Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,735,258 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,735,258 | 0 | A | T | 99.6% | 513.5 / NA | 224 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (112/111); minor base G (0/1); total (112/112) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,735,259 | 0 | G | C | 100.0% | 522.9 / NA | 224 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (112/112); total (112/112) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,735,260 | 0 | T | A | 99.6% | 516.5 / NA | 224 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base A (112/110); total (112/112) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 224 total aligned reads displayed.
CGCAATGATGTTGCACATTCGCCAGCAGGCGCAGGCACAGCTGCCAGAAGCGATTACTCAGGCGGTGATTGGTCGTCCGATCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTAGTTTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGG‑CGTAGCCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGG‑TCACAGTGGTTGCCGTATTGGCGGTAACGATCTGGATATCGCGCTGGCGTTTAAAAACCTGATGCCACTGCTGGGTATGGGTGGCGAAACCGAAAAAGGCATCGCCCTGCCGATCCTGCCGTGGTGGAATGCGGTTGCCATCAACGACGTACCTGCGCAGAGTGATTTCTACAGTAGTGCCAACGGTCGTCTGCTTAACGAT > CP042583/1734981‑1735521 ||| cgcAATGATGTTGCACATTCGCCAGCAGGCGCAGGCACAGCTGCCAGAAGCGATTACTCAGGCGGTGATTGGTCGTCCGATCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTTCATTGctgctg > 2:136376/1‑289 (MQ=255) gaggtggCACATTCGCCAGCAGGCGCAGGCACAGCTGCCAGAAGCGATTACTCAGGCGGTGATTGGTCGTCCGATCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATgggg < 1:366055/283‑1 (MQ=255) cacaTTCGCCAGCAGGCGCAGGCACAGCTGCCAGAAGCGATTACTCAGGCGGTGATTGGTCGTCCGATCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTACGGCTGGCTGTTCATGGCTGCTGCTGGGGCCGCAGt > 2:542004/1‑289 (MQ=255) ttCGCCAGCAGGCGCAGGCACAGCTGCCAGAAGCGATTACTCAGGCGGTGATTGGTCGTCCGATCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTTCATTGCTGCCGATGGGGCCGCAGTGG‑Cg > 1:584581/1‑289 (MQ=255) tCGCCAGCAGGCGCAGGCACAGCTGCCAGAAGCGATTACTCAGGCGGTGATTGGTCGTCCGATCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGGGGTACGACTGACTGTTCATTGCTGCGGATGGGGCCGCAGGGG‑CGt > 2:668068/1‑289 (MQ=255) gCCAGCAGGCGCAGGCACAGCTGCCAGAAGCGATTACTCAGGCGGTGATTGGTCGTCCGATCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGGGCTGGTGGTGGATATCGGGGGTGGTACGACTGACGGTTCATGGCTGCGGATGGGGGCGCAGTGG‑GGttc > 2:1703623/1‑287 (MQ=255) ggccacggcACAGCTGCCAGAAGCGATGACTCAGGCGGTGATTGGGCGTCCGATCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCAACTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGG‑CGttcgcgtct < 2:1201737/282‑9 (MQ=255) aGCTGCCAGAAGCGATTACTCCGGCGGTGATTGGTCGTCCGATCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTAAGGGACGTGGTATTCACGTCCGAGCCGGTCGCGCACGGACTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGGGCTGGTGGGGGAGAACGGCGGGGGTACGACTGACTGGTCATTGTGGATGATTGGGCAGCAGTGG‑CGTTCGGGTGTCGATCGTTAag > 2:780911/1‑288 (MQ=255) aGCGATTACTCAGGCGGTGATTGGTCGTCCGATCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGAGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGG‑CGTTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCctgctg < 2:219963/289‑1 (MQ=255) cGATTACTCAGGCGGTGATTGGTCGTCCGATCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGATCCGGTCGCGGCTGGGCTGGAGTACGAAGCCACCTTGCAGGCAGAAAAACGGGGGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTAAGACTGACTGTTCACTGCTGCTTGTGGGGCCGCCGTGG‑CGTTCGCGTCTTGATCGGCGAGCCCGCCTGCTggg > 2:131146/1‑289 (MQ=255) 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ggggtggtTGGTGGTCCGGTCAACTTCCAGGGGCTGGGGGGTGAGGAAGCACACACCCGGGGGCAAGGGGTTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGGGCCGGATTCAGGGACGTGGTAGTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATGACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAGCGGGTGCGGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGG‑CGTTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGG‑TCACAGTGGt < 2:1379194/286‑1 (MQ=255) gCGGTGATTGGTCGTCCGATCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGG‑CGTTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGG‑TCACAGTGGtt > 1:1590853/1‑289 (MQ=255) cGGTGATTGGTCGTCCGATCACGTGCCAGGGGCTGAGCGGTGATGGAGCAAAAACCCAGTCGAGAGGGCTGCTGGACCGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCATCTTGCAGGCAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGTGATCGGCGGTGGTACGACTGACAGTTCATTGCTGCTGATGGGGCAGCAGTGG‑CGTTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCCGCCTGGG‑TCACAGTgg < 2:1124963/286‑1 (MQ=255) aTTGGTCGTCCGATCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGG‑CGTTCGCGTCCCGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGG‑TCACAGTGGTTTCCggc > 2:1446920/1‑287 (MQ=255) ttGGTCGTCCGATCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGG‑CGTTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGG‑TCACAGTGGTTGCCGTa < 1:598279/288‑1 (MQ=255) tGGTCGTCCGATCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGG‑CGTTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGG‑TCACAGTGGTTGCCGTAtt < 1:135195/289‑1 (MQ=255) 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CGCAATGATGTTGCACATTCGCCAGCAGGCGCAGGCACAGCTGCCAGAAGCGATTACTCAGGCGGTGATTGGTCGTCCGATCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTAGTTTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGG‑CGTAGCCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGG‑TCACAGTGGTTGCCGTATTGGCGGTAACGATCTGGATATCGCGCTGGCGTTTAAAAACCTGATGCCACTGCTGGGTATGGGTGGCGAAACCGAAAAAGGCATCGCCCTGCCGATCCTGCCGTGGTGGAATGCGGTTGCCATCAACGACGTACCTGCGCAGAGTGATTTCTACAGTAGTGCCAACGGTCGTCTGCTTAACGAT > CP042583/1734981‑1735521 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |