Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,794,300 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,794,300 | 0 | A | T | 99.5% | 438.1 / NA | 186 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.19e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,794,301 | 0 | C | G | 99.5% | 432.7 / NA | 186 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (77/107); total (78/108) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.22e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,794,302 | 0 | T | A | 100.0% | 443.7 / NA | 186 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (78/108); total (78/108) |
Only 100 of 186 total aligned reads displayed.
CAGCCAGATTAACTTGTTGTGCTCGCTATCGAGCTTTTTGACTTTCTCGTAACCTTGCTGCGCGTTTTTCCACGCTGCATCGTTTTCATCTTTAAAGAAGAAAGCGCCATTGCCGGTATATTCCGGATAGATATCCAGTTCACCGGAAGTAATCGCCCCGCGCACCACAGGAGTCGTTCCGAGTTGCACTTTATTCACCGTCGGTACGCCGTGGCTTTCCAGCACCTGCAAAATGATATTGCCGAGTAGCGCACCTTCGGTATCGATTTTACTACCGACTTTAACGGGGGAAGCCGCCTGTAGCGGCAGGCTCACGGCTGCCAACATAACCAGACTACCTGCCCAGAGCTTTAAGAGTGGCATGATGCTTTCCTCATTCTTTTACTGTTGTTTTCAGCGAATTAAGAGAAAAGCATAGTTGATAATGGCGGGGTTAGCTTGAGCGGAAGGATTCA‑GTTGCAGAATCAGATAAATACTTAAG‑AGGCATATTCGGTCCGGC‑GTTT‑CCTGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACAAAG > CP042583/1794030‑1794573 ||| cAGCCAGATTAACTTGTTGTGCTCCGAATCGAGCTTTTTGACTTTCTCGTAACCTTGCTGCGCGTTTTTCCACGCTGCATCGTTTTCATCTTTAAAGAAGAAAGCGCCATTGCCGGTATATTCCGGATAGATATCCAGTTCACCGGAAGTAATCGCCCCGCGCACCACAGGCGTCGTTCCGAGTTGCACTTTATTCACCGTCGGTACGCCGTGGCTTTCCAGCCACTGCAACATGATATTGCCGCGTAGCGCACCTTCGGCATCCATTTTTGAACCCACTTTAACgggg > 2:813555/1‑289 (MQ=255) cAGATTAACTTGTTGTGCTCCGAATCGAGCTTTTTGACTTTCTCGTAACCTTGCTGCGCGTTTTTCCACGCTGCATCGTTTTCATCTTTAAAGAAGAAAGCGCCATTGCCGGTATATTCCGGATAGATATCCAGTTCACCGGAAGTAATCGCCCCGCGCACCACAGGAGTCGTTCCGAGTTGCACTTTATTCACCGTCGGTACGCCGTGGCTTTCCAGCACCTGCAAAATGATATTGCCGAGTAGCGCACCTTCGGTATCGATTTTTGAACCGACTTTAACggtgg < 1:1327620/286‑1 (MQ=255) tgtgCTCCGAATCGAGCTTTTTGACTTTCTCGTAACCTTGCTGCGCGTTTTTCCACGCTGCATCGTTTTCATCTTTAAAGAAGAAAGCGCCATTGCCGGTATATTCCGGATAGATATCCAGTTCACCGGAAGTAATCGCCCCGCGCACCACAGGAGTCGTTCCGAGTTGCACTTTATTCACCGTCGGTACGCCGTGGCTTTCCAGCACCTGCAAATTGATATTGCCGAGTAGCGCACCTTCGGTCACGATTTGTGACACGCCTTCAACGGGGGAAGACGCCGGTaaccg > 2:1070532/1‑285 (MQ=255) gtgctccgaaTCGAGCTTTTTGACTTTCTCGTAACCTTGCTGCGCGTTTTTCCACGCTGCATCGTTTTCATCTTTAAAGAAGAAAGCGCCATTGCCGGTATATTCCGGATAGATATCCAGTTCACCGGAAGTAATCGCCCCGCGCACCACAGGAGTCGTTCCGAGTTGCACTTTATTCACCGTCGGTACGCCGTGGCTTTCCAGCACCTGCAAAATGATATTGCCGAGTAGCGCACCTTCGGTATCGATTTTTGAACCGACTTTAACGGGGGAAGCCGCCTGTAGCGGc < 1:1209113/280‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |