| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,746,609 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,746,609 | 0 | A | T | 99.5% | 425.6 / NA | 182 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (96/85); minor base G (0/1); total (96/86) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.73e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,746,610 | 0 | G | C | 98.9% | 414.9 / NA | 182 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base C (95/85); total (96/86) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,746,611 | 0 | C | G | 98.4% | 418.2 / NA | 182 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (95/84); minor base T (1/2); total (96/86) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.03e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 182 total aligned reads displayed.
GATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCAGCGGTCGCGCCACTATTATTCCCGCCGTTAGCGTGCCGGTTAGCCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCTTAGCTTAATGGCGCTCACCATCGCTACTGGTTTCGTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGCTGGAAAACATTGCACGTCATCTGGAAGCGGGAATGAAACCGTTGCAAGCCGCACTGCAAGGTACTCGCGAAGTCGGTTTTACGGTGCTGAGCATGAGTCTGAGTCTGGTGGCGGTGTTCCTGCCGCTGCTGTTGATGGGCGGATTGCCGGGCCGACTGTTACGCGAATTTGCCGTGACGCTTTCTGTCGCCATTGGTATAAGC‑TTGCTGGTTTCTCTGACATTAACGCCAATGATGTGTGGCTGGATGCTGAAAGCCAGCAAGCCGCGCGAGCAAAAGCGACTGCGT‑GGTTTTGGTCGCATGTTGGTAGCCCTGCAACAAGGCTACGGCAAGAGTCTAAAATGGGTGCTCAATCATACCC > CP042583/1746335‑1746879 ||| gtgttgggtggtGTTTTTATTCCTGCGGTCGGGTCGGGCCATTTTTATTCCCGCCGTTTCGGGACCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTGCCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCTTTCGTTAATGGCGCTCACCATCGCTACTGGTTTCGTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGCTGGAAAACATTGCACGTCATCTGGAAGCGGGAATGAAACCGTTGCAAGCCGCACTGCAAGGTACTCGCGAAGTCGGTTTTACGGTGCTGTCGAtgagtctgtca < 2:112489/283‑4 (MQ=255) 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aaGGTACTCGCGAAGTCGGTTTTACGGTGCTGTCGATGAGTCTGTCACTGGTGGCGGTGTTCCTGCCGCTGCTGTTGATGGGCGGATTGCCGGGCCGACTGTTACGCGAATTTGCCGTGACGCTTTCTGTCGCCATTGGTATATCG‑TTGCTGGTTTCTCTGACATTAACGCCAATGATGTGTGGCTGGATGCTGAAAGCCAGCAAGCCGCGCGAGCAAAAGCGACTGCGT‑GGTTTTGGTCGCATGTTGGTAGCCCTGCAACAAGGCTACGGCAAGTCACTAAAATggg < 1:644207/288‑1 (MQ=255) aCTCGCGAAGTCGGTTTTACGGTGCTGTCGATGAGTCTGTCACTGGTGGCGGTGTTCCTGCCGCTGCTGTTGATGGGCGGATTGCCGGGCCGACTGTTACGCGAATTTGCCGTGACGCTTTCTGTCGCCATTGGTATATCG‑TTGCTGGTTTCTCTGACATTAACGCCAATGATGTGTGGCTGGATGCTGAAAGCCAGCAAGCCGCGCGAGCAAAAGCGACTGCGT‑GGTTTTGGTCGCATGTTGGTAGCCCTGCAACAAGGCTACGGCAAGTCACTAAAATGGGTGCTc < 1:1962262/288‑1 (MQ=255) ctggcgAAGTGGGTTTTACGGGGCTGTCGATGAGTCTGTCACTGGTGGCGGTGTTCCTGCCGCTGCTGTTGATGGGCGGATTGCCGGGCCGACTGTTACGCGAATTTGCCGTGACGCTTTCTGTCGCCATTGGTATATCG‑TTGCTGGTTTCTCTGACATTAACGCCAATGATGTGTGGCTGGATGCTGAAAGCCAGCAAGCCGCGCGAGCAAAAGCGACTGCGT‑GGTTTTGGTCGCATGTTGGTAGCCCTGCAACAAGGCTACGGCAAGTCACTAAAATGGGTGCTCaa < 2:1188279/286‑1 (MQ=255) tCGCGAAGTCGGTTTTACGGTGCTGTCGATGAGTCTGTCACTGGTGGCGGTGTTCCTGCCGCTGCTGTTGATGGGCGGATTGCCGGGCCGACTGTTACGCGAATTTGCCGTGACGCTTTCTGTCGCCATTGGTATATCG‑TTGCTGGTTTCTCTGACATTAACGCCAATGATGTGTGGCTGGATGCTGAAAGCCAGCAAGCCGCGCGAGCAAAAGCGACTGCGT‑GGTTTTGGTCGCATGTTGGTAGCCCTGCAACAAGGCTACGGCAAGTCACTAAAATGGGTGCTCAAt > 2:193286/1‑289 (MQ=255) aaGTCGGTTTTACGGTGCTGTCGATGAGTCTGTCACTGGTGGCGGTGTTCCTGCCGCTGCTGTTGATGGGCGGATTGCCGGGCCGACTGTTACGCGAATTTGCCGTGACGCTTTCTGTCGCCATTGGTATATCG‑TTGCTGGTTTCTCTGACATTAACGCCAATGATGTGTTGCTGGATGCTGAAAGCCAGCAAGCCGCGCGAGCAAAAGCGACTGCGT‑GGTTTTGGTCGCATGTTGGTAGCCCGGCAACAAGGCTACGGCAAGTCACCAAAATGGGGGCTCAATCATa > 2:1093071/1‑288 (MQ=255) ||| GATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCAGCGGTCGCGCCACTATTATTCCCGCCGTTAGCGTGCCGGTTAGCCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCTTAGCTTAATGGCGCTCACCATCGCTACTGGTTTCGTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGCTGGAAAACATTGCACGTCATCTGGAAGCGGGAATGAAACCGTTGCAAGCCGCACTGCAAGGTACTCGCGAAGTCGGTTTTACGGTGCTGAGCATGAGTCTGAGTCTGGTGGCGGTGTTCCTGCCGCTGCTGTTGATGGGCGGATTGCCGGGCCGACTGTTACGCGAATTTGCCGTGACGCTTTCTGTCGCCATTGGTATAAGC‑TTGCTGGTTTCTCTGACATTAACGCCAATGATGTGTGGCTGGATGCTGAAAGCCAGCAAGCCGCGCGAGCAAAAGCGACTGCGT‑GGTTTTGGTCGCATGTTGGTAGCCCTGCAACAAGGCTACGGCAAGAGTCTAAAATGGGTGCTCAATCATACCC > CP042583/1746335‑1746879 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |