| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,745,352 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,745,352 | 0 | A | T | 99.5% | 438.1 / NA | 188 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (90/97); minor base G (0/1); total (90/98) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,745,353 | 0 | G | C | 100.0% | 438.3 / NA | 188 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (90/98); total (90/98) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,745,354 | 0 | C | G | 99.5% | 438.1 / NA | 188 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (89/98); minor base T (1/0); total (90/98) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.79e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
Only 100 of 188 total aligned reads displayed.
GATCCTGATGACCACTCTGGCGGCTCTGCTTGGCGCGCTGCCGCTGATGTTGAGTACCGGGGTCGGCGCGGAACTGCGTCGTCCGTTAGGTATCGGCATGGTCGGCGGTCTGATTGTCAGCCAGGTGCTGACGCTGTTTACCACGCCGGTGATTTATTTGCTGTTCGACCGCCTGGCATTGTGGACCAAAAGCCGCTTTGCCCGTCATGAAGAGGAGGCGTAAGTGAAGTTTTTTGCCCTCTTCATTTACCGCCCGGTGGCGACGATTTTACTGAGCGTTGCCATTACCCTGTGCGGCATACTGGGCTTCCGTATGCTGCCGGTCGCCCCGCTGCCGCAGGTCGATTTTCCGGTGATTATCGTCAGCGCCAGCCTGCCCGGTGCGAGTCCAGAAACAATGGCGTCTTCCGTTGCCACGCCGCTGGAGCGCAGTCTTGGGCGCATTGCCGGAGTCAGTGAAATGACCTCCAGCAGTAGCCTCGGCAGCACGCGTATTATTTTGCAGTTTGATTTTGACCGGGATATCAACGGCGCAGCGCGTGATGTGCAGGCG > CP042583/1745078‑1745630 ||| gtgccTGAGGCCCGCTCTGGCGGCTCGTGTTGGCGGGATGCGGCTGATGTTGGGTACCGGGGTCGGCGCGGAACTGCGTCGTCCGTTAGGTATCGGCATGGTCGGCGGTCTGATTGTCAGCCAGGTGCTGACGCTGTTTACCACGCCGGTGATTTATTTGCTGTTCGACCGCCTGGCATTGTGGACCAAAAGCCGCTTTGCCCGTCATGAAGAGGAGGCGTAAGTGAAGTTTTTTGCCCTCTTCATTTACCGCCCGGTGGCGACGATTTTACTGTCGGTTGCCATTAcc < 2:1625079/286‑1 (MQ=255)gacccTGCTGACCACTCTGGCGGCTCGTCTTGGCGCGCTGCCCCTGATGTTGAGTACCGGGGTCGGCGCGGAACTGCGTCGTCCGTTAGGTATCGGCATGGTCGGCGGTCTGATTGTCAGCCAGGTGCTGACGCTGTTTACCACGCCGGTGATTTATTTGCTGTTCGACCGCCTGGCATTGTGGACCAAAAGCCGCTTTGCCCGTCATGAAGAGGAGGCGTAAGTGAAGTTTTTTGCCCTCTTCATTTACCGCCCGGTGGCGACGATTTTACTGTCGGTTGCCATTAcc < 1:802684/286‑1 (MQ=255)gATCCTGATGACCACTCTGGCGGCTCTGCTTGGCGCGCTGCCGCTGATGTTGAGTACCGGGGTCGGCGCGGAACTGCGTCGTCCGTTAGGTATCGGCATGGTCGGCGGTCTGATTGTCAGCCAGGTGCTGACGCTGTTTACCACGCCGGTGATTTATTTGCTGTTCGACCGCCTGGCATTGTGGACCAAAAGCCGCTTTGCCCGTCATGAAGAGGAGGCGTAAGTGAAGTTTTTTGCCCTCTTCATTTACCGCCCGGTGGCGACGATTTTACTGTCGGTTGCCATTAcc < 1:1448195/289‑1 (MQ=255) tCCTGAGGACCACCCTGGCGGCTCGGGTTGGCGCGCTGCCGCTGATGTTGAGTACCGGGGTCGGCGCGGAACTGCGTCGTCCGTTAGGTATCGGCATGGTCGGCGGTCTGATTGTCAGCCAGGTGCTGACGCTGTTTACCACGCCGGTGATTTATTTGCTGTTCGACCGCCTGGCATTGTGGACCAAAAGCCGCTTTGCCCGTCATGAAGAGGAGGCGTAAGTGAAGTTTTTTGCCCTCTTCATTTACCGCCCGGTGGCGACGATTTTACTGTCGGTTGCCATTAcc < 2:64684/287‑1 (MQ=255) ggtgcacACTCTGGCGGTTCGGCTTGGCGCGCTGCCGCTGATGTTGGGTACCGGGGTCGGCGCGGAACTGCGTCGTCCGTTAGGTATCGGCATGGTCGGCGGTCTGATTGTCAGCCAGGTGCTGACGCTGTTTACCACGCCGGTGATTTATTTGCTGTTCGACCGCCTGGCATTGTGGACCAAAAGCCGCTTTGCCCGTCATGAAGAGGAGGCGTAAGTGAAGTTTTTTGCCCTCTTCATTTACCGCCCGGTGGCGACGATTTTACTGTCGGTTGCCATTACCCtgtg < 2:1755384/282‑1 (MQ=255) tgaCCCCTCTGGGGGGTCGGCTTGGGGCGCGGCCGCTGATGTTGAGTACGGGGGTCGGCGCGGAACTGCGTCGTCCGTTAGGTATCGGCATGGTCGGCGGTCTGATTGTCAGCCAGGTGCTGACGCTGTTTACCACGCCGGTGATTTATTTGCTGTTCGACCGCCTGGCATTGTGGACCAAAAGCCGCTTTGCCCGTCATGAAGAGGAGGCGTAAGTGAAGTTTTTTGCCCTCTTCATTTACCGCCCGGTGGCGACGATTTTACTGTCGGTTGCCATTACCCTGTGCg < 2:1342780/288‑1 (MQ=255) tgaCCACTCTGGCGGCTCTGCTTGGCGCGCTGCCGCTGATGTTGAGTACCGGGGTCGGCGCGGAACTGCGTCGTCCGTTAGGTATCGGCATGGTCGGCGGTCTGATTGTCAGCCAGGTGCTGACGCTGTTTACCACGCCGGTGATTTATTTGCTGTTCGACCGCCTGGCATTGTGGACCAAAAGCCGCTTTGCCCGTCATGAAGAGGAGGCGTAAGTGAAGTTTTTTGCCCTCTTCATTTACCGCCCGGTGGCGACGATTTTACTGTCGGTTGCCATTACCCTGTGCg < 2:1549634/288‑1 (MQ=255) tattctGGCGGCTCTGCTTGGCGCGCTGCCGCTGCTGTTGGGTACCGGGGTCGGCGCGGAACTGCGTCGTCCGTTAGGTATCGGCATGGTCGGCGGTCTGATTGTCAGCCAGGTGCTGACGCTGTTTCCCACGCCGGTGATTTATTTGCTGTTCGACCGCCTGGCATTGTGGACCAAAAGCCGCTTTGCCCGTCATGAAGAGGAGGCGTAAGTGAAGTTTTTTGCCCTCTTCATTTACCGCCCGGTGGCGACGATTTTACTGTCGGTTGCCATTACCCTGTGCGGCATa < 1:890786/286‑1 (MQ=255) cACTCTGGCGGCTCTGCTTGGCGCGCTGCCGCTGATGTTGAGTACCGGGGTCGGCGCGGAACTGCGTCGTCCGTTAGGTATCGGCATGGTCGGCGGTCTGATTGTCAGCCAGGTGCTGACGCTGTTTACCACGCCGGTGATTTATTTGCTGTTCGACCGCCTGGCATTGTGGACCAAAAGCCGCTTTGCCCGTCATGAAGAGGAGGCGTAAGTGAAGTTTTTTGCCCTCGTCATTTACCGCCCGGTCGCGACGCTTTTACTGTCGGTTGCCATTACCCTGTGGGGCAt > 2:1292026/1‑288 (MQ=255) ctctGGCGGCTCTGCTTGGCGCGCTGCCGCTGATGTTGAGTACCGGGGTCGGCGCGGAACTGCGTCGTCCGTTAGGTATCGGCATGGTCGGCGGTCTGATTGTCAGCCAGGTGCTGACGCTGTTTACCACGCCGGTGATTTATTTGCTGTTCGACCGCCTGGCATTGTGGACCAAAAGCCGCTTTGCCCGTCATGAAGAGGAGGCGTAAGTGAAGTTTTTTGCCCTCTTCATTTACCGCCCGGTGGCGACGATTTTACTGTCGGTTGCCATTACCCTGTGCGGCAt > 1:718151/1‑286 (MQ=255) tctGGCGGCTCTGCTTGGCGCGCTGCCGCTGATGTTGAGTACCGGGGTCGGCGCGGAACTGCGTCGTCCGTTAGGTATCGGCATGGTCGGCGGTCTGATTGTCAGCCAGGTGCTGACGCTGTTTACCACGCCGGTGATTTATTTGCTGTTCGACCGCCTGGCATTGTGGACCAAAAGCCGCTTTGCCCGTCATGAAGAGGAGGCGTAAGTGAAGTTTTTTGCCCTCTTCATTTACCGCCCGGTGGCGACGATTTTACTGTCGGTTGCCATTACCCTGTGCGGCATACTg > 1:88758/1‑289 (MQ=255) tGGCGGCTCTGCTTGGCGCGCTGCCGCTGATGTTGAGTACCGGGGTCGGCGCGGAACTGCGTCGTCCGTTAGGTATCGGCATGGTCGGCGGTCTGATTGTCAGCCAGGTGCTGACGCTGTTTACCACGCCGGTGATTTATTTGCTGTTCGACCGCCTGGCATTGTGGACCAAAAGCCGCTTTGCCCGTCATGAAGAGGAGGCGTAAGTGAAGTTTTTTGCCCTCTTCATTTACCGCCCGGTGGCGACGATTTTACTGTCGGTTGCCATTACCCTGTGCGGCATACTggg < 1:657494/289‑1 (MQ=255) ggcTCTGCTTGGCGCGCTGCCGCTGATGTTGAGTACCGGGGTCGGCGCGGAACTGCGTCGTCCGTTAGGTATCGGCATGGTCGGCGGTCTGATTGTCAGCCAGGTGCTGACGCTGTTTACCACGCCGGTGATTTATTTGCTGTTCGACCGCCTGGCATTGTGGACCAAAAGCCGCTTTGCCCGTCATGAAGAGGAGGCGTAAGTGAAGTTTTTTGCCCTCTTCATTTACCGCCCGGTGGCGACGATTTTACTGTCGGTTGCCATTACCCTGTGCGGCATACTGGGCtt < 1:1718883/288‑1 (MQ=255) tctGCTTGGCGCGCTGCCGCTGATGTTGAGTACCGGGGTCGGCGCGGAACTGCGTCGTCCGTTAGGTATCGGCATGGTCGGCGGTCTGATTGTCAGCCAGGTGCTGACGCTGTTTACCACGCCGGTGATTTATTTGCTGTTCGACCGCCTGGCATTGTGGACCAAAAGCCGCTTTGCCCGTCATGAAGAGGAGGCGTAAGTGAAGTTTTTTGCCCTCTTCATTTACCGCCCGGTGGCGACGATTTTACTGTCGGTTGCCATTACCCTGTTCGGCATACGTGGCTTCCGt > 2:950673/1‑289 (MQ=255) tgttGTTGAGTACCGGGGTCGGCGCGGAACTGCGTCGTCCGTTAGGTATCGGCATGGTCGGCGGTCTGATTGTCAGCCAGGTGCTGACGCTGTTTACCACGCCGGTGATTTATTTGCTGTTCGACCGCCTGGCATTGTGGACCAAAAGCCGCTTTGCCCGTCATGAAGAGGAGGCGTAAGTGAAGTTTTTTGCCCTCTTCATTTACCGCCCGGTGGCGACGATTTTACTGTCGGTTGCCATTACCCTGTGCGGCATACTGGGCTTCCGTATGCTGCCGGTCGCCCCGCt < 1:1209514/286‑1 (MQ=255) tGAGTACCGGGGTCGGCGCGGAACTGCGTCGTCCGTTAGGTATCGGCATGGTCGGCGGTCTGATTGTCAGCCAGGTGCTGACGCTGTTTACCACGCCGGTGATTTATTTGCTGTTCGACCGCCTGGCATTGTGGACCAAAAGCCGCTTTGCCCGTCATGAAGAGGAGGCGTAAGTGAAGTTTTTTGCCCTCTTCATTTACCGCCCGGTGGCGACGATTTTACTGTCGGTTGCCATTAcc < 1:1373318/239‑1 (MQ=255) tGAGTACCGGGGTCGGCGCGGAACTGCGTCGTCCGTTAGGTATCGGCATGGTCGGCGGTCTGATTGTCAGCCAGGTGCTGACGCTGTTTACCACGCCGGTGATTTATTTGCTGTTCGACCGCCTGGCATTGTGGACCAAAAGCCGCTTTGCCCGTCATGAAGAGGAGGCGTAAGTGAAGTTTTTTGCCCTCTTCATTTACCGCCCGGTGGCGACGATTTTACTGTCGGTTGCCATTAcc > 2:1373318/1‑239 (MQ=255) ccGGGGTCGGCGCGGAACTGCGTCGTCCGTTAGGTATCGGCATGGTCGGCGGTCTGATTGTCAGCCAGGTGCTGACGCTGTTTACCACGCCGGTGGTTTATTTGCTGTTCGACCGCCTGGCATCGTGCATCAAAAGCCGCTTTGCCCGTCATGAAGAGGAGGCGTAAGTGCAGTTTTTTGCCCTCTTCATTTACCGCCAGGTGGCGACGATTTTACTGTCGGTTGCCATTACCCTCTGCGGCATACTGGGCTTCCGTATGCTGTCGTTCTCCCCGCCCCCGCATGta > 2:1510646/1‑286 (MQ=255) gcgcGGAACTGCGTCGTCCGTTAGGTATCGGCATGGTCGGCGGTCTGATTGTCAGCCGGGTGCTGACGCTGTTTACCACGCCGGTGATTTATTTGCTGTTCGACCGCCTGGCATTGTGGACCAAAAGCCGCTTTGCCCGTCATGAAGGGGAGGCGTAAGTGAAGTTTTTTGCCCTCTTCATTTACCGCCCGGTGGCGACGATTTTACTGTCGGTTGCCATTACCCTGTGCGGCATACTGGGCTTCCGTATGCTGCCGGTCGCCCCGCTGCCGCAGGTCGATTTTCCgg < 2:1929063/288‑1 (MQ=255) 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cgtcCGTTAGGTATCGGCATGGTCGGCGGTCTGATTGTCAGCCAGGTGCTGACGCTGTTTACCACGCCGGTGATTTATTTGCTGTTCGACCGCCTGGCATTGTGGACCAAAAGCCGCTTTGCCCGTCATGAAGAGGAGGCGTAAGTGAAGTTTTTTGCCCTCTTCATTTACCGCCCGGTGGCGACGATTTTACTGTCGGTTGCCATTACCCTGTGCGGCATACTGGGCTTCCGTATGCTGCCGGTCGCCCCGCTGCCGCAGGTCGATTTTCCGGTGATTATCGTCAgcg < 1:1292026/289‑1 (MQ=255) cgtcCGTTAGGTATCGGCATGGTCGGCGGTCTGATTGTCAGCCAGGTGCTGACGCTGTTTACCACGCCGGTGATTTATTTGCTGTTCGACCGCCTGGCATTGTGGACCAAAAGCCGCTTTGCCCGTCATGAAGAGGAGGCGTAAGTGAAGTTTTTTGCCCTCTTCATTTACCGCCCGGTGGCGACGATTTTACTGTCGGTTGCCATTACCCTGTGCGGCATACTGGGCTTCCGTATGCTGCCGGTCGCCCCGCTGCCGCAGGTCGATTTTCCGGTGATTATCGTCAgcg < 1:156223/289‑1 (MQ=255) agtcCGTTGGGTATCGGCATGGTCGGCGGTCTGATTGTCATCCAGGTGCTGACGCTGTTTACCACGCCGGGGATTTATTTGCTGTTCGACCGCCTGGCATTGTGGACCAAAAGCCGCTTTGCCCGTCATGAAGAGGAGGCGTAAGTGAAGTTTTTTGCCCTCTTCATTTACCGCCCGGTGGCGACGATTTTACTGTCGGTTGCCATTACCCTGTGCGGCATACTGGGCTTCCGTATGCTGCCGGTCGCCCCGCTGCCGCAGGTCGATTTTCCGGTGATTATCGTCAgcg < 1:1434265/288‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |