Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,800,733 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,800,733 | 0 | A | T | 99.5% | 446.0 / NA | 189 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,800,734 | 0 | G | C | 100.0% | 444.1 / NA | 189 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (104/85); total (104/85) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,800,735 | 0 | T | A | 98.9% | 436.4 / NA | 189 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); major base A (101/85); minor base C (2/0); total (104/85) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.02e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 |
Only 100 of 189 total aligned reads displayed.
TGTAATGGTGAGAAATCGTTTCGTTTTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACAGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGAACCTGACAGTTCAAGTATAAGTCAGCTTGTGATTATTTTTTGTTCGCCCATGTAATTTTCACTGTCTGATGAACGTCCTTTTTCAGCGTGAATGATTCACAGGGTGTATGCTTACTGGCAACCAAAGGGAGACAGACTGGCCTATGGATCTCAATACACTTATCAGTCAATATGGTTATGCCGCGCTGGTGATCGGTAGCCTGGCGGAAGGTGAAACCGTGACTTTGCTGGGAGGCGTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGCTGGTGGTACTTTCTGTGGCGCTTGGCGGCATGATTGGCGACCAGGTGCTCTATCTGTGCGGGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCTGTTACGCCGTT‑TCAGCAAACATCAGGATAAAATTGAGCGGGCGCAGAAACTTATCCAACGCCATCCGTATCTGTTTGTCATTGGTACGCGCTTT > CP042583/1800455‑1801014 ||| tgtAATGGTGAGAAATCGTTTCGTTTTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACAGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGAACCTGACAGTTCAAGTATAAGTCAGCTTGTGATTATTTTTTGTTCGCCCATGTAATTTTCACTGTCTGATGAACGTCCTTTTTCAGCGTGAATGATTCACAGGGTGTATGCTTACTGGCAACCAAAGGGAGACAGACTGGCCTATGGATCTCAATACACTTATCTCACAATATgg > 1:1653544/1‑289 (MQ=255) 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TGTAATGGTGAGAAATCGTTTCGTTTTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACAGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGAACCTGACAGTTCAAGTATAAGTCAGCTTGTGATTATTTTTTGTTCGCCCATGTAATTTTCACTGTCTGATGAACGTCCTTTTTCAGCGTGAATGATTCACAGGGTGTATGCTTACTGGCAACCAAAGGGAGACAGACTGGCCTATGGATCTCAATACACTTATCAGTCAATATGGTTATGCCGCGCTGGTGATCGGTAGCCTGGCGGAAGGTGAAACCGTGACTTTGCTGGGAGGCGTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGCTGGTGGTACTTTCTGTGGCGCTTGGCGGCATGATTGGCGACCAGGTGCTCTATCTGTGCGGGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCTGTTACGCCGTT‑TCAGCAAACATCAGGATAAAATTGAGCGGGCGCAGAAACTTATCCAACGCCATCCGTATCTGTTTGTCATTGGTACGCGCTTT > CP042583/1800455‑1801014 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |