| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,735,288 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,735,288 | 0 | A | T | 98.8% | 578.0 / NA | 250 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (117/128); minor base G (2/1); total (120/130) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.09e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,735,289 | 0 | G | C | 98.8% | 556.3 / NA | 250 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/1); new base C (118/128); total (120/130) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.10e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,735,290 | 0 | C | G | 99.2% | 570.4 / NA | 250 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base G (117/129); total (120/130) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.29e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 250 total aligned reads displayed.
AGCTGCCAGAAGCGATTACTCAGGCGGTGATTGGTCGTCCGATCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTAGTTTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCGTAGCCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGG‑TCACAGTGGTTGCCGTATTGGCGGTAACGATCTGGATATCGCGCTGGCGTTTAAAAACCTGATGCCACTGCTGGGTATGGGTGGCGAAACCGAAAAAGGCATCGCCCTGCCGATCCTGCCGTGGTGGAATGCGGTTGCCATCAACGACGTACCTGCGCAGAGTGATTTCTACAGTAGTGCCAACGGTCGTCTGCTTAACGATCTGGTACGCGATGCCCGCGAACCGGAAAAAGTGGCCCTGTTACAGA > CP042583/1735019‑1735567 ||| aGCTGCCAGAAGCGATTACTCCGGCGGTGATTGGTCGTCCGATCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTAAGGGACGTGGTATTCACGTCCGAGCCGGTCGCGCACGGACTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGGGCTGGTGGGGGAGAACGGCGGGGGTACGACTGACTGGTCATTGTGGATGATTGGGCAGCAGTGGCGTTCGGGTGTCGATCGTTAag > 2:780911/1‑288 (MQ=255) gataagagccagggCGGTGATTGGTCGTCCGATCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCGTTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCctgct < 1:1852/276‑1 (MQ=255) aGCGATTACTCAGGCGGTGATTGGTCGTCCGATCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCTACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCGTTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCctg < 1:1902234/286‑1 (MQ=255) gttaaGGCGGTGATTGGCAGTCCGGTCAAGTTCCGGGGGCGGGGCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGGGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCGTTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGG‑Tcaca < 2:765083/285‑1 (MQ=255) gCGGTGATTGGTCGTCCGATCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCGTGCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGG‑TCACAGTGGtt > 1:150308/1‑289 (MQ=255) cGGTGATTGGTCGTCCGATCACGTGCCAGGGGCTGAGCGGTGATGGAGCAAAAACCCAGTCGAGAGGGCTGCTGGACCGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCATCTTGCAGGCAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGTGATCGGCGGTGGTACGACTGACAGTTCATTGCTGCTGATGGGGCAGCAGTGGCGTTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCCGCCTGGG‑TCACAGTgg < 2:1124963/286‑1 (MQ=255) gggggttGGTCGTCCGATCGACTTCCGGGGGCGGGGCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGAAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCGTTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGG‑TCACAGTGGTTg < 2:1431241/283‑1 (MQ=255) 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aaCACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCGTTCGCGTCTCGATCGTGAagccag > 2:1752159/1‑218 (MQ=255) aaCACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCGTTCGCGTCTCGATCGTGAagccag < 1:1752159/218‑1 (MQ=255) aaCACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCGTTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGG‑TCACAGTGGTTGCCGTATTGGCGGTAACGATCTGGATATCGCGCTGGCGTTTAAAAACCTGa > 1:1872703/1‑289 (MQ=255) 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cAGTGGCGTTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGG‑TCACAGTGGTTGCCGTATTGGCGGTAACGATCTGGATATCGCGCTGGCGTTTAAAAACCTGATGCCACTGCTGGGTATGGGTGGCGAAACCGAAAAAGGCATCGCCCTGCCGATCCTGCCGTGGTGGAATGCGGTTGCCATCAACGACGTACCTGCGCAGAGTGATTTCTACAGTAGTGCCAACGGTCGTCTGCTTAACGATCTGGTACGCGATGCCCGCGAACCGGAAAAAGTGGCCCTGTTACAGa > 1:1841402/1‑289 (MQ=255) aGTGGCGTTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGG‑TCACAGTGGTTGCCGTATTGGCGGTAACGATCTGGATATCGCGCTGGCGTTTAAAAACCTGATGCCACTGCTGGGTATGGGTGGCGAAACCGAAAAAGGCATCGCCCTGCCGATCCTGCCGTGGTGGAATGCGGTTGCCATCAACGACGTACCTGCGCAGAGTGATTTCTACAGTAGTGCCAACGGTCGTCTGCTTAACGATCTGGTACGCGATGCCCGCGAACCGGAAAAAGTGGCCCTGTTACAGa < 1:846136/288‑1 (MQ=255) aGTGGCGTTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGG‑TCACAGTGGTTGCCGTATTGGCGGTAACGATCTGGATATCGCGCTGGCGTTTAAAAACCTGATGCCACTGCTGGGTATGGGTGGCGAAACCGAAAAAGGCATCGCCCTGCCGATCCTGCCGTGGTGGAATGCGGTTGCCATCAACGACGTACCTGCGCAGAGTGATTTCTACAGTAGTGCCAACGGTCGTCTGCTTAACGATCTGGTACGCGATGCCCGCGAACCGGAAAAAGTGGCCCTGTTACAGa < 1:1674801/288‑1 (MQ=255) ||| AGCTGCCAGAAGCGATTACTCAGGCGGTGATTGGTCGTCCGATCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTAGTTTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCGTAGCCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGG‑TCACAGTGGTTGCCGTATTGGCGGTAACGATCTGGATATCGCGCTGGCGTTTAAAAACCTGATGCCACTGCTGGGTATGGGTGGCGAAACCGAAAAAGGCATCGCCCTGCCGATCCTGCCGTGGTGGAATGCGGTTGCCATCAACGACGTACCTGCGCAGAGTGATTTCTACAGTAGTGCCAACGGTCGTCTGCTTAACGATCTGGTACGCGATGCCCGCGAACCGGAAAAAGTGGCCCTGTTACAGA > CP042583/1735019‑1735567 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |