Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,766,817 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,766,817 | 0 | G | C | 99.5% | 513.8 / NA | 218 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,766,818 | 0 | C | G | 99.1% | 507.9 / NA | 218 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/2); new base G (104/112); total (104/114) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,766,819 | 0 | T | A | 100.0% | 521.7 / NA | 218 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (104/114); total (104/114) |
Only 100 of 218 total aligned reads displayed.
TGGAGAAACTTACAATTTTATTTATTAATCCTGCGCCACACGCATAACCAGAGAAGATAACACATCACCACTTTGCACACTGTTATCTGTCAGTTTCAGGTATTTTGCTTTAAACGGAATAGCATATTGACCTTCCGCTGTTTTATAACTCTCAATGTTAAAA‑GGTGCAGAAACATCCAGGACATCGCTGTTATCACCTAAATAGAGATAGTAACCCACGG‑TATCGTTGCTACTGGCTATCGCCTTATCGTT‑ACCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCAAGCTGAGTTTTACACCAGCAACTTCTTTCGGGCAGCTAATTTTTAACATGCTGCTGGTTACACCGACTGCATCATCATAGGTAGAATATTTAGCTTTACCTTCAAAGACACTGGTTGGTACAGTCGGCATATTAATACTTACACTATCACCACCCGCTTCGAATTTACACGGAGATTCTGCAATATTCCCCTTAATAGTTAATGTTCCGGTATCAACGTCTGCAGCAAATACTCCAGCGCTCATAAAAAAAGAAGAAAAGACAGCGGCAGCAATAAT > CP042583/1766538‑1767092 ||| ggAGAAACTTACAATTTTATTTATTAATCCTGCGCCACACGCATAACCAGAGAAGATAACACATCACCTGATTGCACTGAGTTATCTGTCAGTTTCAGGTATTTTGCTTTAAACGGAATAGCATATTGACCTTCCGCTGTTTTATAACTCTCAATGTTAAAA‑GGTGCAGAAACATCCAGGACATCGCTGTTATCACCTAAATAGAGATAGTAACCCACGG‑TATCGTTGCTACTGGCTATCGCCTTATCGTT‑ACCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCAACGAGAGtttt > 2:1687116/1‑288 (MQ=255) 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agaagaTAACACATCACCTGATTGCACTGAGTTATCTGTCAGTTTCAGGTATTTTGCTTTAAACGGAATAGCATATTGACCTTCCGCTGTTTTATAACTCTCAATGTTAAAA‑GGTGCAGAAACATCCAGGACATCGCTGTTATCACCTAAATAGAGATAGTAACCCACGG‑TATCGTTGCTACTGGCTATCGCCTTATCGTT‑ACCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCAACGAGAGTTTTACACCAGCAACTTCTTTCGGGCAGCTAATTTTTAACATGCTGCTGGTTac > 1:930213/1‑288 (MQ=255) gaagaTAACACATCACCTGATTGCACTGAGTTATCTGTCAGTTTCAGGTATTTTGCTTTAAACGGAATAGCATATTGACCTTCCGCTGTTTTATAACTCTCAATGTTAAAA‑GGTGCAGAAACATCCAGGACATCGCTGTTATCACCTAAATAGAGATAGTAACCCACGG‑TATCGTTGCTACTGGCTATCGCCTTATCGTT‑ACCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCAACGAGAGTTTTACACCAGCAACTTCTTTCGGGCAGCTAATTTTTAACATGCTGCTGGTTa < 2:1374616/286‑1 (MQ=255) aTAACACATCACCTGATTGCACTGAGTTATCTGTCAGTTTCAGGTATTTTGCTTTAAACGGAATAGCATATTGACCTTCCGCTGTTTTATAACTCTCAATGTTAAAA‑GGTGCAGAAACATCCAGGACATCGCTGTTATCACCTAAATAGAGATAGTAACCCACGG‑TATCGTTGCTACTGGCTATCGCCTTATCGTT‑ACCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCAACGAGAGTTTTACACCAGCAACTTCTTTCGGGCAGCTAATTTTTAACATGCTGCTGGTTACACCg > 2:1293298/1‑287 (MQ=255) 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cacaTCACCTGATTGCACTGAGTTATCTGTCAGTTTCAGGTATTTTGCTTTAAACGGAATAGCATATTGACCTTCCGCTGTTTTATAACTCTCAATGTTAAAA‑GGTGCAGAAACATCCAGGACATCGCTGTTATCACCTAAATAGAGATAGTAACCCACGG‑TATCGTTGCTACTGGCTATCGCCTTATCGTT‑ACCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCAACGAGAGTTTTACACCAGCAACTTCTTTCGGGCAGCTAATTTTTAACATGCTGCTGGTTACACCGACTGca < 1:1687116/289‑1 (MQ=255) cacaTCACCTGATTGCACTGAGTTATCTGTCAGTTTCAGGTATTTTGCTTTAAACGGAATAGCATATTGACCTTCCGCTGTTTTATAACTCTCAATGTTAAAA‑GGTGCAGAAACATCCAGGACATCGCTGTTATCACCTAAATAGAGATAGTAACCCACGG‑TATCGTTGCTACTGGCTATCGCCTTATCGTT‑ACCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCAACGAGAGTTTTACACCAGCAACTTCTTTCGGGCAGCTAATTTTTAACATGCTGCTGGTTACACCGACTGca < 1:1139772/289‑1 (MQ=255) cacctgattGCACTGTGTTATCTGTCAGTTTCATGTATTTTGCTTTAAACGGAATAGCATATTGACCTTCCGCTGTTTTATAACTCTCAATGTTAAAA‑GGTGCAGAAACATCCAGGACATCGCTGTTATCACCTAAATAGAGATAGTAACCCACGG‑TATCGTTGCTACTGGCTATCGCCTTATCGTT‑ACCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCAACGAGAGTTTTACACCAGCAACTTCTTTCGGGCAGCTAATTTTTAACATGCTGCTGGTTACACCGa < 2:1284108/272‑1 (MQ=255) 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