| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,802,858 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,802,858 | 0 | A | T | 99.5% | 505.1 / NA | 215 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,802,859 | 0 | C | G | 100.0% | 502.0 / NA | 215 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (108/107); total (108/107) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,802,860 | 0 | T | A | 99.1% | 500.6 / NA | 215 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/2); new base A (108/105); total (108/107) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.47e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 215 total aligned reads displayed.
ACTATCGAAAATGGGTAGCGTCAGGCCTGCCGTAACGCCCATTTGCTGCGCGGAATGACGGAACAGATCGCTTAAGTGCAACGCATCCTGTTGCAGGAAGGCCATCAGGTTGATGTCAGGATAAAATGCCGCTTTTGCCGCATCAATGGTGCTTAGGCTACTCTCAACGTACCAGTGCGCCGCCTGCAAATCTGCCCGCCGGGCCAGTAAGGAGTACCCCAGTTCATCAGGAAGCTGGCTTGCCACTTTCGGCAACGCGACCGGTTTAAGCTTCAAACTCTTTGTCTGGTTATTTGTAAGTGCGCTTAACCGTGCCTCAATAATTTTCATTTTCCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACACTAGAAGTAAT‑CCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGG > CP042583/1802582‑1803128 ||| aCTATCGAAAATGGGTAGCGTCAGGCCTGCCGTAACGCCCATTTGCTGCGCGGAATGACGGAACAGATCGCTTAAGTGCAACGCATCCTGTTGCAGGAAGGCCATCAGGTTGATGTCAGGATAAAATGCCGCTTTTGCCGCATCAATGGTGCTTAGCGATGACTCAACGTACCAGTGCGCCGCCTGCAAATCTGCCCGCCGGGCCAGTAAGGAGTACCCCAGTTCATCAGGAAGCTGGCTTGCCACTTTCGGCAACGCGACCGGTTTAAGCTTCAATGACTTTGTCTgg < 1:871201/289‑1 (MQ=255) tgcgcaaaaTGGGTAGCGTCAGGCCTGCCGTAACGCCAATTTGCTGCGCGGAATGACGGAACAGCTCGCTTAAGTGCAACGCATCCTGTTGCAGGAAGGCGATCAGGTTGATGTCAGGATAAAATGCCGCTTTTGCCGCATCAATGGTGCTTAGCGATGACTCAACGTACCAGTGCGCCGCCTGCAAATCTGCCCGCCGGGCCAGTAAGGAGTACCCCAGTTCATCAGGAAGCTGGCTTGCCACTTTCGGCAACGCGACCGGTTTAAGCTTCAATGACTTTGTCTGGtt < 2:881799/284‑1 (MQ=255) gggTAGCGTCAGGCCTGCCGTAACGCCCATTTGCTGCGCGGAATGACGGAACAGATCGCTTAAGTGCAACGCATCCTGTTGCAGGAAGGCCATCAGGTTGATGTCAGGATAAAATGCCGCTTTTGCCGCATCAATGGTGCTTAGCGATGACTCAACGTACCAGTGCGCCGCCTGCAAATCTGCCCGCCGGGCCAGTCAGGAGTACCCCAGTTCATCAGTAAGCTCGCTTGCCCCTTTCGGCACCCCGACCGGTTTAAGTTTCAATGACTTTGTCTTGTTATTTGTAAGt > 2:1238738/1‑289 (MQ=255) gggTAGCGTCAGGCCTGCCGTAACGCCCATTTGCTGCGCGGAATGACGGAACAGATCGCTTAAGTGCAACGCATCCTGTTGCAGGAAGGCCATCAGGTTGATGTCAGGATAAAATGCCGCTTTTGCCGCATCAATGGTGCTTAGCGATGACTCAACGTACCAGTGCGCCGCCTGCAAATCTGCCCGCCGGGCCAGTAAGGAGTACCCCAGTTCATCAGGAAGCTGGCTTGCCACTTTCGGCAACGCGACCGGTTTAAGCTTCAATGACTTTGTCTGGTTATTTGTAAGt < 1:728259/289‑1 (MQ=255) 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gACCGGTTTAAGCTTCAATGACTTTGTCTGGTTATTTGTAAGTGCGCTTAACCGTGCCTCAATAATTTTCATTTTCCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAAT‑CCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTgg < 1:162737/289‑1 (MQ=255) ||| ACTATCGAAAATGGGTAGCGTCAGGCCTGCCGTAACGCCCATTTGCTGCGCGGAATGACGGAACAGATCGCTTAAGTGCAACGCATCCTGTTGCAGGAAGGCCATCAGGTTGATGTCAGGATAAAATGCCGCTTTTGCCGCATCAATGGTGCTTAGGCTACTCTCAACGTACCAGTGCGCCGCCTGCAAATCTGCCCGCCGGGCCAGTAAGGAGTACCCCAGTTCATCAGGAAGCTGGCTTGCCACTTTCGGCAACGCGACCGGTTTAAGCTTCAAACTCTTTGTCTGGTTATTTGTAAGTGCGCTTAACCGTGCCTCAATAATTTTCATTTTCCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACACTAGAAGTAAT‑CCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGG > CP042583/1802582‑1803128 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |