Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,761,935 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,761,935 | 0 | A | T | 99.6% | 621.3 / NA | 265 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.68e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,761,936 | 0 | G | C | 99.6% | 621.3 / NA | 265 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (123/141); minor base A (1/0); total (124/141) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.68e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,761,937 | 0 | C | G | 99.2% | 621.6 / NA | 265 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (123/140); minor base T (1/1); total (124/141) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 265 total aligned reads displayed.
GCCCAGGATGATTCTTAAATCAGCTATTTCCGCTGACTCTCTGCTCGCTAAGGATGCTTTTAGGGCATCCTTTCATTTACACTTTTTACGAAATCATGGGATCACTAACAAAATATCGCTTGTCAGTTATATTGTATGGCAGGAAAGATATGCGACTGATATTACAGATCCCCAAAGTGGAGAGTTTATGACCATTAAAAATAAGATGTTGCTGGGTGCGCTTTTGCTGGTTACCAGTGCCGCCTGGGCCGCACCAGCCACCGCGGGTAGCACCAATACCAGCGGAATTTCTAAGTATGAGTTAAGTAGTTTCATTGCTGACTTTAAGCATTTCAAACCAGGGGACACCGTACCAGAAATGTACCGTACCGATGAGTACAACATTAAGCAGTGGCAGTTGCGTAACCTGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGGCGCGTACGTGTTGATCAGCGACACCGACGGTAAAATCATTAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGAGGGGGAAATGCAGA > CP042583/1761655‑1762214 ||| gCCCAGGATGATTCTTAAATCAGCTATTTCCGCTGACTCTCTGCTCGCTAAGGATGCTTTTAGGGCATCCTTTCATTTACACTTTTTACGAAATCATGGGATCACTAACAAAATATCGCTTGTCAGTTATATTGTATGGCAGGAAAGATATGCGACTGATATTACAGATCCCCAAAGTGGAGAGTTTATGACCATTAAAAATAAGATGTTGCTGGGTGCGCTTTTGCTGGTTACCAGTGCCGCCTGGGCCGCACCAGCCACCGCGGGTTCGACCAATACCTCGGGAAtt > 1:874215/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |