Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,802,981 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,802,981 | 0 | A | T | 99.6% | 530.5 / NA | 225 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,802,982 | 0 | C | G | 100.0% | 529.0 / NA | 225 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (111/114); total (111/114) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,802,983 | 0 | T | A | 99.6% | 528.5 / NA | 225 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (110/114); minor base C (1/0); total (111/114) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.93e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 225 total aligned reads displayed.
AAATGCCGCTTTTGCCGCATCAATGGTGCTTAGGCTACT‑CTCAACGTACCAGTGCGCCGCCTGCAAATCTGCCCGCCGGGCCAGTAAGGAGTACCCCAGTTCATCAGGAAGCTGGCTTGCCACTTTCGGCAACGC‑GACCGGTTTAAGCTTCAAACTCTTTGTCTGGTTATTTGTAAGTGCGCTTAACCGTGCCTCAATAATTTTCATTTTCCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACACTAGAAGTAAT‑CCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTGCTCGCGTTCCGCCGCCCGTGCTTTAACCGTACCCAGGCGGGCAGTAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGAGATGCCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGC > CP042583/1802705‑1803261 ||| aaaTGCCGCTTTTGCCGCATCAATGGTGCTTAGCGATGA‑CTCAACGTACCAGTGCGCCGCCTGCAAATCTGCCCGCCGGGCCAGTAAGGAGTACCCCAGTTCATCAGGAAGCTGGCTTGCCACTTTCGGCAACGC‑GACCGGTTTAAGCTTCAATGACTTTGTCTGGTTATTTGTAAGTGCGCTTAACCGTGCCTCAATAATTTTCATTTTCCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAAT‑c < 2:1438293/289‑1 (MQ=255) ttttGCCGCATCAATGGTGCTTAGCGATGA‑CTCAACGTACCAGTGCGCCGCCTGCAAATCTGCCCGCCGGGCCAGTAAGGAGTACCCCAGTTCATCAGGAAGCTGGCTTGCCACTTTCGGCAACGC‑GACCGGTTTAAGCTTCAATGACTTTGTCTGGTTATTTGTAAGTGCGCTTAACCGTGCCTCAATAATTTTCATTTTCCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAAT‑CCCGTTCTGa > 1:935849/1‑289 (MQ=255) ttGCCGCATCAATGGTGCTTAGCGATGA‑CTCAACGTACCAGTGCGCCGCCTGCAAATCTGCCCGCCGGGCCAGTAAGGAGTACCCCAGTTCATCAGGAAGCTGGCTTGCCACTTTCGGCAACGC‑GACCGGTTTAAGCTTCAATGACTTTGTCTGGTTATTTGTAAGTGCGCTCAACCGTGCCTCAATAATTTTCATTTTCCCCGCGACATCGTTGCGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAAT‑CCCGTTCTGata > 2:55687/1‑289 (MQ=255) aTGGTGCTTA‑GCGACACCTCAACGTACCAGTGCGCCGCCTGCACATCTGCCCGCCGGGCCAGTAAGGAGTACCCCAGTTCATCAGGAAGCTGGCTTGCCACTTTCGGCAACGC‑GACCGGTTTAAGCTTCAATGACTTTGTCTGGTTATTTGTAAGTGCGCTTAACCGGGCCTCAATAATTTTCATTTTCCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAAT‑CCCGTTCTGATATAGCTGGCGAt < 2:928360/289‑1 (MQ=255) 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caccTGCAACTCTGCCCGCCGGCCCAGTAAGGAGTACCCCAGTTCATCAGGAATCTGGCTTGCCGCTTTCGGCAACGC‑GACCGGTTTAAGCTTCAATGACTTTGTCTGGTTATTTGTAAGTGCGCTTAACCGTGCCTCAATAATTTTCATTTTCCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAAT‑CCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTAtt < 2:640284/287‑1 (MQ=255) aaaTCTGCCCGGCGGGTCAGTACGGGGTACCCCAGTTCATCAGGAAGCTGGCTTGCCACTTTCGGCAACGC‑GACCGGTTTAAGCTTCAATGACTTTGTCTGGTTATTTGTAAGTGCGCTTAACCGTGCCGCAATAAGTTTCATTTTCCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAAT‑CCCGTGCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCa < 2:262620/289‑1 (MQ=255) tCTGGCCGCCGAGCCAGTAAGGAGTACCCCAGTTCATCAGGAAGCTGGCTTGCCACTTTCGGCAACGC‑GACCGGTTTAAGCTTCAATGACTTTGTCTGGTTATTTGTAAGTGCGCTTAACCGTGCCTCAATAATTTTCATTTTCCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAAT‑CCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAgg < 2:1696251/289‑2 (MQ=255) 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tCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAAT‑CCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTGCTCGCGTTCCGCCGCCCGTGCTTTAACCGTACCCAGGCGGGCAGTAACCTCCGCCCGATTCCTTCCCCCAATATCGAGATGCCAGCCCGCCTTTAAGCCCAAAGTACCTTTGGTGAAc > 2:711065/1‑288 (MQ=255) acCTTCAACTGAAGAAGTAAT‑CCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATTGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTGCTCGCGTTCCGCCGCCCGTGCTTTAACCGTACCCAGGCGGGCAGTAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGAGATGCCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACggg < 1:1795453/289‑1 (MQ=255) acCTTCAACTGAAGAAGTAAT‑CCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTGCTCGCGTTCCGCCGCCCGTGCTTTAACCGTACCCAGGCGGGCAGTAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGAGATGCCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACggg < 1:1644785/289‑1 (MQ=255) ||| AAATGCCGCTTTTGCCGCATCAATGGTGCTTAGGCTACT‑CTCAACGTACCAGTGCGCCGCCTGCAAATCTGCCCGCCGGGCCAGTAAGGAGTACCCCAGTTCATCAGGAAGCTGGCTTGCCACTTTCGGCAACGC‑GACCGGTTTAAGCTTCAAACTCTTTGTCTGGTTATTTGTAAGTGCGCTTAACCGTGCCTCAATAATTTTCATTTTCCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACACTAGAAGTAAT‑CCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTGCTCGCGTTCCGCCGCCCGTGCTTTAACCGTACCCAGGCGGGCAGTAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGAGATGCCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGC > CP042583/1802705‑1803261 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |