Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,743,717 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,743,717 | 0 | A | T | 99.6% | 602.5 / NA | 258 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.67e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,743,718 | 0 | G | C | 100.0% | 607.3 / NA | 258 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (121/137); total (121/137) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,743,719 | 0 | C | G | 99.2% | 596.3 / NA | 258 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base G (119/137); total (121/137) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.19e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 258 total aligned reads displayed.
ATATCGAAAAAGGCGAAAAACCGTTGGCGGCGGCGCTCAAGGGCGCAGGTGAAATCGGCTTTACCATTA‑TCAGCCTGACCTTCAGTCTGATTGCGGTGTTGATCCCACTGCTGTTTATGGGCGATATCGTCGGGCGACTGTTCCGCGAATTTGCTATTACCCTGGCGGTAGCGATTTTGATCAGTGCGGTGGTGAGCCTGACCCTGACACCGATGATGTGCGCGCGGATGCTCAGCCAGGAGAGCTTGCGTAAACAGAACCGCTTCTCCCGTGCCAGCGAAAAAATGTTCGACAGGATAATCGCCGCCTATGGTCGTGGACTGGCGAAAGT‑GCTGAATCATCCGTGGCTGACCTTAAGCGTGGCACTCAGCACGCTGCTGCTTAGCGTGCTGCTGTGGGTGTTCATTCCGAAAGGTTTCTTCCCGGTACAGGACAATGGCATTATTCAGGGCACTTTGCAGGCACCGCAATCCAGCTCCTTTGCCAATATGGCCCAGCGACAACGCCAGGTCGCGGACGTGATTTTGCAGGATCCGGCAGTGCAAAGCCTG > CP042583/1743442‑1743992 ||| atatCGAAAAAGGCGAAAAACCGTTGGCGGCGGCGCTCAAGGGCGCAGGTGAAATCGGCTTTACCATTA‑TCTCGCTGACCTTCTCACTGATTGCGGTGTTGATCCCAATGCTGTTTATGGGCGATATCGTCGGGCGACTGTTCCGCGAATTTGCTATTACCCTGACGGTAGCGAATTTGATCTCAGCGGTGGTGTCGCTGACCCTGACACCGATGATGTGCGCGCGGATGCTCAGCCAGGAGTCGTTGCGTAAACAGAACCGCTTCTCCCGTGCCTCGGAAAAACTGtt > 1:1628129/1‑289 (MQ=255) tatCGAAAAAGGCGAAAAACCGTTGGCGGCGGCGCTCAAGGGCGCAGGTGAAATCGGCTTTACCATTA‑TCTCGCTGACCTTCTCACTGATTGCGGTGTTGATCCCACTGCTGTTTATGGGCGATATCGTCGGGCGACTGTTCCGCGAATTTGCTATTACCCTGGCGGTAGCGATTTTGATCTCAGCGGTGGTGTCGCTGACCCTGACACCGATGATGTGCGCGCGGATGCTCAGGCAGGCGTCGTTGCGTAAACAGAACCGCTTCTCCCTGGCCTCGGAAAAAATGTTc > 2:438353/1‑289 (MQ=255) aaGGCGAAAAACCGTTGGCGGCGGCGCTCAAGGGCGCAGGTGAAATCGGCTTTACCATTA‑TCTCGCTGACCTTCTCACTGATTGCGGTGTTGATCCCACTGCTGTTTATGGGCGATATCGTCGGGCGACTGTTCCGCGAATTTGCTATTACCCTGGCGGTAGCGATTTTGATCTCAGCGGTGGTGTCGCTGACCCTGACACCGATGATGTGCGCGCGGATGCTCAGCCAGGAGTCGTTGCGTAAACAGAACCGCTTCTCCCGTGCCTCGGAAAAAATGTTCGACAGGAt < 2:950939/289‑1 (MQ=255) ggCGAAAAACCGTTGGCGGCGGCGCTCAAGGGCGCAGGTGAAATCGGCTTTACCATTA‑TCTCGCTGACCTTCTCACTGATTGCGGTGTTGATCCCACTGCTGTTTATGGGCGATATCGTCGGGCGACTGTTCCGCGAATTTGCTATTACCCTGGCGGTAGCGATTTTGATCTCAGCGGTGGTGTCGCTGACCCTGACACCGATGATGTGCGCGCGGATGCTCAGCCAGGAGTCGTTGCGTAAACAGAACCGCTTCTCCCGTGCCTCGGAAAAAATGTTCGACAGGATaa > 1:661852/1‑289 (MQ=255) 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ATATCGAAAAAGGCGAAAAACCGTTGGCGGCGGCGCTCAAGGGCGCAGGTGAAATCGGCTTTACCATTA‑TCAGCCTGACCTTCAGTCTGATTGCGGTGTTGATCCCACTGCTGTTTATGGGCGATATCGTCGGGCGACTGTTCCGCGAATTTGCTATTACCCTGGCGGTAGCGATTTTGATCAGTGCGGTGGTGAGCCTGACCCTGACACCGATGATGTGCGCGCGGATGCTCAGCCAGGAGAGCTTGCGTAAACAGAACCGCTTCTCCCGTGCCAGCGAAAAAATGTTCGACAGGATAATCGCCGCCTATGGTCGTGGACTGGCGAAAGT‑GCTGAATCATCCGTGGCTGACCTTAAGCGTGGCACTCAGCACGCTGCTGCTTAGCGTGCTGCTGTGGGTGTTCATTCCGAAAGGTTTCTTCCCGGTACAGGACAATGGCATTATTCAGGGCACTTTGCAGGCACCGCAATCCAGCTCCTTTGCCAATATGGCCCAGCGACAACGCCAGGTCGCGGACGTGATTTTGCAGGATCCGGCAGTGCAAAGCCTG > CP042583/1743442‑1743992 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |