Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 1,762,872 | 2 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,762,871 | 1 | . | T | 99.1% | 492.9 / ‑2.8 | 210 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
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Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (115/95); total (115/95) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,762,873 | 0 | T | A | 99.5% | 495.7 / NA | 210 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (114/95); minor base C (1/0); total (115/95) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 215 total aligned reads displayed.
CCCCTTGTTTACTATTTATTGTTGCTTTGTTACCTGTGGCTGGTAATTGACTAACGGGAATACTGTCTAAAGTAATTAATAAATCGTCCGGTTTGCAGGTTGTGGTTATC‑GGGTTGTAACTCAATGTCAGATTAAAGGAATAGACACCTGCATTTTGTGCCAATGCATTTCTGTAGCTATTTACACATGCATCCCAACTCTTGCCACCTAATAAACACAGTAGAAATTGTACTGCGGCACTCCCGCGTGTGCTACTA‑CTAGCACTGGATAATGTCGCAACACCATTAATCATCACACTACCGCCGCCCCCCGCAGAAACATTCACTTTTGCATTACTGGCCGCAGGTGTCACCGTAACACTATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTACTCAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAATTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCGCTCGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCAACTGCTATCATTAAAATTATGCTCATATGTCGCC > CP042583/1762615‑1763162 ||| tcccTTGTTTACTATTTATTGTTGCTTTGTTACCTGTGGCTGGTAATTGTGAAACGGGAATACTGTCTAAAGTAATTAATAAATCGTCCGGTTTGCAGGTTGTGGTTATC‑GGGTTGTATGACAATGTCAGATTAAAGGAATAGACACCTGCATTTTGTGCCAATGCATTTCTGTAGCTATTTACACATGCATCCCATGACTTGCCACCTAATAAACACAGTAGAAATTGTACTGCGGCACTCCCGCGTGT‑CGATGATGAAGCACTGGATAATGTCGCAACACCATTAat < 2:1212342/288‑1 (MQ=255) 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cgatgatgaaGCACTGGATAATGTCGCAACACCATTAATCATCACTGAACCGCCGCCCCCCGCAGAAACATTCACTTTTGCATTACTGGCCGCAGGTGTCACCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAATTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACGAATCATTAAAATTATGCTCa > 1:846361/10‑289 (MQ=255) cgatgatgaaGCACTGGATAATGTCGCAACACCATTAATCATCACTGAACCGCCGCCCCCCGCAGAAACATTCACTTTTGCATTACTGGCCGCAGGTGTCACCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAATTTAATTTTATGGTATCGTTAT‑AAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACGAATCATTAAAATTATGCTCat > 2:1115487/10‑289 (MQ=255) aGCACTGGATAATGTCGCAACACCATTAATCATCACTGAACCGCCGCCCCCCGCAGAAACATTCACTTTTGCATTACTGGCCGCAGGTGTCACCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAATTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTGGTACTTACGCATGCCGAATCATTAAAATTATTCTCATATGTCGcc > 2:1764923/1‑289 (MQ=255) ||| CCCCTTGTTTACTATTTATTGTTGCTTTGTTACCTGTGGCTGGTAATTGACTAACGGGAATACTGTCTAAAGTAATTAATAAATCGTCCGGTTTGCAGGTTGTGGTTATC‑GGGTTGTAACTCAATGTCAGATTAAAGGAATAGACACCTGCATTTTGTGCCAATGCATTTCTGTAGCTATTTACACATGCATCCCAACTCTTGCCACCTAATAAACACAGTAGAAATTGTACTGCGGCACTCCCGCGTGTGCTACTA‑CTAGCACTGGATAATGTCGCAACACCATTAATCATCACACTACCGCCGCCCCCCGCAGAAACATTCACTTTTGCATTACTGGCCGCAGGTGTCACCGTAACACTATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTACTCAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAATTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCGCTCGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCAACTGCTATCATTAAAATTATGCTCATATGTCGCC > CP042583/1762615‑1763162 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |