Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,730,664 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,730,664 | 0 | A | T | 100.0% | 529.0 / NA | 222 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,730,665 | 0 | G | C | 100.0% | 526.1 / NA | 222 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (109/113); total (109/113) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,730,666 | 0 | T | A | 99.6% | 529.2 / NA | 222 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (108/113); minor base C (1/0); total (109/113) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.91e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 222 total aligned reads displayed.
GTAGCCTGGGAAATATCGCCGCATCCATCCTGCTTTTTTCCACCAGCAGCCTGAACATGACCTGGACGACCATCAATATTGTTGAAGCCGTGGTCGGGGCAGTGCTGCTACGTAAATTGCTGCCGTGGTATAACCCCTTGCAAAATCTGGCTGACTGGCTGCGTCTGGCACTCGGCAGCGCCATTGTTCCGCCTCTGTTGGGGGGTGTTCTGGTTGTCCTGCTGACGCCCGGAGACGATCCTCTCAGGGCATTTTTGATATGGGTACTGAGTGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCTGGGATTGTTATTTAAACCACACTATCTGCTGCGCCATCGCAACCCACGGTTGCTTTTTGAGAGCCTGCTCACGTTAGCCATCACACTGACGTTAAGCTGGCTTAGCATGCTGTATCTGCCGTGGCCTTTTACTTTCATTATTGTGCTGTTGATGTGGAGCGCCGTGCGTCTGCCACGAATGGAAGCCTTTTTGATCTTCCTTACCACGGTGATGATGGTGAGCCTGATGATGGCCGCGGATCCC > CP042583/1730395‑1730942 ||| gttcgcTGGGAAATATCGCCGCATCCATCCTGCTTTTTTCCACCAGCTCGCTGAACATGACCTGGACGACCATCAATATTGTTGAAGCCGTGGTCGGGGCAGTGCTGCTACGTAAATTGCTGCCGTGGTATAACCCCTTGCAAAATCTGGCTGACTGGCTGCGTCTGGCACTCGGCAGCGCCATTGTTCCGCCTCTGTTGGGGGGTGTTCTGGTTGTCCTGCTGACGCCCGGAGACGATCCTCTCAGGGCATTTTTGATATGGGTACTGTCAGAATCCATCGGCGctct < 2:1923113/284‑1 (MQ=255) gccgcATCCATCCTGCTTTTTTCCACCAGCTCGCTGAACATGACCTGGACGACCATCAATATTGTTGAAGCCGTGGTCGGGGCAGTGCTGCTACGTAAATTGCTGCCGTGGTATAACCCCTTGCAAAATCTGGCTGACTGGCTGCGTCTGGCACTCGGCAGCGCCATTGTTCCGCCTCTGTTGGGGGGTGTTCTGGTTGTCCTGCTGACGCCCGGAGACGATCCTCTCAGGGCATTTTTGATATGGGTACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCTgg < 1:640878/289‑1 (MQ=255) ctccatccTGCTTTTGTCCACCAGCTCGGTGAACATGACCTGGCCGACCATCAATATTGTTGAAGCCGTGGTCGGGGCAGTGCTGCTACGTAAATTGCTGCCGTGGTATAACCCCTTGCAAAATCTGGCTGACTGGCTGCGTCTGGCACTCGGCAGCGCCATTGTTCCGCCTCTGTTGGGGGGTGTTCTGGTTGTCCTGCTGACGCCCGGAGACGATCCTCTCAGGGCATTTTTGATATGGGTACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCTGGGATTg < 2:1103650/288‑1 (MQ=255) atccatccTGCTTTTTTCCACCAGCTCGCTGAACATGACCTGGACGACCATCAATATTGTTGAAGCCGTGGTCGGGGCAGTGCTGCTACGTAAATTGCTGCCGTGGTATAACCCCTTGCAAAATCTGGCTGACTGGCTGCGTCTGGCACTCGGCAGCGCCATTGTTCCGCCTCTGTTGGGGGGTGTTCTGGTTGTCCTGCTGACGCCCGGAGACGATCCTCTCAGGGCATTTTTGATATGGGTACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCTGGGATTg < 2:1640623/289‑1 (MQ=255) atccatccTGCTTTTTTCCACCAGCTCGCTGAACATGACCTGGACGACCATCAATATTGTTGAAGCCGTGGTCGGGGCAGTGCTGCTACGTAAATTGCTGCCGTGGTATAACCCCTTGCAAAATCTGGCTGACTGGCTGCGTCTGGCACTCGGCAGCGCCATTGTTCCGCCTCTGTTGGGGGGTGTTCTGGTTGTCCTGCTGACGCCCGGAGACGATCCTCTCAGGGCATTTTTGATATGGGTACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCTGGGATTg < 2:496358/289‑1 (MQ=255) atccTGCTTGTTTCCCCCAGCTCGCTGAACATGTCCGTGACGACCATCAATATTGTTGAAGCCGTGGTCGGGGAAGTGCTGCTAAGTAAATTGCGGCCGTGGTATAACCCCTTGCAAAATCTGGCTGACTGGCTGCGTCTGGCACTCGGCAGCGCCATTGTTCCGCCTCTGTTGGGGGGTGTTCTGGTTGTCCTGCTGACGCCCGGAGACGATCCTCTCAGGGCATTTTTGATATGGGTACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCTGGGATTGTTAt < 2:1664669/289‑1 (MQ=255) cggCTTTTTTCCACCAGCTCGCTGAACATGACCTGGACGACCATCAATATTGTTGAAGCCGTGGTCGGGGCAGTGCTGCTACGTAAATTGCTGCCGTGGTATAACCCCTTGCAAAATCTGGCTGACTGGCTGCGTCTGGCACTCGGCAGCGCCATTGTTCCGCCTCTGTTGGGGGGTGTTCTGGTTGTCCTGCTGACGCCCGGAGACGATCCTCTCAGGGCATTTTTGATATGGGTACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCTGGGATTGTTATTTa < 2:697439/287‑1 (MQ=255) 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gacCATCAATATTGTTGAAGCCGTGGTCGGGGCAGTGCTGCTACGTAAATTGCTGCCGTGGTATAACCCCTTGCAAAATCTGGCTGACTGGCTGCGTCTGGCACTCGGCAGCGCCATTGTTCCGCCTCTGTTGGGGGGTGTTCTGGTTGTCCTGCTGACGCCCGGAGACGATCCTCTCAGGGCATTTTTGATATGGGTACTGTCAGAATCCATCGGCGCCCTGGCCCTGGTGCCGCTGGGATTGGTATTTAAACCACCCTATCTGCTGCCCCCTCGCAACCCACGGTTg > 2:656284/1‑289 (MQ=255) ccATCAATATTGTTGAAGCCGTGGTCGGGGCAGTGCTGCTACGTAAATTGCTGCCGTGGTATAACCCCTTGCAAAATCTGGCTGACTGGCTGCGTCTGGCACTCGGCAGCGCCATTGTTCCGCCTCTGTTGGGGGGTGTTCTGGTTGTCCTGCTGACGCCCGGAGACGATCCTCTCAGGGCATTTTTGATATGGGTACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCTGGGATTGTTATTTAAACCACACTATCTGCTGCTCACTCTCAACCCACGGTTGCt > 2:807821/1‑289 (MQ=255) ccATCAATATTGTTGAAGCCGTGGTCGGGGCAGTGCTGCTACGTAAATTGCTGCCGTGGTATAACCCCTTGCAAAATCTGGCTGACTGGCTGCGTCTGGCACTCGGCAGCGCCATTGTTCCGCCTCTGTTGGGGGGTGTTCTGGTTGTCCTGCTGACGCCCGGAGACGATCCTCTCAGGGCATTTTTGATATGGGTACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCTGGGATTGTTATTTAAACCACACTATCTGCTGCGCCATCGCAACCCACGGTTGCt > 2:497758/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |