| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,746,321 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,746,321 | 0 | A | T | 98.3% | 388.2 / NA | 174 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (87/82); minor base C (3/0); total (91/83) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.47e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,746,322 | 0 | G | C | 99.4% | 395.4 / NA | 174 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (91/82); total (91/83) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.77e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,746,323 | 0 | C | G | 98.9% | 404.8 / NA | 174 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base G (90/82); total (91/83) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 174 total aligned reads displayed.
CAACAACGGCGGCGCGGTTCGTCTGGGCGATGTGGCGACGGTGACCGACAGTGTGCAGGATGTGCGCAACGCCGGGATGACCAACGCCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAG‑GAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCAGCCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCAGCGTGG‑CGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCAGCGGTC‑GCGCCACTATTATTCCCGCCGTTAGCGTGCCGGTTAGCCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCTTAGCTTAATGGCGCTCACCATCGCTACTGGTTTCGTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGCTGGAAAACATTGCACGTCATCTGGAAGCGGGAATGAAACCGTTGCAAGCCGCACTGCAAGGTACTCGCGAAGT > CP042583/1746044‑1746592 ||| cggcggCGCGGTTCGTCTGGGCGATGTGGCGACGGTGACCGACTCAGTGCAGGATGTGCGCAACGCCGGGATGACCAACGCCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGGCACAATTACCGGAGTTGCAG‑GAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCCCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGG‑CGCTGGGGAtt > 1:468155/1‑289 (MQ=255) 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cGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGG‑CGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGGTC‑GCGCCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCTTTCGTTAATGGCGCTCACCATCGCTACTGGTTTCGTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGCTGGAAAACATTGCACGTCATCTGGAAGCGGGAATGAAACCGTTGCAAGCCGCACTGCAAGGTACTCGCGaa > 1:530823/1‑289 (MQ=255) cGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGG‑CGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGGTC‑GCGCCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCTTTCGTTAATGGCGCTCACCATCGCTACTGGTTTCGTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGCTGGAAAACATTGCACGTCATCTGGAAGCGGGAATGAAACCGTTGCAAGCCGCACTGCAAGGTACTCGCGaa < 1:812809/289‑1 (MQ=255) ||| CAACAACGGCGGCGCGGTTCGTCTGGGCGATGTGGCGACGGTGACCGACAGTGTGCAGGATGTGCGCAACGCCGGGATGACCAACGCCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAG‑GAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCAGCCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCAGCGTGG‑CGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCAGCGGTC‑GCGCCACTATTATTCCCGCCGTTAGCGTGCCGGTTAGCCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCTTAGCTTAATGGCGCTCACCATCGCTACTGGTTTCGTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGCTGGAAAACATTGCACGTCATCTGGAAGCGGGAATGAAACCGTTGCAAGCCGCACTGCAAGGTACTCGCGAAGT > CP042583/1746044‑1746592 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |