Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,744,656 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,744,656 | 0 | A | T | 99.6% | 586.6 / NA | 250 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (123/126); minor base C (1/0); total (124/126) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.96e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,744,657 | 0 | G | C | 99.6% | 579.6 / NA | 250 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (121/126); total (124/126) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.92e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,744,658 | 0 | C | G | 98.4% | 570.1 / NA | 250 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (4/0); new base G (120/125); total (124/126) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.00e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 250 total aligned reads displayed.
TGGCGGATGTCGATAACGCCCTGTACAACGCGTTTGGTCAGCGGCTGATTTCCACTATTTATACTCAGGCCAACCAGTATCGCGTGGTGCTGGAGCACAACACCGAAAATACCCCAGGCCTCGCGGCGCTGGATACCATTCGCCTGACCAGCAGCGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCAGTATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTA‑TAGCCTGGGCGATGCGGTGCAGGCGATTATGGACACCGAAAAGACGCTGAATCTG‑CCGGTGGATATCACCACGCAGTTCCAGGGCAGCACCCTCGCCTTCCAGAGCGCGCTGGGCAGCACTGTCTGGCTGATTGTCGCGGCGGTGGTGGCGA‑TGTATATCGTGCTCGGCATTCTGTACGAGAGCTTTATTCACCCGATCACCATTCTCAGCACGCTACCCACCGCAGGGGTTGGCGCACTGCTGGCGTTGCTGATTGCTGGTAGCGAACTGGATGTGATTG > CP042583/1744378‑1744935 ||| tgtattccGATAACGCCCCATACAACGCGTTGGATCAGGGGCTGATTTCCCCTATTTATACTCAGGCCAACCGGTCTCGCGTGGTGCTGGAGCACAACACCGAAAATACCCCCGGCCTCGCGGCGCTGGATACCATTCGCCTGACCAGCAGCGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCTCAATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTA‑TTCGCTGGGCGATg < 2:309547/281‑1 (MQ=255) cGGATGTCGCTAACGCCCTGGACAAGCCGTTTGGTCGTCGGCTGACTTCCACTATTGATACTCAGGCCAACCAGTATCGCGTGGGGCTGGAGCACAACACCGGAAATACCCTAGGCCTCGCGGCGCTGGATACCATTCGCCTGACCAGCAGCGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCTCAATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTA‑TTCGCTGGGCGATg < 2:1444867/288‑1 (MQ=255) gggtgacGATAACTCCCAGTACGACGCATTGGGTCGGCGGCTTATTTCATCTATTAGGACTCAGGCCAACCAGTAGCCCGTGGTGCTGGGGCCCAACACCGAAAACACCTCAGGCCGCGCGGCGCTGGATACCATTCGCCTGACCAGCAGCGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCTCAATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGGTCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTA‑TTCGCTGGTCGATGc < 2:1320646/282‑1 (MQ=255) tgcgctAACCCCCTGTACAACGCGTTTGGTCAGCTGCTGATTTCCACTATTTATACTCGGGCCAACCAGTATCGCGTGGTGCTGGAGCACAACACCGAAAATACCCCAGGCCTCGCGGCGCTGGATACCATTCGCCTGACCAGCAGCGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCTCAATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTA‑TTCGCTGGGCGATGCGGTg < 2:833750/283‑1 (MQ=255) cGATAACGCCCTGTACAACGCGTTTGGTCAGCGGCTGATTTCCACTATTTATACTCAGGCCAACCAGTATCGCGTGGTGCTGGAGCACAACACCGAAAATACCCCAGGCCTCGCGGCGCTGGATACCATTCGCCTGACCAGCAGCGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCTCAATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTA‑TTCGCTGGGCGATGCGGTGCa < 1:1513160/288‑1 (MQ=255) cccTGTACAACGCGTTTGGTCAGCGGCTGATTTCCACTATTTATACTCAGGCCAACCAGTATCGCGTGGTGCTGGAGCACAACACCGAAAATACCCCAGGCCTCGCGGCGCTGGATACCATTCGCCTGACCAGCAGCGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCTCAATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTA‑TTCGCTGGGCGATGCGGTGCAGGCGATTAt > 1:865503/1‑289 (MQ=255) cgcgTTTGGTCAGCGGCTGATTTCCACTATTTATACTCAGGCCAACCAGTATCGCGTGGTGCTGGAGCACAACACCGAAAATACCCCAGGCCTCGCGGCGCTGGATACCATTCGCCTGACCAGCAGCGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCTCAATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTA‑TTCGCTGGGCGATg < 1:1443983/263‑1 (MQ=255) gcgTTTGGTCAGCGGCTGATTTCCACTATTTATACTCAGGCCAACCAGTATCGCGTGGTGCTGGAGCACAACACCGAAAATACCCCAGGCCTCGCGGCGCTGGATACCATTCGCCTGACCAGCAGCGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCTCAATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTA‑TTCGCTGGGCGATGCGGTGCAGGCGATTATGGACCCCGaaa > 2:1309839/1‑289 (MQ=255) ttGGTCAGCGGCTGATTTCCACTATTTATACTCAGGCCAACCAGTATCGCGTGGTGCTGGAGCACAACACCGAAAATACCCCAGGCCTCGCGGCGCTGGATACCATTCGCCTGACCAGCAGCGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCTCAATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTA‑TTCGCTGGGCGATGCGGTGCAGGCGATTATGGACACCGAAAAGAc > 1:489238/1‑289 (MQ=255) gATTTCCACTATTTATACTCAGGCCAACCAGTATCGCGTGGTGCTGGAGCACAACACCGAAAATACCCCAGGCCTCGCGGCGCTGGATACCATTCGCCTGACCAGCAGCGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCTCAATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTA‑TTCGCTGGGCGATGCGGTGCAGGCGATTATGGACACCGAAAAGACGCTGAATCTG‑CCg < 1:218189/289‑1 (MQ=255) ccACTATTTATACTCAGGCCAACCAGTATCGCGTGGTGCTGGAGCACAACACCGAAAATACCCCAGGCCTCGCGGCGCTGGATACCATTCGCCTGACCAGCAGCGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCCCAATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCACCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTA‑TTCGCCGGGCGATGCGGTGCAGGCGATTATGGACACCGAAAAGACCGCGAATCTG‑CCGGTGGa > 2:917514/1‑289 (MQ=255) tttATACTCAGGCCAACCAGTATCGCGTGGTGCTGGAGCACAACACCGAAAATACCCCAGGCCTCGCGGCGCTGGATACCATTCGCCTGACCAGCAGCCACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCTCAATTGCCCAAATTGAGCCGCGCTTTGCGCCGCTCCCCCTCAACCATCTGGACCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGCTAACTATTCGCCTGGCCG‑TGCGGTTCAGTCGATTATGGACACGCAAAAGACGC‑GTAGCTGTCTGGTGGATATca > 2:1929210/1‑288 (MQ=255) ctaCTCAGGCCAACCAGTATCGCGTGGTGCTGGAGCACAACACCGAAAATACCCCAGGCCTCGCGGCGCTGGATACCATTCGCCTGACCAGCAGCGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCTCAATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGTTCAGTTCCCGGTAACGA‑CATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTA‑TTCGCTGGGCGATGCGGTGCAGGCGATTATGGACACCGAAAAGACGCTGAATCTG‑CCGGTGGATATCACCACg < 1:1718554/288‑1 (MQ=255) taCTCAGGCCAACCAGTATCGCGTGGTGCTGGAGCACAACACCGAAAATACCCCAGGCCTCGCGGCGCTGGATACCATTCGCCTGACCAGCAGCGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCTCAATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTA‑TTCGCTGGGCGATGCGGTGCAGGCGATTATGGACACCGAAAAGACGCTGAATCTG‑CCGGTGGATATCACCACg < 1:1877813/289‑1 (MQ=255) aCTCAGGCCAACCAGTATCGCGTGGTGCTGGAGCACAACACCGAAAATACCCCAGGCCTCGCGGCGCTGGATACCATTCGCCTGACCAGCAGCGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCTCAATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTA‑TTCGCTGGGCGATGCGGTGCAGGCGATTATGGACACCGAAAAGACGCTGAATCTG‑CCGGTGGATATCACCACGc < 1:419921/289‑1 (MQ=255) aGGCCAACCAGTATCGCGTGGTGCTGGAGCACAACACCGAAAATACCCCAGGCCTCGCGGCGCTGGATACCATTCGCCTGACCAGCAGCGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCTCAATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTA‑TTCGCTGGGCGATGCGGTGCAGGCGATTATGGACACCGAAAAGACGCTGAATCTG‑CCGGTGGATATCACCACGCAGt > 1:380310/1‑288 (MQ=255) ggCCAACCAGTATCGCGTGGTGCTGGAGCACAACACCGAAAATACCCCAGGCCTCGCGGCGCTGGATACCATTCGCCTGACCAGCAGCGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCTCAATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTA‑TTCGCTGGGCGATGCGGTGCAGGCGATTATGGACACCGAAAAGACCCTGAATCTG‑CCGGTGGAAAACACCAACCAGtt > 2:890735/1‑288 (MQ=255) ggCCAACCAGTATCGCGTGGTGCTGGAGCACAACACCGAAAATACCCCAGGCCTCGCGGCGCTGGATACCATTCGCCTGACCAGCAGCGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCTCAATCGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTA‑TTCGCTGGGCGATGCGGTGCAGGCGATTATGGACACCGAAAAGACGCTGAATCTG‑CCGGTGGATATCACCACGCAGtt > 2:381966/1‑288 (MQ=255) gCCAACCAGTATCGCGTGGTGCTGGAGCACAACACCGAAAATACCCCAGGCCTCGCGGCGCTGGATACCATTCGCCTGACCAGCAGCGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCTCAATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCCCCTTTAACGTGCCGGATAACTA‑TTCGCTGGGCGATTCGGTGCAGGCGATTATGTACACCGAAAAGACGCTGAATCTG‑CCGGTGGATAGTACCACGCACTTc > 2:1750569/1‑288 (MQ=255) 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tgCTGGAGCACAACACCGAAAATACCCCAGGCCTCGCGGCGCTGGATACCATTCGCCTGACCAGCAGCGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCTCAATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTA‑TTCGCTGGGCGATGCGGTGCAGGCGATTATGGACACCGAAAAGACGCTGAATCTG‑CCGGTGGATATCACCACGCAGTTCCAGGGCAGCACCCTCGCCt > 1:678911/1‑288 (MQ=255) cTGGAGCACAACACCGAAAATACCCCAGGCCTCGCGGCGCTGGATACCATTCGCCTGACCAGCAGCGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCTCAATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTA‑TTCGCTGGGCGATGCGGTGCAGGCGATTATGGACACCGAAAAGACGCTGAATCTG‑CCGGTGGATATCACCACGCAGTTCCAGGGCAGCACCCTCGCCTTcc > 1:1031994/1‑289 (MQ=255) aGCACAACACCGAAAATACCCCAGGCCTCGCGGCGCTGGATACCATTCGCCTGACCAGCAGCGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCTCAATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTA‑TTCGCTGGGCGATGCGGTGCAGGCGATTATGGACACCGAAAAGACGCTGAATCTG‑CCGGTGGATATCACCACGCAGTTCCAGGGCAGCACCCTCGCCTTCCagt < 1:1940613/288‑2 (MQ=255) caccacCGATAATACCCCAGGCCTGGCGGCGTTGGATCCCTTTCGCCTGACCGGCAGCGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCTCAATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTA‑TTCGCTGGGCGATGCGGTGCAGGCGATTATGGACACCGAAAAGACGCTGAATCTG‑CCGGTGGATATCACCACGCAGTTCCAGGGCAGCACCCTCGCCTTCGagtcggcg < 2:1784876/286‑7 (MQ=255) caacaCCGAAAATACCCCCGGCCTCGCGGCGCTGGATACCATTCGCCTGACCAGCAGCGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCTCAATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTA‑TTCGCTGGGCGATGCGGTGCAGGCGATTATGGACACCGAAAAGACGCTGAATCTG‑CCGGTGGATATCACCACGCAGTTCCAGGGCAGCACCCTCGCCTTCCagtcggcg < 2:755973/289‑7 (MQ=255) caacaCCGAAAATACCCCAGGCCTCGCGGCGCTGGATACCATTCGCCTGACCAGCAGCGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCTCAATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCCACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGCTCACTA‑TTCGCTGGGCGATGCGGTGCAGGCGATTATGGACACCGACAAGACGCTGCATCTG‑CCGGTGGATATCCCCACGCAGTTCCAGGGCAGCACCCTCGCCTTCCagtcggc > 1:962588/1‑283 (MQ=255) 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caacaCCGAAAATACCCCAGGCCTCGCGGCGCTGGATACCATTCGCCTGACCAGCAGCGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCTCAATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTA‑TTCGCTGGGCGATGCGGTGCAGGCGATTATGGACACCGAAAAGACGCTGAATCTG‑CCGGTGGATATCACCACGCAGTTCCAGGGCAGCACCCTCGCCTTCCagtcggc > 2:1713429/1‑283 (MQ=255) caacaCCGAAAATACCCCAGGCCTCGCGGCGCTGGATACCATTCGCCTGACCAGCAGCGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCTCAATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTA‑TTCGCTGGGCGATGCGGTGCAGGCGATTATGGACACCGAAAAGACGCTGAATCTG‑CCGGTGGATATCACCACGCAGTTCCAGGGCAGCACCCTCGCCTTCCagtcggc > 1:1403327/1‑283 (MQ=255) caacaCCGAAAATACCCCAGGCCTCGCGGCGCTGGATACCATTCGCCTGACCAGCAGCGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCTCAATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTA‑TTCGCTGGGCGATGCGGTGCAGGCGATTATGGACACCGAAAAGACGCTGAATCTG‑CCGGTGGATATCACCACGCAGTTCCAGGGCAGCACCCTCGCCTTCCagtcggc > 1:1235610/1‑283 (MQ=255) 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cacCGAAAATACCCCAGGCCTCGCGGCGCTGGATACCATTCGCCTGACCAGCAGCGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCTCAATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTA‑TTCGCTGGGCGATGCGGTGCAGGCGAGTATGGACACCGAAAAGACGCTGAATCTG‑CCGGTGGATATCACCACGCAGTTCCAGGGCAGCACCCTCGCCTTCCAGcgcgcgacg > 2:636681/1‑286 (MQ=255) aaaaTACCCCAGGCCTCGCGGCGCTGGATACCATTCGCCTGACCAGCAGCGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCTCAATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTA‑TTCGCTGGGCGATGCGGTGCAGGCGATTATGGACACCGAAAAGACGCTGAATCTG‑CCGGTGGATATCACCACGCAGTTCCAGGGCAGCACCCTCGCCTTCCAGTCGGCGCTGGgcag < 2:1235610/289‑1 (MQ=255) aaTACCCGAGGCCGCGCAGGGCTGGATACCATTGGCCTGACCGGCAGCGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCTCAATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCAATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTA‑TTCGCTGGGCGATGCGGTGCAGGCGATTATGGACACCGAAAAGACGCTGAATCTG‑CCGGTGGATATCACCACGCAGTTCCAGGGCAGCACCCTCGCCTTCCAGTCGGCGCTGGgcagca < 2:962588/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |