Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,778,578 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,778,578 | 0 | A | T | 99.6% | 578.1 / NA | 247 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.74e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,778,579 | 0 | G | C | 100.0% | 577.3 / NA | 247 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (117/130); total (117/130) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,778,580 | 0 | T | A | 98.8% | 568.8 / NA | 247 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (115/127); minor base C (1/2); total (117/130) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 247 total aligned reads displayed.
AGAGGGGGAGTTCTGCAATGCGCAAGATGAGCCAATTGACCTGCCTGCGGACGCTCTGATTGGCATTGCCCACCCGTTAGAAATGACAGCAGAAATGCGCAGTGAATTTGCACAGCTTTTTGCCGATTACGAAATTATGCCGCCTTTTCGCCAGTTGAGCCGCCGCACGGTGCTGCTCACACCTGACGAGAGTACCAGTAACAGCCTGACTCGCTGGGAAGGTAAATCCGCTACCGTTGGGCAACTTATGGGAATGCGATACAAAGGCTGGGAGAGTGGCTATGAGGACGCATTTGTCTATAACCTGGGTGAGTACCGGCTGGTCCTTAAGTTTAGTCCCGGTTTTAACCACTACAATGTTGATAGCAAAGCGCTAATGAGCTTCCGTTCTCTTCGAGTGTACCGTGACAATAAATCCGTCACTTTTGCCGAACTTGATGTGTTTGATTTGAGTGAGGCGTTAAGCGCACCTGACGTCATTTTCCATTAAAACACAGCGGGCAGTGATGCAACTGCCCGTTATCAACACGACTTACCAGCGGGGAAA > CP042583/1778304‑1778850 ||| agagGTGGGGTTCTGCAATGCGCAAGATTAGCCAATTGGACTGCCTGCGGGCGCTCTGGTTGGCATTGCCCAACCGTTAGACATGACAGCAGAAATGCGCAGTGAATTTGCACAGCTTTTTGCCGATTACGAAATTATGCCGCCTTTTCGCCAGTTGTCGCGCCGCACGGTGCTGCTCACACCTGACGAGTCAACCAGTAACAGCCTGACTCGCTGGGAAGGTAAATCCGCTACCGTTGGGCAACTTATGGGAATGCGATACAAAGGCGGGGAGTCAGGCTATGAGGa < 2:501312/288‑1 (MQ=255) agGGGGAGTTCTGCAATGCGCAAGATGAGCCAATTGACCTGCCTGCGGACGCTCTGATTGGCATTGCCCACCCGTTAGAAATGACAGCAGAAATGCGCAGTGAATTTGCACAGCTTTTTGCCGATTACGAAATTATGCCGCCTTTTCGCCAGTTGTCGCGCCGCACGGTGCTGCTCACACCTGACGAGTCAACCAGTAACAGCCTGACTCGCTGGGAAGGTAAATCCGCTACCGTTGGGCAACTTATGGGAATGCGATACAAAGGCTGGGAGTCAGGCTATGAGGACg < 2:772995/288‑1 (MQ=255) gggggAGTTCTGCAATGCGCAAGATGAGCCAATTGACCTGCCTGCGGACGCTCTGATTGGCATTGCCCACCCGTTAGAAATGACAGCAGAAATGCGCAGTGAATTTGCACAGCTTTTTGCCGATTACGAAATTATGCCGCCTTTTCGCCAGTTGTCGCGCCGCACGGTGCTGCTCACACCTGACGAGTCAACCAGTAACAGCCTGACTCGCTGGGAAGGTAAATCCGCTACCGTTGGGCAACTTATGGGAATGCGATACAAAGGCTGGGAGTCAGGCTATGAGGACg < 1:1018522/287‑1 (MQ=255) ggAGTTCTGCAATGCGCAAGATGAGCCAATTGACCTGCCTGCGGACGCTCTGATTGGCATTGCCCACCCGTTAGAAATGACAGCAGAAATGCGCAGTGAATTTGCACAGCTTTTTGCCGATTACGAAATTATGCCGCCTTTTCGCCAGTTGTCGCGCCGCACGGTGCTGCTCACACCTGACGAGTCAACCAGTAACAGCCTGACTCGCTGGGAAGGTAAATCCGCTACCGTTGGGCAACTTATGGGAATGCGATACAAAGGCTGGGAGTCAGGCTATGAGGACGCAtt < 1:37162/288‑1 (MQ=255) 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gaaaGATGAGCCAATTGACCTGCCTGCGGACGCTCTGATTGGCATTGCCCACCCGTTAGAAATGACAGCAGAAATGCGCAGTGAATTTGCACAGCTTTTTGCCGATTACGAAATTATGCCGCCTTTTCGCCAGTTGTCGCGCCGCACGGTGCTGCTCACACCTGACGAGTCAACCAGTAACAGCCTGACTCGCTGGGAAGGTAAATCCGCTACCGTTGGGCAACTTATGGGAATGCGATACAAAGGCTGGGAGTCAGGCTATGAGGACGCATTTGTCTATAACCTggg < 2:724079/286‑1 (MQ=255) aaGATGAGCCAATTGACCTGCCTGCGGACGCTCTGATTGGCATTGCCCACCCGTTAGAAATGACAGCAGAAATGCGCAGTGAATTTGCACAGCTTTTTGCCGATTACGAAATTATGCCGCCTTTTCGCCAGTTGTCGCGCCGCACGGTGCTGCTCACACCTGACGAGTCAACCAGTAACAGCCTGACTCGCTGGGAAGGTAAATCCGCTACCGTTGGGCAACTTATGGGAATGCGATACAAAGGCTGGGAGTCAGGCTATGAGGACGCATTTGTCTATAACCTGGGTGa > 1:1429688/1‑289 (MQ=255) gATGAGCCAATTGACCTGCCTGCGGACGCTCTGATTGGCATTGCCCACCCGTTAGAAATGACAGCAGAAATGCGCAGTGAATTTGCACAGCTTTTTGCCGATTACGAAATTATGCCGCCTTTTCGCCAGTTGTCGCGCCGCACGGTGCTGCTCACACCTGACGAGTCAACCAGTAACAGCCTGACTCGCTGGGAAGGTAAATCCGCTACCGTTGGGCAACTTAGGGGAATGCGATACAAAGGATGGGCGTCAGGCCATGAGTGAGCATTTGTCTATAACCTGGGTGAGt > 2:1098046/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |