGCAGCAGACGCGGCTGGTGGTCACCGACGGTGATGACGCAGAAGATTTGCTCGGTGTTGTTCACGTTATCGACCTTCTACAACAGTCTCTGCGCGTCGAACCGCTCACCCTGCGGGTGTTGATTCGCCAGCCGCTGGTGTTCCCGGAAACCTTGCCGTTGTTACCTGCCCTGGAGCAGTTCCGTAATGCCCGCACGCACTTTGCTTTTGTGGTGGATGAGTTTGGCTCGGTGGAAGGGATTGTGACATTAAGTGACGTCACTGAAACCa < 2:44393/289‑1 (MQ=255) aTCAGCATACGCGGCTGGTGGTTACCGACGGTGATGACGCAGAAGATTTGCTCGGTGTTGTTCACGTTATCGACCTGCTACAACAGTCTCTGCGCGGCGAACCGCTCAACCTGCGGGTGTTGATTCGCCAGCCGCTGGTGTTCCCGGAAACCTTGCCGTTGTTACCTGCCCTGGAGCAGTTCCGTAATGCCCGCACGCACTTTGCTTTTGTGGTGGATGAGTTTGGCTCGGTGGAAGGGATTGTGACATTAAGTGACGTCACTGAAACCATTGCCGGTAACTTACcgaa < 1:1294048/289‑1 (MQ=255) aTCAGCATACGCGGCGGGTGGTTACCGCCGGTTATGACGCAGAAGATTTGCTCGGTGTTGTTCACGTTATCGACCTGCTACAACAGTCTCTGCGCGGCGAACCGCTCAACCTGCGGGTGTTGATTCGCCAGCCGCTGGTGTTCCCGGAAACCTTGCCGTTGTTACCTGCCCTGGAGCAGTTCCGTAATGCCCGCACGCACTTTGCTTTTGTGGTGGATGAGTTTGGCTCGGTGGAAGGGATTGTGACATTAAGTGACGTCACTGAAACCATTGCCGGTAACTTACcgaa < 2:152699/289‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |