Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 1,766,958 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,766,958 | 0 | A | T | 99.4% | 377.1 / NA | 161 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,766,959 | 0 | C | G | 99.4% | 379.2 / NA | 161 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (74/86); minor base T (0/1); total (74/87) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,766,960 | 0 | T | A | 100.0% | 381.2 / NA | 161 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (74/87); total (74/87) |
Only 100 of 161 total aligned reads displayed.
TATAACTCTCAATGTTAAAAGGTGCAGAAACATCCAGGACATCGCTGTTATCACCTAAATAGAGATAGTAACCCACGGTATCGTTGCTACTGGCTATCGCCTTATCGTTACCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCAAGCTGAGTTTTACACCAGCAACTTCTTTCGGGCAGCTAATTTTTAACATGCTGCTGGTTACACCGACTGCATCATCATAGGTAGAATATTTAGCTTTACCTTCAAAGACACTGGTTGGTACAGTCGGCATATTAATACTTACACTATCACCACCCGCTTCGAATTTACACGGAGATTCTGCAATATTCCCCTTAATAGTTAATGTTCCGGTATCAACGTCTGCAGCAAATACTCCAGCGCTCATAAAAAAAGAAGAAAAGACAGCGGCAGCAATAATACTACGTTTCATAATATGTTCCTTAATAAAATTTATTTTTGGTTGTTAAGAGTCTGTATCTCTTGGAAACAAATTTCTCACATCAAAAAAGTTGCCGCAATGTAAACACATTGTTTTATTGATTTAAAACAAATTAACCATTGC > CP042583/1766681‑1767236 ||| ctctCAATGTTAAAAGGTGCAGAAACATCCAGGACATCGCTGTTATCACCTAAATAGAGATAGTAACCCACGGTATCGTTGCTACTGGCTATCGCCTTATCGTTACCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCAACGAGAGTTTTACACCAGCAACTTCTTTCGGGCAGCTAATTTTTAACATGCTGCTGGTTACACCGACTGCATCATCATAGGTAGAATATTTAGCTTTACCTTCAAAGACACTGGTTGGTACAGTCGGCATATTAATACTTACTGAATCACCACCCGCt > 2:1861337/1‑288 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |