Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,788,113 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,788,113 | 0 | A | T | 98.6% | 504.4 / NA | 217 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (121/93); minor base G (2/1); total (123/94) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,788,114 | 0 | C | G | 99.5% | 498.0 / NA | 217 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (122/94); total (123/94) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,788,115 | 0 | T | A | 99.1% | 508.4 / NA | 217 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (122/92); minor base G (0/2); total (123/94) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.88e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 217 total aligned reads displayed.
CGTGCTAACGGTTCATC‑ATCGACAATTAAGACTTTAATCATGCCTCGTCCCTCCATGGTAGTCGTAACGTTATTCGGGTGTAACTATCAGGCTCACAGGCGACGCTTATTCCATAGTCATCGCCAAACCGTTCACGTAAACGCTTATCCACCAGATTCATCCCCAGCCCACTGGCATTGGTTACCGGTTGATACAAACCGGCATTGTCTTCGATCTCCAGCATCAAATGTTGCCCCTCACGTCGGGCGCTGATTGCCACTCGCCCTGTATCCAGCAGTTGACTTGTCCCATGTTTAATGGCGTTTTCCACTATCGGTTGCAGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGCTGGGATAATTCTTGCGGAATAGCAATGTTGACCTGCAACCGGCTCTGGAAGCGCGCCTTTTCAATTTGCAGATAAGCATTCACATGTTCAATTTCGTCGGCGAGAGTAACAAACTCGCTAGGCCGCTTTAAGTTTTTGCGGAAAAAAGTGGAAAGATACTGCACCAGCTGGCTGGCCTGTTCGCTGTCGCGGCGGATCACCGCTTTAATGGTGTTAAG > CP042583/1787833‑1788394 ||| cctGCTAACGTTTCATCAACCCACCA‑TAAGACTTTAATCATCGCTCGTCACTCCATGGAAGTCGTAACGTTATTCAGGTGTAAGTATCAGGCTCACAGGCGACGCTTATTCCATAGTCAACGCCAAACCGTTCACGTAAACGCGTATCCACCAAATTCATCCCCAGCCCACTGGCATTGGTTACCGGTTGATACAAACCGGCATTGTCTTCGATCTCCAGCATCAAATGTTGCCCCTGGCGTCGGGCGCTGATTGCCACTCGCCCTGTATCCAGCAGTTGTGATGTccc < 2:932743/287‑1 (MQ=255) cGTGCTAACGGTTCATC‑ATCGACAATTAAGACTTTAATCATGCCTCGTCCCTCCATGGTAGTCGTAACGTTATTCGGGTGTAACTATCAGGCTCACAGGCGACGCTTATTCCATAGTCATCGCCAAACCGTTCACGTAAACGCTTATCCACCAGATTCATCCCCAGCCCACTGGCATTGGTTACCGGTTGATACAAACCGGCATTGTCTTCGATCTCCAGCATCAAATGTTGCCCCTCACGTCGGGCGCTGATTGCCACTCGCCCTGTATCCAGCAGTTGTGATGTccc < 2:875521/289‑1 (MQ=255) aCGGTTCATC‑ATCGACAATTAAGACTTTAATCATGCCTCGTCCCTCCATGGTAGTCGTAACGTTATTCGGGTGTAACTATCAGGCTCACAGGCGACGCTTATTCCATAGTCATCGCCAAACCGTTCACGTAAACGCTTATCCACCAGATTCATCCCCAGCCCACTGGCATTGGTTACCGGTTGATACAAACCGGCATTGTCTTCGATCTCCAGCATCAAATGTTGCCCCTCACGTCGGGCGCTGATTGCCACTCGCCCTGTATCCAGCAGTTGTGATGTCCCATGTTTa > 1:9719/1‑289 (MQ=255) ttCATC‑ATCGACAATTAAGACTTTAATCATGCCTCGTCCCTCCATGGTAGTCGTAACGTTATTCGAGTGTAACTATCAGGCTCACAGGCGACGCTTATTCCATAGTCATCGCCAAACCGTTCACGTAAACGCTTATCCACCAGATTCATCCCCAGCCCACTGGCATTGGTTACCGGTTGATACAAACCGGCATTGTCTTCGATCTCCAGCATCAAATGTTGCCCCTCACGTCGGGCGCTGATTGCCACTCGCCCTGTATCCAGCAGTTGTGATGTCCCATGTTTAATg < 1:1083044/288‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |