| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,796,130 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,796,130 | 0 | G | C | 99.2% | 621.7 / NA | 267 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/0); new base C (114/151); total (116/151) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.88e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,796,131 | 0 | C | G | 99.6% | 615.8 / NA | 267 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (115/151); minor base T (1/0); total (116/151) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.34e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,796,132 | 0 | T | A | 99.2% | 621.4 / NA | 267 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (116/149); minor base G (0/2); total (116/151) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.07e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 267 total aligned reads displayed.
CAGTACATGGCGGGCAGCATCGTCCAGCTCTGCCATCGTCACTTTGCCGGATTTAATCAACCCAGGCAGATACTTGCTGTAGTACTCGTCGCTCATGCTCATGTTGATTCCGGATTTCAGCGCCACGCGCACCGCATCTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGTGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTGGTCGCGCAGAACATCTTTCAGCAGCCAGGAATCGGAGGTGGCTGGCGTGCCGTTCAGGCTGTTCAGCGCCACCATCACCGCGCCGCTGCCTGCGTCCAGCCCCGCTTTGTACGGCGGCATATAATCATTAAACAGGCGCTGCGGACTCATATCGACGGTGTTGTACTCTTTACCGCCTTCTACCGCGCCGTATGCGGCAAAGTGTTTGACGCTGGTCATCACGCTGTAGCGATCTGCCGGGCTTTTACCCTGCATCGCTTCCACCATGGTTTTACCCATTGTACTGGTGAGATACGTATCTTCGCCAAAACCTTCGGAAGCACGTCCCCAGCGCGGA > CP042583/1795851‑1796409 ||| cactACATGGCGTGCAGCATCGTCCAGCTCTGCCATCGTCACTTTGCCGGATTTAATCAACCCAGGCAGATACTTCGAGTAGTACTCGTCGCTCATGCTCATGTTGATTCCGGATTTCAGCGCCACGCGCACCGCATCTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGTGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTGGTCGCGCAGAACATCTTTCAGCAGCCAGGAATCGGAGGTGGCTGGCGTGCCGTTCAGCGAGTTCAgc < 1:579775/286‑1 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cAGGAATCGGAGGTGGCTGGCGTGCCGTTCAGCGAGTTCAGCGCCACCATCACCGCGCCGCTGCCTGCGTCCAGCCCCGCTTTGTACGGCGGCATATAATCATTAAACAGGCGCTGCGGACTCATATCGACGGTGTTGTACTCTTTACCGCCTTCTACCGCGCCGTATGCGGCAAAGTGTTTGACGCTGGTCATCACCGAGTAGCGATCTGCCGGGCTTTTACCCTGCATCGCTTCCACCATGGTTTTACCCATTGTTGAGGTGAGATACGTATCTTCGCCAAAAcc < 1:1657608/287‑1 (MQ=255) ggctggcGTGCCGTTCAGCGAGTTCAGCGCCACCATCACCGCGCCGCTGCCTGCGTCCAGCCCCGCTTTGTACGGCGGCATATAATCATTAAACAGGCGCTGCGGACTCATATCGACGGTGTTGTACTCTTTACCGCCTTCTACCGCGCCGTATGCGGCAAAGTGTTTGACGCTGGTCATCACCGAGTAGCGATCTGCCGGGCTTTTACCCTGCATCGCTTCCACCATGGTTTTACCCATTGTTGAGGTGAGATACGTATCTTCGCCAAAACCTTCGGAAGCACGTccc < 1:1287187/289‑1 (MQ=255) tGCCGTTCAGCGAGTTCAGCGCCACCATCACCGCGCCGCTGCCTGCGTCCAGCCCCGCTTTGTACGGCGGCATATAATCATTAAACAGGCGCTGCGGACTCATATCGACGGTGTTGTACTCTTTACCGCCTTCTACCGCGCCGTATGCGGCAAAGTGTTTGACGCTGGTCATCACCGAGTAGCGATCTGCCGGGCTTTTACCCTGCATCGCTTCCACCATGGTTTTACCCATTGTTGAGGTGAGATACGTATCTTCGCCAAAACCTTCGGAAGCACGTCCCCAGcgcg < 2:441262/288‑1 (MQ=255) ||| CAGTACATGGCGGGCAGCATCGTCCAGCTCTGCCATCGTCACTTTGCCGGATTTAATCAACCCAGGCAGATACTTGCTGTAGTACTCGTCGCTCATGCTCATGTTGATTCCGGATTTCAGCGCCACGCGCACCGCATCTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGTGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTGGTCGCGCAGAACATCTTTCAGCAGCCAGGAATCGGAGGTGGCTGGCGTGCCGTTCAGGCTGTTCAGCGCCACCATCACCGCGCCGCTGCCTGCGTCCAGCCCCGCTTTGTACGGCGGCATATAATCATTAAACAGGCGCTGCGGACTCATATCGACGGTGTTGTACTCTTTACCGCCTTCTACCGCGCCGTATGCGGCAAAGTGTTTGACGCTGGTCATCACGCTGTAGCGATCTGCCGGGCTTTTACCCTGCATCGCTTCCACCATGGTTTTACCCATTGTACTGGTGAGATACGTATCTTCGCCAAAACCTTCGGAAGCACGTCCCCAGCGCGGA > CP042583/1795851‑1796409 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |