Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 511,069 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 511,069 | 0 | A | T | 99.3% | 335.9 / NA | 143 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 511,070 | 0 | C | G | 99.3% | 331.8 / NA | 143 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (67/75); minor base A (0/1); total (67/76) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 511,071 | 0 | T | A | 98.6% | 334.3 / NA | 143 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (66/75); minor base G (1/1); total (67/76) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 143 total aligned reads displayed.
TCAATCTCGACAGAGGAATCTTGCCGTAGGCAGCGGATCAGCATACTATTATTAGAGCAAGAAATGAGCTGAGGGCCGTAGATAATAAAGTTTTTCTTTAGTTCGGACTTATTGACTATATTAATTGTTTGTTCAAGGCCTCTGAGATTTTTCTCAAGATGGTGATGCAGATTTAACCCTGTTGTCGTCGGCGCGATACCTTTTCCACTGCGAATGAATAAAGGGTCATTAAATTGCGCACGTAAGCGTTGTAAGCTCTGGCTCACGGCACTTGGGGTGATATATAGACTTTCAGCAGCTTTGCTAATGCTTAAATGCTGGTAAATACACTCAAATATGACAAGAAGATTTAAGTCGAACTTTTTCAAGTCGTAGAGATTGGCCATACACTACTCCGGTTATATTTTTCTTCCATGATATATTCACTTAATCAATGTTTTTTGCGTATATATTTTTATTGATTATGTTTTTTTGCTTAACTCAGGATTAAGTTTTTCTAAAATAGCACAGCCACTTAGGGCAGAGCGAGCAATTCATGCTTTTTT > CP042583/510800‑511344 ||| tCAATCTCGACAGAGGAATCTTGACGTAGGCAGCGGATCAGCATACTATTATTAGAGCAAGAAATGAGCTGAGGGCCGTAGATAATAAAGTTATTCTTTAGTTCGGACTTATTGACTATATTAATTGTTTGTTCAAGGCCTCTGAGATTTTTCTCAAGATGGTGATGCAGATTTAACCCTGTTGTCGTCGGCGCGATACCTTTTCCTGAGCGAATGAATAAAGGGTCATTAAATTGCGCACGTAAGCGGTGTAACGACTGGCTCACGGCGGGAGGGGTGATATATAgtg > 2:1031831/1‑287 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |