Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,756,002 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,756,002 | 0 | A | T | 99.3% | 337.4 / NA | 146 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.73e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,756,003 | 0 | G | C | 100.0% | 338.4 / NA | 146 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (69/77); total (69/77) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,756,004 | 0 | C | G | 99.3% | 339.4 / ‑5.6 | 146 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (69/76); minor base A (0/1); total (69/77) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.84e-01 |
Only 100 of 146 total aligned reads displayed.
CACAAACCGACCCGAATCGCTGCGCCGTCCTGTGCGCTAACCTTGGCGGCGACACAGACACCATCGGTGCTATGGCGACGGCAATTTGCGGCGCGTTGCATGGCGTTAACGCTATCGATCCTGCGTTAAAGGCGGAACTGGATGCGGTAAATCAGCTTGATTTCAACCGCTATGCCACAGCGCTGGCGAAATATCGTCAACAACGGGAGGCGGTATGAGCGGCGCTCGATTACACACGCTGCTGCCTGAATTAACCACGCGTCAGAGCGTGATGGTCGTCGGCGCGGCGGTCATTGACGTGATCGCCGACGCTTATGCCCTCCCCTGGCGTGGGTGCGATATCGAACTGAAACAGCAGAGCGTTAACGTTGGCGGCTGCGCACTGAATATTGCCGTGGCGTTAAAGCGCCTCGGCATCGAAGCGGGTAATGCCTTGCCGCTCGGTCAGGGCGTGTGGGCGGAG‑ATGATTCGCAACCGGATGGCAAAAGAGGGCTTAATCAGCCTGATCGATAACGCCGAAGGTGATAACGGCTGGTGTCTGGCG > CP042583/1755737‑1756280 ||| cacaAACCGAACCGAATCGGTGCGCCGGCCTGTGCGCTAACCTTGGCGTCGACACAGACACCATCTGTGCTATGGCGACGGCAAGTTGCGGCGCGTTGCATGGCGTTAACGCTATCGATCCTGCGTTAAAGGCGGAACTGGATGCGGTAAATCAGCTTGATGTCAACCGCTATGCCACAGCGCTGGCGAAATATCGTCAACAACGGGAGGCGGTATGAGCGGCGCTCGATTACACACGCTGCTGCCTGAATTAACCACGCGTCAGTCGGTGATGGTCGTcggcgcggc < 2:1468139/288‑1 (MQ=255) aCCCGAATCGCTGCGCCGTCCTGTGCGCTAACCTTGGCGGCGACACAGACACCATCGGTGCTATGGCGACGGCAATTTGCGGCGCGTTGCATGGCGTTAACGCTATCGATCCTGCGTTAAAGGCGGAACTGGATGCGGTAAATCAGCTTGATTTCAACCGCTATGCCACAGCGCTGGCGAAATATCGTCAACAACGGGAGGCGGTATGAGCGGCGCTCGATTACACACTCTGCTGCCTGAATTAACCACGCGTCAGCCGGTGATGGTCGTCGGCGCGGCCGTCATTCAc > 2:1303825/1‑289 (MQ=255) tGCGCCGTCCTGTGCGCTAACCTTGGCGGCGACACAGACACCATCGGTGCTATGGCGACGGCAATTTGCGGCGCGTTGCATGGCGTTAACGCTATCGATCCTGCGTTAAAGGCGGAACTGGATGCGGTAAATCAGCTTGATTTCAACCGCTATGCCACAGCGCTGGCGAAATATCGTCAACAACGGGAGGCGGTATGAGCGGCGCTCGATTACACACGCTGCTGCCTGAATTAACCACGCGTCAGTCGGTGATGGTCGTCGGCGCGGCGGTCATTGACGTGATCGCCGa < 1:1210674/289‑1 (MQ=255) cgccgggccgttgCGCGAGCCTTGGCGGCGACCCGGACACCATCGGTGTTATGGCGCCGGCAATTTGCGGCCGGTTGCATGGCGTTACCGCTATCGATCCTGGGTTAAAGGCGGAACTGGATGAGGTAAATCAGCTTGATTTCAACCGCTATGCCACAGCGCTGGCGAAATATCGTCAACAACGGGAGGCGGTATGAGCGGCGCTCGATTACACACGCTGCTGCCTGAATTAACCACGCGTCAGTCGGTGATGGTCGTCGGCGCGGCGGTCATTGACGTGATCGcc < 2:1070207/275‑1 (MQ=255) 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tCCTGTGCGCTAACCTTGGCGGCGACACAGACACCATCGGTGCTATGGCGACGGCAATTTGCGGCGCGTTGCATGGCGTTAACGCTATCGATCCTGCGTTAAAGGCGGAACTGGATGCGGTAAATCAGCTTGATTTCAACCGCTATGCCACAGCGCTGGCGAAATATCGTCAACAACGGGAGGCGGTATGAGCGGCGCTCGATTACACACGCTGCTGCCTGAATTAACCACGCGTCAGTCGGTGATGGTCGTCGGCGCGGCGGTCATTGACGTGATCGcc < 2:1922855/280‑1 (MQ=255) tgtgCGCTAACCTTGGCGGCGACACAGACACCATCGGTGCTATGGCGACGGCAATTTGGGGCGCGTTGCATGGCGTTAACGCTATCGATCCTGCGTTAAAGGCGGAACTGGATGCGGTAAATCAGCTTGATTTCAACCGCTATGCCACAGCGCTGGCGAAATATCGTCAACAACGGGAGGCGGTATGAGCGGCGCTCGATTACACACGCTGCTGCCTGAATTAACCACGCGTCAGTCGGTGATGGTCGTCGGCGCGGCGGTCATTGACGTGATCGCCGACGCTTATGcc < 2:627689/289‑1 (MQ=255) ggtgCGCGAACCTTGGCGCGGGCACAGACACCATCGGTGCTATGGCGACGGCAATTTGCGGCGCGTTGCATGGCGTTAACGCTATCGATCCTGCGTTAAAGGCGGAACTGGATGCGGTAAATCAGCTTGATTTCAACCGCTATGCCACAGCGCTGGCGAAATATCGTCAACAACGGGAGGCGGTATGAGCGGCGCTCGATTACACACGCTGCTGCCTGAATTAACCACGCGTCAGTCGGTGATGGTCGTCGGCGCGGCGGTCATTGACGTGATCGCCGACGCTTATGcc < 2:411992/288‑1 (MQ=255) ggggcgcTAACCTTGGCGGCGAAAAAGACACCATCGGTGCTATGGCGACGGCAATTGGCGGCGCGTTGCATGGCGTTAACGCTATCGATCCTGCGTTAAAGGCGGAACTGGATGCGGTAAATCAGCTTGATTTCAACCGCTATGCCACAGCGCTGGCGAAATATCGTCAACAACGGGAGGCGGTATGAGCGGCGCTCGATTACACACGCTGCTGCCTGAATTAACCACGCGTCAGTCGGTGATGGTCGTCGGCGCGGCGGTCATTGACGTGATCGCCGACGCTTATGcc < 1:689894/286‑1 (MQ=255) tgCGCTAACCTTGGCGGCGACACAGACACCATCGGTGCTATGGCGACGGCAATTTGCGGCGCGTTGCATGGCGTTAACGCTATCGATCCTGCGTTAAAGGCGGAACTGGATGCGGTAAATCAGCTTGATTTCAACCGCTATGCCACAGCGCTGGCGAAATATCGTCAACAACGGGAGGCGGTATGAGCGGCGCTCGATTACACACGCTGCTGCCTGAATTAACCACGCGTCAGTCGGTGATGGTCGTCGGCGCGGCGGTCATTGACGTGATCGCCGACGCTTATGgcc > 1:1166984/1‑288 (MQ=255) tAACCTTGGCGGCGACACAGACACCATCGGTGCTATGGCGACGGCAATTTGCGGCGCGTTGCATGGCGTTAACGCTATCGATCCTGCGTTAAAGGCGGAACTGGATGCGGTAAATCAGCTTGATTTCAACCGCTATGCCACAGCGCTGGCGAAATATCGTCAACAACGGGAGGCGGTATGAGCGGCGCTCGATTACACACGCTGCTGCCTGAATTAACCACGCGTCAGTCGGTGATGGTCGTCGGCGCGGCGGTCATTGACGTGATCGCCGACGCTTATGCCCTcc > 1:32729/1‑286 (MQ=255) tAACCTTGGCGGCGACACAGACACCATCGGTGCTATGGCGACGGCAATTTGCGGCGCGTTGCATGGCGTTAACGCTATCGATCCTGCGTTAAAGGCGGAACTGGATGCGGTAAATCAGCTTGATTTCAACCGCTATGCCACAGCGCTGGCGAAATATCGTCAACAACGGGAGGCGGTATGAGCGGCGCTCGATTACACACGCTGCTGCCTGAATTAACCACGCGTCAGTCGGTGATGGTCGTCGGCCCGGCGGTCACTGACGTGATCGCCGACGCTTTTGCCCTcccc > 2:1492044/1‑288 (MQ=255) aCCTTGGCGGCGACACAGACACCATCGGTGCTATGGCGACGGCAATTTGCGGCGCGTTGCATGGCGTTAACGCTATCGATCCTGCGTTAAAGGCGGAACTGGATGCGGTAAATCAGCTTGATTTCAACCGCTATGCCACAGCGCTGGCGAAATATCGTCAACAACGGGAGGCGGTATGAGCGGCGCTCGATTACACACGCTGCTGCCTGAATTAACCACGCGTCAGTCGGTGATGGTCGTCGGCGCGGCGGTCATTGACGTGATCGCCGACGCTTATGCCCTCCCCTg > 1:1827358/1‑288 (MQ=255) aCCTTGGCGGCGACACAGACACCATCGGTGCTATGGCGACGGCAATTTGCGGCGCGTTGCATGGCGTTAACGCTATCGATCCTGCGTTAAAGGCGGAACTGGATGCGGTAAATCAGCTTGATTTCAACCGCTATGCCACAGCGCTGGCGAAATATCGTCAACAACGGGAGGCGGTATGAGCGGCGCTCGATTACACACGCTGCTGCCTGAATTAACCACGCGTCAGTCGGTGATGGTCGTCGGCCCGGCGGTCATTGACGTGATCGCCGACCCTCGTGCCCTCCCCTgt > 2:1771948/1‑288 (MQ=255) 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cTGAATTAACCACGCGTCAGTCGGTGATGGTCGTCGGCGCGGCGGTCATTGACGTGATCGCCGACGCTTATGCCCTCCCCTGGCGTGGGTGCGATATCGAACTGAAACAGCAGAGCGTTAACGTTGGCGGCTGCGCACTGAATATTGCCGTGGCGTTAAAGCGCCTCGGCATCGAAGCGGGTAATGCCTTGCCGCTCGGTCAGGGCGTGTGGGCGGAG‑ATGATTCGCAACCGGATGGCAAAAGAGGGCTTAATCAGCCTGATCGATAACGCCGAAGGTGATAACGGCTg < 1:339506/289‑1 (MQ=255) aTTAACCACGCGTCAGTCGGTGATGGTCGTCGGCGCGGCGGTCATTGACGTGATCGCCGACGCTTATGCCCTCCCCTGGCGTGGGTGCGATATCGAACTGaa > 1:997012/1‑102 (MQ=255) aCCACGCGTCAGTCGGTGATGGTCGTCGGCGCGGCGGTCATTGACGTGATCGCCGACGCTTATGCCCTCCCCTGGCGTGGGTGCGATATCGAACTGAAACAGCAGAGCGTTAACGTTGGCGGCTGCGCACTGAATATTGCCGTGGCGTTAAAGCGCCTCGGCATCGAAGCGGGTAATGCCTTGCCGCTCGGTCAGGGCGTGTGGGCGGAG‑ATGATTCGCAACCGGATGGCAAAAGAGGGCTTAATCAGCCTGATCGATAACGCCGa < 2:716815/266‑1 (MQ=255) aCCACGCGTCAGTCGGTGATGGTCGTCGGCGCGGCGGTCATTGACGTGATCGCCGACGCTTATGCCCTCCCCTGGCGTGGGTGCGATATCGAACTGAAACAGCAGAGCGTTAACGTTGGCGGCTGCGCACTGAATATTGCCGTGGCGTTAAAGCGCCTCGGCATCGAAGCGGGTAATGCCTTGCCGCTCGGTCAGGGCGTGTGGGCGGAG‑ATGATTCGCAACCGGATGGCAAAAGAGGGCTTAATCAGCCTGATCGATAACGCCGAAGGTGATAACGGCTGGTGTCTgg > 1:1110274/1‑289 (MQ=255) ccACGCGTCAGTCGGTGATGGTCGTCGGCGCGGCGGTCATTGACGTGATCGCCGACGCTTATGCCCTCCCCTGGCGTGGGTGCGATATCGAACTGAAACAGCAGAGCGTTAACGTTGGCGGCTGCGCACTGAATATTGCCGTGGCGTTAAAGCGCCTCGGCATCGAAGCGGGTAATGCCTTGCCGCTCGGTCAGGGCGTGTGGGCGGAG‑ATGATTCGCAACCGGATGGCAAAAGAGGGCTTAATCAGCCTGATCGATAACGCCGAAGGTGATAACGGCTGGTGTCTGgc > 1:300414/1‑289 (MQ=255) ||| CACAAACCGACCCGAATCGCTGCGCCGTCCTGTGCGCTAACCTTGGCGGCGACACAGACACCATCGGTGCTATGGCGACGGCAATTTGCGGCGCGTTGCATGGCGTTAACGCTATCGATCCTGCGTTAAAGGCGGAACTGGATGCGGTAAATCAGCTTGATTTCAACCGCTATGCCACAGCGCTGGCGAAATATCGTCAACAACGGGAGGCGGTATGAGCGGCGCTCGATTACACACGCTGCTGCCTGAATTAACCACGCGTCAGAGCGTGATGGTCGTCGGCGCGGCGGTCATTGACGTGATCGCCGACGCTTATGCCCTCCCCTGGCGTGGGTGCGATATCGAACTGAAACAGCAGAGCGTTAACGTTGGCGGCTGCGCACTGAATATTGCCGTGGCGTTAAAGCGCCTCGGCATCGAAGCGGGTAATGCCTTGCCGCTCGGTCAGGGCGTGTGGGCGGAG‑ATGATTCGCAACCGGATGGCAAAAGAGGGCTTAATCAGCCTGATCGATAACGCCGAAGGTGATAACGGCTGGTGTCTGGCG > CP042583/1755737‑1756280 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |