Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,768,787 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,768,787 | 0 | G | C | 99.1% | 507.6 / NA | 220 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base C (106/111); total (108/112) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,768,788 | 0 | C | G | 99.5% | 506.9 / NA | 220 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (106/112); total (108/112) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.89e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,768,789 | 0 | T | A | 99.6% | 518.4 / NA | 220 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base A (107/112); total (108/112) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.91e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 220 total aligned reads displayed.
ATTGGTTGCCAGGCCATGAGACATAATCGGTGCCATATGGGTACCGTCCGGGCTA‑GTTGGACGCTGATTTTCTGCGCCCAACATTGTTGGGATACTTGGGCCGTAGATATCGGCGTCCAGAATGCCGACTTTCGCCCCTTCTGCCGCCAGCGCCAGTGCCAGGTTTACCGCCGTGGAGCTTTTACCCACGCCGCCTTTACCGGAACTCACCGCGATAATGTTCTTCACACCGTTAATTCCCGGCTGATTCTTCACGCGTTTCAGAGTGGCTATGTTATGGCT‑CAGTTTCCAGTCGATAGCTTTCGCCCCGGTGATGCGCAGCAGTTCGGCGCTACATTGCTCTTTTAACTCTTCGAACGCGCTATGCCAGACAAACGGCATAACCAGTTCCACATGCAACGTGTCGTCCATCCAGGCGACATGGTGCAACGCTTTCAGCGTGGTGAGGTTATGCTTCAGGGTTGGGTGCTGAAAATTGGCCAGTGTCCCGGCGACCATTGCGCGCAAGGCTTCTGGACTTTTGGCCTGGGATTGTTCGTTCATCCCGACTCCTTTTTTGTA > CP042583/1768508‑1769068 ||| aTTGGTTGCCAGGCCATGAGACATAATCGGTGCCATATGGGTACCGTCCGGCGAA‑GTTGGACGCTGATTTTCTGCGCCCAACATTGTTGGGATTGATGGGCCGTAGATATCGGCGTCCAGAATGCCGACTTTCGCCCCTTCTGCCGCCAGCGCCAGTGCCAGGTTTACCGCCGTGGACGATTTACCCACGCCGCCTTTACCGGAACTCACCGCGATAATGTTCTTCACACCGTTAATTCCCGGCTGATTCTTCACGCGTTTCAGAGTGGCTATGTTATGCGA‑CAGTTTc < 2:1126034/289‑1 (MQ=255) aTTGGTGGCCGAGCCTTTGGACTTAATCGGTGCCAGATGGGTA‑CGTGCCGGCGATGTGGGACGCTGATTTTCTGCGCCGATCATGGTTGGGTTTGATGGGCCGTAGATATCGGCGTCCAGAATGCCGACTTTCGACCCTTCTGCCGCCGGCGCCAGTGCAAGGTTAACCGCCGTGGACGATTTACCCACGCCGCCTTTACCGGAACTCACCGCGATAATGTTCTTCACACCGTTAATTCCCGGCTGATTCTTCACGCGTTTCAGAGTGGCTATGTTATGCGA‑CAGTTTc < 2:1746358/289‑1 (MQ=255) tGGGTGCCAGGGCCAGGGACATAGTCGGTGCCATATGGGTACCGACCGGCGAA‑GTTGGACGCTGATTTTCTGCGCCCAACATTGTTGGGATTGATGGGCCGTAGATATCGGCGTCCAGAATGCCGACTTTCGCCCCTTCTGCCGCCAGCGCCAGTGCCAGGTTTACCGCCGTGGACGATTTACCCACGCCGCCTTTACCGGAACTCACCGCGATAATGTTCTTCACACCGTTAATTCCCGGCTGATTCTTCACGCGTTTCAGAGTGGCTATGTTATGCGA‑CAGTTTCCa < 2:73905/289‑1 (MQ=255) agcgCCATGTGACATAATCGGTGACATGTTGGTACCGGCCGGCGAA‑GTTGGAAGCTGATTTTCTGCGCCCAACATTGGTGGCATTGGTGGTCCGTAGATATCGGCGTCCAGAATGCCGACTTTCGCCCCTTCTGCCGCCAGCGCCAGTGCCAGGTTTACCGCCGTGGACGATTTACCCACGCCGCCTTTACCGGAACTCACCGCGATACTGTTCTTCACACCGTTAATTCCCGGCTGATTCTTCACGCGTTTCAGAGTGGCTATGTTATGCGA‑CAGTTTCCAGTCGAt < 2:1630401/285‑1 (MQ=255) 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tatGGGTACCGTCCGGCGAA‑GTTGGACGCTGATTTTCTGCGCCCAACATTGTTGGGATTGATGGGCCGTAGATATCGGCGTCCAGAATGCCGACTTTCGCCCCTTCTGCCGCCAGCGCCAGTGCCAGGTTTACCGCCGTGGACGATTTACCCACGCCGCCTTTACCGGAACTCACCGCGATAATGTTCTTCACACCGTTAATTCCCGGCTGATTCTTCACGCGTTTCAGAGTGGCTATGTTATGCGA‑CAGTTTCCAGTCGATAGCTTTCGCCCCGGTGATGCgcag < 1:923038/286‑1 (MQ=255) tatGGGTACCGTCCGGCGAA‑GTTGGACGCTGATTTTCTGCGCCCAACATTGTTGGGATTGATGGGCCGTAGATATCGGCGTCCAGAATGCCGACTTTCGCCCCTTCTGCCGCCAGCGCCAGTGCCAGGTTTACCGCCGTGGACGATTTACCCACGCCGCCTTTACCGGAACTCACCGCGATAATGTTCTTCACACCGTTAATTCCCGGCTGATTCTTCACGCGTTTCAGAGTGGCTATGTTA‑GTCTAAAGTTTCCAGTCGATAGCTTTCGCGCCGGTCATCCgccgcat > 2:1471048/1‑288 (MQ=255) gtccggcgaa‑GTTGGACGCTGATTTTCTGCGCCCAACATTGTTGGGATTGATGGGCCGTAGATATCGGCGTCCAGAATGCCGACTTTCGCCCCTTCTGCCGCCAGCGCCAGTGCCAGGTTTACCGCCGTGGACGATTTACCCACGCCGCCTTTACCGGAACTCACCGCGATAATGTTCTTCACACCGTTAATTCCCGGCTGATTCTTCACGCGTTTCAGAGTGGCTATGTTATGCGA‑CAGTTTCCAGTCGATAGCttt < 1:1792132/249‑1 (MQ=255) tccggcgaa‑GTTGGACGCTGATTTTCTGCGCCCAACATTGTTGGGATTGATGGGCCGTAGATATCGGCGTCCAGAATGCCGACTTTCGCCCCTTCTGCCGCCAGCGCCAGTGCCAGGTTTACCGCCGTGGACGATTTACCCACGCCGCCTTTACCGGAACTCACCGCGATAATGTTCTTCACACCGTTAATTCCCGGCTGATTCTTCACGCGTTTCAGAGTGGCTATGTTATGCGA‑CAGTTTCCATGCGATACCTTTCGCCTCGGTGATGCGCCGCAGTTCGGTGCTAc > 2:105023/9‑289 (MQ=255) tccggcgaa‑GTTGGACGCTGATTTTCTGCGCCCAACATTGTTGGGATTGATGGGCCGTAGATATCGGCGTCCAGAATGCCGACTTTCGCCCCTTCTGCCGCCAGCGCCAGTGCCAGGTTTACCGCCGTGGACGATTTACCCACGCCGCCTTTACCGGAACTCACCGCGATAATGTTCTTCACACCGTTAATTCCCGGCTGATTCTTCACGCGTTTCAGAGTGGCTATGTTATGCGA‑CAGTTTCCAGTCGATAGCTTTCGCCCCGGTGATGCGCAGCAGtt > 1:158624/9‑280 (MQ=255) tccggcgaa‑GTTGGACGCTGATTTTCTGCGCCCAACATTGTTGGGATTGATGGGCCGTAGATATCGGCGTCCAGAATGCCGACTTTCGCCCCTTCTGCCGCCAGCGCCAGTGCCAGGTTTACCGCCGTGGACGATTTACCCACGCCGCCTTTACCGGAACTCACCGCGATAATGTTCTTCACACCGTTAATTCCCGGCTGATTCTTCACGCGTTTCAGAGTGGCTATGTTATGCGA‑CAGTTTCCAGTCGATAGCTTTCGCCCCGGTGATGCGCAGCAGTTCGGCGCTAc > 1:1587188/9‑289 (MQ=255) 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cTATGTTATGCGA‑CAGTTTCCAGTCGATAGCTTTCGCCCCGGTGATGCGCAGCAGTTCGGCGCTACATTGCTCTTTTAACTCTTCGAACGCGCTATGCCAGACAAACGGCATAACCAGTTCCACATGCAACGTGTCGTCCATCCAGGCGACATGGTGCAACGCTTTCAGCGTGGTGAGGTTATGCTTCAGGGTTGGGTGCTGAAAATTGGCCAGTGTCCCGGc > 1:1042286/1‑223 (MQ=255) cTATGTTATGCGA‑CAGTTTCCAGTCGATAGCTTTCGCCCCGGTGATGCGCAGCAGTTCGGCGCTACATTGCTCTTTTAACTCTTCGAACGCGCTATGCCAGACAAACGGCATAACCAGTTCCACATGCAACGTGTCGTCCATCCAGGCGACATGGTGCAACGCTTTCAGCGCGGTGAGGTTATGCTTCAGGGTTGGGTGCTGAAAATTGGCCAGTGTCCCGGCGACCATTGCGCGCAAGGCTTCTGGTGATTTGGCCTGGGATTgttcgtt > 2:207810/1‑271 (MQ=255) aTGTTATGCGA‑CAGTTTCCAGTCGATAGCTTTCGCCCCGGTGATGCGCAGCAGTTCGGCGCTACATTGCTCTTTTAACTCTTCGAACGCGCTATGCCAGACAAACGGCATAACCAGTTCCACATGCAACGTGTCGTCCATCCAGGCGACATGGTGCAACGCTTTCAGCGTGGTGAGGTTATGCTTCAGGGTTGGGTGCTGAAAATTGGCCAGTGTCCCGGCGACCATTGCGCGCAAGGCTTCTGGTGATTTGGCCTGGGATTGTTCGTTCATCCCGACTCCTTTTTTGt < 2:343720/289‑1 (MQ=255) tGTTATGCGA‑CAGTTTCCAGTCGATAGCTTTCGCCCCGGTGATGCGCAGCAGTTCGGCGCTACATTGCTCTTTTAACTCTTCGAACGCGCTATGCCAGACAAACGGCATAACCAGTTCCACATGCAACGTGTCGTCCATCCAGGCGACATGGTGCAACGCTTTCAGCGTGGTGAGGTTATGCTTCAGGGTTGGGTGCTGAAAATTGGCCAGTGTCCCGGCGACCATTGCGCGCAAGGCTTCTGGTGATTTGGCCTGGGATTGTTCGTTCATCCCGACTCCTTTTTTGta < 1:1376909/289‑1 (MQ=255) tGTTATGCGA‑CAGTTTCCAGTCGATAGCTTTCGCCCCGGTGATGCGCAGCAGTTCGGCGCTACATTGCTCTTTTAACTCTTCGAACGCGCTATGCCAGACAAACGGCATAACCAGTTCCACATGCAACGTGTCGTCCATCCAGGCGACATGGTGCAACGCTTTCAGCGTGGTGAGGTTATGCTTCAGGGTTGGGTGCTGAAAATTGGCCAGTGTCCCGGCGACCATTGCGCGCAAGGCTTCTGGTGATTTGGCCTGGGATTGTTCGTTCATCCCGACTCCTTTTTTGta < 2:10064/289‑1 (MQ=255) ||| ATTGGTTGCCAGGCCATGAGACATAATCGGTGCCATATGGGTACCGTCCGGGCTA‑GTTGGACGCTGATTTTCTGCGCCCAACATTGTTGGGATACTTGGGCCGTAGATATCGGCGTCCAGAATGCCGACTTTCGCCCCTTCTGCCGCCAGCGCCAGTGCCAGGTTTACCGCCGTGGAGCTTTTACCCACGCCGCCTTTACCGGAACTCACCGCGATAATGTTCTTCACACCGTTAATTCCCGGCTGATTCTTCACGCGTTTCAGAGTGGCTATGTTATGGCT‑CAGTTTCCAGTCGATAGCTTTCGCCCCGGTGATGCGCAGCAGTTCGGCGCTACATTGCTCTTTTAACTCTTCGAACGCGCTATGCCAGACAAACGGCATAACCAGTTCCACATGCAACGTGTCGTCCATCCAGGCGACATGGTGCAACGCTTTCAGCGTGGTGAGGTTATGCTTCAGGGTTGGGTGCTGAAAATTGGCCAGTGTCCCGGCGACCATTGCGCGCAAGGCTTCTGGACTTTTGGCCTGGGATTGTTCGTTCATCCCGACTCCTTTTTTGTA > CP042583/1768508‑1769068 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |