Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,761,923 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,761,923 | 0 | A | T | 99.2% | 613.0 / NA | 261 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (122/137); minor base C (2/0); total (124/137) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.25e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,761,924 | 0 | G | C | 99.6% | 611.2 / NA | 261 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (123/137); total (124/137) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.75e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,761,925 | 0 | C | G | 99.2% | 602.7 / NA | 261 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/2); new base G (123/135); total (124/137) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.00e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 261 total aligned reads displayed.
GCATGTTATCTTCAGCCCAGGATGATTCTTAAATCAGCTATTTCCGCTGACTCTCTGCTCGCTAAGGATGCTTTTAGGGCATCCTTTCATTTACACTTTTTACGAAATCATGGGATCACTAACAAAATATCGCTTGTCAGTTATATTGTATGGCAGGAAAGATATGCGACTGATATTACAGATCCCCAAAGTGGAGAGTTTATGACCATTAAAAATAAGATGTTGCTGGGTGCGCTTTTGCTGGTTACCAGTGCCGCCTGGGCCGCACCAGCCACCGCGGGTAGCACCAATACCAGCGGAATTTCTAAGTATGAGTTAAGTAGTTTCATTGCTGACTTTAAGCATTTCAAACCAGGGGACACCGTACCAGAAATGTACCGTACCGATGAGTACAACATTAAGCAGTGGCAGTTGCGTAACCTGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGGCGCGTACGTGTTGATCAGCGACACCGACGGTAAAATCATTAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGAGGGG > CP042583/1761641‑1762204 ||| gCATGTTATCTTCAGCCCAGGATGATTCTTAAATCAGCTATTTCCGCTGACTCTCTGCTCGCTAAGGATGCTTTTAGGGCATCCTTTCATTTACACTTTTTACGAAATCATGGGATCACTAACAAAATATCGCTTGTCAGTTATATTGTATGGCAGGAAAGATATGCGACTGATATTACAGATCCCCAAAGTGGAGAGTTTATGACCATTAAAAATAAAATGTTGCTGTGTGCGCTTTTGCTGGCTACCAGTCTCGCCTCGGCCGCACATGCCACCGCGGTTTGGACCa > 2:1840809/1‑289 (MQ=255) tccgCCCAGGATGATTCTTAAATCAGCTATTTCCGCTGACTCTCTGCTCGCTAAGGATGCTTTTAGGGCATCCTTTCATTTACACTTTTTACGAAATCATGGGATCACTAACAAAATATCGCTTGTCAGTTATATTGTATGGCAGGAAAGATATGCGACTGATATTACAGATCCCCAAAGTGGAGAGTTTATGACCATTAAAAATAAGATGTTGCTGGGTGCGCTTTTGCTGGTTACCAGTGCCGCCTGGGCCGCACCAGCCACCGCGGGTTCGACCAATAcctcggga < 1:586491/286‑7 (MQ=255) gCCCAGGATGATTCTTAAATCAGCTATTTCCGCTGACTCTCTGCTCGCTAAGGATGCTTTTAGGGCATCCTTTCATTTACACTTTTTACGAAATCATGGGATCACTAACAAAATATCGCTTGTCAGTTATATTGTATGGCAGGAAAGATATGCGACTGATATTACAGATCCCCAAAGTGGAGAGTTTATGACCATTAAAAATAAGATGTTGCTGGGTGCGCTTTTGCTGGTTACCAGTGCCGCCTGGGCCGCACCAGCCACCGCGGGTTCGACCAATACCTCGGGAAtt > 1:874215/1‑289 (MQ=255) tgatTCTTAAATCAGCTATTTCCGCTGACTCTCTGCTCGCTAAGGATGCTTTTAGGGCATCCTTTCATTTACACTTTTTACGAAATCATGGGATCACTAACAAAATATCGCTTGTCAGTTATATTGTATGGCAGGAAAGATATGCGACTGATATTACAGATCCCCAAAGTGGAGAGTTTATGACCATTAAAAATAAGATGTTGCTGGGTGCGCTTTTGCTGGTTACCAGTGCCGCCTGGGCCGCACCAGCCACCGCGGGTTCGACCAATACCTCGGGAATTTCTAAGt < 2:636611/288‑1 (MQ=255) 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cTATTTCCGCTGACTCTCTGCTCGCTAAGGATGCTTTTAGGGCATCCTTTCATTTACACTTTTTACGAAATCATGGGATCACTAACAAAATATCGCTTGTCAGTTATATTGCATGGCAGGAAAGATATGCGACTGATATTACAGATCCCCAAAGTGGAGAGTTTATGACCATTAAAAATAAGATGTTGCTGGGTGCGCTTTTGCTGGTTACCAGTGCCGCCTGGGCCGCACCAGCCACCGCGGGTTCGACCAATACCTCGGGGATTTCTAAGTATGAGTTAAGTAGttt > 2:1105710/1‑289 (MQ=255) tGACTCTCTGCTCGCTAAGGATGCTTTTAGGGCATCCTTTCATTTACACTTTTTACGAAATCATGGGATCACTAACAAAATATCGCTTGTCAGTTATATTGTATGGCAGGAAAGATATGCGACTGATATTACAGATCCCCACAGTGGAGAGTTTATGACCATTAAAAATAAGATGTTGCTGGGTGCGCTTTTGCTGGTTACCCGTTCCGCCTCGGCCGCACCCTCCCCCGCGGGTCCGACCAATACCTCGTCAATTTCTAAGTCTGCGTTAAGTAGTTTCATTCCTgt > 2:1313571/1‑287 (MQ=255) tCGCTAAGGATGCTTTTAGGGCATCCTTTCATTTACACTTTTTACGAAATCATGGGATCACTAACAAAATATCGCTTGTCAGTTATATTGTATGGCAGGAAAGATATGCGACTGATATTACAGATCCCCAAAGTGGAGAGTTTATGACCATTAAAAATAAGATGTTGCTGGGTGCGCTTTTGCTGGTTACCAGTGCCGCCTGGGCCGCACCAGCCACCGCGGGTTCGACCAATACCTCGGGAATTTCTAAGTATGAGTTAAGTAGTTTCATTGCTGACTTTAAGCAtt < 2:1232613/288‑1 (MQ=255) cGCTAAGGATGCTTTTAGGGCATCCTTTCATTTACACTTTTTACGAAATCATGGGATCACTAACAAAATATCGCTTGTCAGTTATATTGTATGGCAGGAAAGATATGCGACTGATATTACAGATCCCCAAAGTGGAGAGTTTATGACCATTAAAAATAAGATGTTGCTGGGTGCGCTTTTGCTGGTTACCAGTGCCGCCTGGGCCGCACCAGCCACCGCGGGTTCGACCAATACCTCGGGAATTTCTAAGTATGAGTTAAGTAGTTTCATTGCTGACTTTaa < 2:462301/282‑1 (MQ=255) cGCTAAGGATGCTTTTAGGGCATCCTTTCATTTACACTTTTTACGAAATCATGGGATCACTAACAAAATATCGCTTGTCAGTTATATTGTATGGCAGGAAAGATATGCGACTGATATTACAGATCCCCAAAGTGGAGAGTTTATGACCATTAAAAATAAGATGTTGCTGGGTGCGCTTTTGCTGGTTACCAGTGCCGCCTGGGCCGCACCAGCCACCGCGGGTTCGACCAATACCTCGGGAATTTCTAAGTATGAGTTAAGTAGTTTCATTGCTGACTTTaa > 1:462301/1‑282 (MQ=255) cGCTAAGGATGCTTTTAGGGCATCCTTTCATTTACACTTTTTACGAAATCATGGGATCACTAACAAAATATCGCCTGTCAGTTATATTGTATGGCAGGACAGATATGCGACTGATACTACAGATCCCCAACGTGGAGCGTTTATGACCACTAAAAATACGATCTTGCTGGGTGCGCTTTTGCTGGTTACCACTGCCTCCTGGGCCGCACCACCCACCGCGGGTCCAACCAATCACTCGGGCTTTTGTCATCATGCGTTCAGTAGTTTCATAGCTGACTTCAAGCATTTc > 2:1601021/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |