| Predicted mutation | ||||||
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| RA | CP042583 | 1,767,478 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 1,767,479 | 0 | C | G | 98.8% | 377.0 / ‑2.1 | 162 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (89/71); minor base A (1/1); total (90/72) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.86e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,767,480 | 0 | T | A | 100.0% | 385.9 / NA | 162 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (90/72); total (90/72) | |||||||||||
Only 100 of 162 total aligned reads displayed.
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TTTATTGATTTAAAACAAATTAACCATTGCAATATAAATACAAAAAATATTTAAGAGTATTAACTATTTATCGCATCTATCAATTAATGTAGATTTATGTAAATGGTATTGTTGATATCAATAAAAAAGCCGAAATCATTTATATAAATGATTTCGGCTTTCTAAATGCAATTAAAATCAGGTTGCCAAATTAATCGTAGCGATTTAACACGATTCGACGTTTGCTATCGCTACCTGCAACAACCACTTCTGTCGTTACACCTTTGACGGGGCTAGAAAACAGATGACGGGTGTCAACATTATACGTTAACTGACCACAATGCTGTTGAGGTTGACCATTAACCATAGCCATACTGCATGTTGGGGGACTGATCCTGCCATTAATCGCTAATGTGGCAGTCTCACTAGAGAATGCGGGAGAAGCCAATCCATAGGCAAGAAAAATAATTCCACTCAGCCAATACTTATTCATTGAACGTTATCCCTGTAGTAAAGGTTATGCCTGGATAGAATGAGTGCATAACAAACTATAGCTGTACATCCACTACACA > CP042583/1767207‑1767757 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |