| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 1,743,684 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 1,743,684 | 0 | A | T | 100.0% | 584.3 / NA | 246 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 1,743,685 | 0 | G | C | 100.0% | 579.9 / NA | 246 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (116/130); total (116/130) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,743,686 | 0 | C | G | 99.6% | 579.5 / NA | 246 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (115/130); total (116/130) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.72e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 246 total aligned reads displayed.
CGATGACGCCATCGTGGTGATCGAAAACATTTCCCGCTATATCGAAAAAGGCGAAAAACCGTTGGCGGCGGCGCTCAAGGGCGCAGGTGAAATCGGCTTTACCATTA‑TCAGCCTGACCTTCAGTCTGATTGCGGTGTTGATCCCACTGCTGTTTATGGGCGATATCGTCGGGCGACTGTTCCGCGAATTTGCTATTACCCTGGCGGTAGCGATTTTGATCAGTGCGGTGGTGAGCCTGACCCTGACACCGATGATGTGCGCGCGGATGCTCAGCCAGGAGAGCTTGCGTAAACAGAACCGCTTCTCCCGTGCCAGCGAAAAAATGTTCGACAGGATAATCGCCGCCTATGGTCGTGGACTGGCGAAAGTGCTGAATCATCCGTGGCTGACCTTAAGCGTGGCACTCAGCACGCTGCTGCTTAGCGTGCTGCTGTGGGTGTTCATTCCGAAAGGTTTCTTCCCGGTACAGGACAATGGCATTATTCAGGGCACTTTGCAGGCACCGCAATCCAGCTCCTTTGCCAATATGGCCCAGCGACAACGCCAGGTCGCGGACGTGA > CP042583/1743404‑1743963 ||| cGATGACGCCATCGTGGTGATCGAAAACATTTCCCGCTATATCGAAAAAGGCGAAAAACCGTTGGCGGCGGCGCTCAAGGGCGCAGGTGAAATCGGCTTTACCATTA‑TCTCGCTGACCTTCTCACTGATTGCGGTGTTGATCCCACTGCTGTTTATGGGCGATATCGTCGGGCGACTGTTCCGCGAATTTGCTATTACCCTGGCGGTAGCGATTTTGATCTCAGCGGTGGTGTCGCTGACCCTGACACCGATGATGTGCGCGCGGATGCTCAGCCAGGAGTCGTTGCGt > 2:1458349/1‑289 (MQ=255) cATCGTGGTGATCGAAAACATTTCCCGCTATATCGAAAAAGGCGAAAAACCGTTGGCGGCGGCGCTCAAGGGCGCAGGTGAAATCGGCTTTACCATTA‑TCTCGCTGACCTTCTCACTGATTGCGGTGTTGATCCCACTGCTGTTTATGGGCGATATCGTCGGGCGACTGTTCCGCGAATTTGCTATTACCCTGGCGGTAGCGATTTTGATCTCAGCGGTGGTTTCGCTGACCCTGGCACCGAGGATGTGTGCGCGGATGGTCAGCCAGGAGTCGTTGCGTAAACAGaa > 2:102660/1‑288 (MQ=255) cGTGGTGATCGAAAACATTTCCCGCTATATCGAAAAAGGCGAAAAACCGTTGGCGGCGGCGCTCAAGGGCGCAGGTGAAATCGGCTTTACCATTA‑TCTCGCTGACCTTCTCACTGATTGCGGTGTTGATCCCACTGCTGTTTATGGGCGATATCGTCGGGCGACTGTTCCGCGAATTTGCTATTACCCTGGCGGTAGCGATTTTGATCTCAGCGGTGGTGTCGCTGACCCTGACACCGATGATGTGCGCGCGGATGCTCAGCCAGGAGTCGTTGCGTAAACAGAACCGc < 1:1095071/289‑1 (MQ=255) gtgATCGAAAACATTTCCCGCTATATCGAAAAAGGCGAAAAACCGTTGGCGGCGGCGCTCAAGGGCGCAGGTGAAATCGGCTTTACCATTA‑TCTCGCTGACCTTCTCACTGATTGCGGTGTTGATCCCACTGCTGTTTATGGGCGATATCGTCGGGCGACTGTTCCGCGAATTTGCTATTACCCTGGCGGTAGCGATTTTGATCTCAGCGGTGGTGTCGCTGACCCTGACACCGATGATGTGCGCGCGGATGCTCAGCCAGGAGTCGTTGCGTAAACAGAACCGCTtc > 1:69874/1‑288 (MQ=255) 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CGATGACGCCATCGTGGTGATCGAAAACATTTCCCGCTATATCGAAAAAGGCGAAAAACCGTTGGCGGCGGCGCTCAAGGGCGCAGGTGAAATCGGCTTTACCATTA‑TCAGCCTGACCTTCAGTCTGATTGCGGTGTTGATCCCACTGCTGTTTATGGGCGATATCGTCGGGCGACTGTTCCGCGAATTTGCTATTACCCTGGCGGTAGCGATTTTGATCAGTGCGGTGGTGAGCCTGACCCTGACACCGATGATGTGCGCGCGGATGCTCAGCCAGGAGAGCTTGCGTAAACAGAACCGCTTCTCCCGTGCCAGCGAAAAAATGTTCGACAGGATAATCGCCGCCTATGGTCGTGGACTGGCGAAAGTGCTGAATCATCCGTGGCTGACCTTAAGCGTGGCACTCAGCACGCTGCTGCTTAGCGTGCTGCTGTGGGTGTTCATTCCGAAAGGTTTCTTCCCGGTACAGGACAATGGCATTATTCAGGGCACTTTGCAGGCACCGCAATCCAGCTCCTTTGCCAATATGGCCCAGCGACAACGCCAGGTCGCGGACGTGA > CP042583/1743404‑1743963 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |