Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,760,160 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,760,160 | 0 | A | T | 99.2% | 586.0 / NA | 250 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (130/118); minor base G (2/0); total (132/118) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.00e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,760,161 | 0 | C | G | 99.6% | 580.4 / NA | 250 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (130/117); total (132/118) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,760,162 | 0 | T | A | 100.0% | 589.7 / NA | 250 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (132/118); total (132/118) |
Only 100 of 250 total aligned reads displayed.
ACTGGATCAAGCGTCCAGGGTGTTTGAGAGCTTTTTGCTTGCTCAACGGCAGCACGCATC‑GCCTGAGCGCGTGGCTGCGTCAGTGTGCCAACGTTAATCAACAAGGCACTGGCGATAGCCGCAAACTGACTGGCCTCTTCGGTTTCGATAACCATCGCTGGGCTTGCACCGA‑‑GCGCCAGCAAGGTATTGGCGGTAAAGGTTTGCACCACATCATTGGTCATGCAGTGCACAAGAGGGGAATGTTGGTGAAAAAGGTGTAACGCGTGCGCAGATTGCGCACTACCCAGCAGGTCGACTTGCATAGTTTGCTCCTGCCATAACGTGAAGAAGCAATGACCTGGTGGTCCGTGACTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATAAATCGCAGAGGAGGATGGTAATGTCCAGCGCACGCGTTGTAAACGAGGAAAAACGGCAGTTTTACAATCGCGTTAATAAATTATTTGATATAACTATCCAGCACCTTCAGAAC > CP042583/1759882‑1760438 ||| gATCAAGCGTCCAGGGTGTTTGAGAGCTTTTTGCTTGCTCAACGGCAGCACGCATC‑GCCTGAGCGCGTGGCTGCGTCAGTGTGCCAACGTTAATCAACAAGGCACTGGCGATAGCCGCAAACTGACTGGCCTCTTCGGTTTCGATAACCATCGCTGGCGATGCACCGA‑‑GCGCCAGCAAGGTATTGGCGGTAAAGGTTTGCACCACATCATTGGTCATGCAGTGCACAAGAGGGGAATGTTGGTGAAAAAGGTGTAACGCGTGCGCAGATTGCGCTGAACCCAGCAGGTc > 2:1662549/1‑289 (MQ=255) gATCAAGCGTCCAGGGTGTTTGAGAGCTTTTTGCTTGCTCAACGGCAGCACGCATC‑GCCTGAGCGCGTGGCTGCGTCAGTGTGCCAACGTTAATCAACAAGGCACTGGCGATAGCCGCAAACTGACTGGCCTCTTCGGTTTCGATAACCATCGCTGGCGATGCACCGA‑‑GCGCCAGCAAGGTATTGGCGGTAAAGGTTTGCACCACATCATTGGTCATGCAGTGCACAAGAGGGGAATGTTGGTGAAAAAGGTGTAACGCGTGCGCAGATTGCGCTGAACCCAGCAGGTc > 1:1116007/1‑289 (MQ=255) tCAAGCGTCCAGGGTGTTTGAGAGCTTTTTGCTTGCTCAACGGCAGCACGCATC‑GCCTGAGCGCGTGGCTGCGTCAGTGTGCCAACGTTAATCAACAAGGCACTGGCGATAGCCGCAAACTGACTGGCCTCTTCGGTTTCGATAACCATCGCTGGCGATGCACCGA‑‑GCGCCAGCAAGGTATTGGCGGTAAAGGTTTGCACCACATCATTGGTCATGCAGTGCACAAGAGGGGAATGTTGGTGAGAAAGGTGTAACGCGTGCGCAGATTGCGCTGAACCCAGCAgg > 2:135701/1‑285 (MQ=255) tCAAGCGTCCAGGGTGTTTGAGAGCTTTTTGCTTGCTCAACGGCAGCACGCATC‑GCCTGAGCGCGTGGCTGCGTCAGTGTGCCAACGTTAATCAACAAGGCACTGGCGATAGCCGCAAACTGACTGGCCTCTTCGGTTTCGATAACCATCGCTGGCGATGCACCGA‑‑GCGCCAGCAAGGTATTGGCGGTAAAGGTTTGCACCACATCATTGGTCATGCAGTGCACAAGAGGGGAATGTTGGTGAGAAAGGTGTAACGCGTGCGCAGATTGCGCTGAACCCAGCAgg < 1:135701/285‑1 (MQ=255) 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tttGAGAGCTTTTTGCTTGCTCAACGGCAGCACGCATC‑GCCTGAGCGCGTGGCTGCGTCAGTGTGCCAACGTTAATCAACAAGGCACTGGCGATAGCCGCAAACTGACTGGCCTCTTCGGTTTCGATAACCATCGCTGGCGATGCACCGA‑‑GCGCCAGCAAGGTATTGGCGGTAAAGGTTTGCACCACATCATTGGTCATGCAGTGCACAAGAGGGGAATGTTGGTGAAAAAGGTGTAACGCGTGCGCAGATTGCGCTGAACCCAGCAGGTCGACTTGCATAGTTTGCTc < 1:869157/289‑1 (MQ=255) ttGAGAGCTTTTTGCTTGCTCAACGGCAGCACGCATC‑GCCTGAGCGCGTGGCTGCGTCAGTGTGCCAACGTTAATCAACAAGGCACTGGCGATAGCCGCAAACTGACTGGCCTCTTCGGTTTCGATAACCATCGCTGGCGATGCACCGA‑‑GCGCCAGCAAGGTATTGGCGGTAAAGGTTTGCACCACATCATTGGTCATGCAGTGCACAAGAGGGGAATGTTGGTGAAAAAGGTGTAACGCGTGCGCAGATTGCGCTGAACCCAGCAGGTCGACTTGCATAGtt < 2:236063/283‑1 (MQ=255) ttGAGAGCTTTTTGCTTGCTCAACGGCAGCACGCATC‑GCCTGAGCGCGTGGCTGCGTCAGTGTGCCAACGTTAATCAACAAGGCACTGGCGATAGCCGCAAACTGACTGGCCTCTTCGGTTTCGATAACCATCGCTGGCGATGCACCGA‑‑GCGCCAGCAAGGTATTGGCGGTAAAGGTTTGCACCACATCATTGGTCATGCAGTGCACAAGAGGGGAATGTTGGTGAAAAAGGTGTAACGCGTGCGCAGATTGCGCTGAACCCAGCAGGTCGACTTGCATAGTTTGCt > 1:1640880/1‑287 (MQ=255) 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agCTTTTTGCTTGCTCAACGGCAGCACGCATC‑GCCTGAGCGCGTGGCTGCGTCAGTGTGCCAACGTTAATCAACAAGGCACTGGCGATAGCCGCAAACTGACTGGCCTCTTCGGTTTCGATAACCATCGCTGGCGATGCACCGA‑‑GCGCCAGCAAGGTATTGGCGGTAAAGGTTTGCACCACATCATTGGTCATGCAGTGCACAAGAGGGGAATGTTGGTGAAAAAGGTGTAACGCGTGCGCAGATTGCGCTGAACCCAGCAGGTCGACTTGCATAGTTTGCTCCTGCCa > 2:1800522/1‑289 (MQ=255) cTTTTTGCTTGCTCAACGGCAGCACGCATC‑GCCTGAGCGCGTGGCTGCGTCAGTGTGCCAACGTTAATCAACAAGGCACTGGCGATAGCCGCAAACTGACTGGCCTCTTCGGTTTCGATAACCATCGCTGGCGATGCACCGA‑‑GCGCCAGCAAGGTATTGGCGGTAAAGGTTTGCACCACATCATTGGTCATGCAGTGCACAAGAGGGGAATGTTGGTGAAAAAGGTGTAACGCGTGCGCAGATTGCGCTGAACCCAGCAGGTCGACTTGCCTAGTTTGCTCCTGCCATa > 2:1385805/1‑289 (MQ=255) cTTTTTGCTTGCTCAACGGCAGCACGCATC‑GCCTGAGCGCGTGGCTGCGTCAGTGTGCCAACGTTAATCAACAAGGCACTGGCGATAGCCGCAAACTGACTGGCCTCTTCGGTTTCGATAACCATCGCTGGCGATGCACCGA‑‑GCGCCAGCAAGGTATTGGCGGTAAAGGTTTGCACCACATCATTGGTCATGCAGTGCACAAGAGGGGAATGTTGGTGAAAAAGGTGTAACGCGTGCGCAGATTGCGCTGAACCCAGCAGGTCGACTTGCATAGTTTGCTCCTGCCATa > 1:237643/1‑289 (MQ=255) tttttGCTTGCTCAACGGCAGCACGCATA‑GCCTGAGCGCGTGGCTGCGTCAGTGTGCCAACGTTAATCAACAAGGCACTGGCGATAGCCGCAAACTGACTGGCCTCTTCGGTTTCGATAACCATCGCTGGCGATGCACCGA‑‑GCGCCAGCAAGGTATTGGCGGTAAAGGTTTGCACCACATCATTGGTCATGCAGTGCACAAGAGGGGAATGTTGGTGAAAAAGGTGTAACGCGTGCGCAGATTGCGCTGAACCCAGCAGGTCGACTTGCATAGTTTGCTCCTGCCATa < 1:1664906/288‑1 (MQ=255) agcaCGCATC‑GCCTGAGCGCGTGGCTGCGTCAGTGTGCCAACGTTAATCAACAAGGCACTGGCGATAGCCGCAAACTGACTGGCCTCTTCGGTTTCGATAACCATCGCTGGCGATGCACCGA‑‑GCGCCAGCAAGGTATTGGCGGTAAAGGTTTGCACCACCTCATTGGTCATGCAGTGCACAAGAGGGGAATGTTGGTGAAAAAGGTGTAACGCGTGCGCAGATTGCGCTGAACCCAGCAGGTTGCGTTGCATAGTTTGCTCCTGCCATTACGGGAATAAGccaatacct > 2:1950974/1‑281 (MQ=255) caCGCATC‑GCCTGAGCGCGTGGCTGCGTCAGTGTGCCAACGTTAATCAACAAGGCACTGGCGATAGCCGCAAACTGACTGGCCTCTTCGGTTTCGATATCCATCGCTGGCGATGCACCGA‑‑GCGCCAGCAAGGTATTGGCGGTAAAGGTTTGCACCACATCATTGGTCATGCAGTGCACAAGAGGGGAATGTTGGTGAAAAAGGTGTAACGCGTGCGCAGATTGCGCTGAACCCAGCAGGTCGACTTGCATAGTTTGCTCCTGCCATAACGTGAAGAAGCAATGACCtgg > 1:1677971/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |