Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 522,109 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 522,109 | 0 | G | C | 100.0% | 479.3 / NA | 204 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 522,110 | 0 | C | G | 100.0% | 481.0 / NA | 204 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (127/77); total (127/77) | |||||||||||
* | CP042583 | 522,111 | 0 | T | A | 99.5% | 476.6 / NA | 204 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (127/76); minor base C (0/1); total (127/77) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.77e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 204 total aligned reads displayed.
CCGGACGTGCCGGGTTAACTGCGATACCGTGGTCTGTGACCAGAATATCGACACTGGAGCCTGGGGTGATGCAGGTCAGTACGTTATCCACCAGAGTCGGAATACGACCGCGTACCAGCGGCGCGACGATGATGGAAAGCGCAGAGGCAATCGCGGTATCGCAGTGACCACCGGAAGCACCACGCAGTACGCCGTCAGAGCCGGTCAGCACGTTAACGTTGAACTGGGTGTCAATTTCCAGCGCGCTCAGTACCACCACGTCGAGACGATCAACGCTTGCGCCTTTGCTACCCC‑AGTTAGCGTACTGGTTGGCGCTGATTTCGATGTGATTGGGGTTACGGGCCAGGCTTTGCGCAGCATGGCTGTCAAAGCTCTGCACATCCAGCAGTTTGC‑GGATCAGACCTTTTTCGTGCAGGTCAACCATCGTCGCGGTAATACCGCCAAGGGCGAAGTCGGCGCGAATATCGCGGCTACGCATTTTGTCTTCCAGGAAACGGGTTACCGCCAGGCTTGCGCCGCCGGTGCCGGTTTGCATGGAGAAACCTTCTTTGAA > CP042583/521835‑522387 ||| agtggacGGGTGAACTGCGATACCGTGGTCTGTGCCCAGAATATCGACACTGGGGCCGGGGGGGAGGCAGGTCAGTACGTTATCCACCAGAGTCGGAATACGACCGCGTACCAGCGGCGCGACGATGATGGAAAGCGCAGAGGCAATCGCGGTATCGCAGTGACCACCGGAAGCACCACGCAGTACGCCGTCAGAGCCGGTCAGCACGTTAACGTTGAACTGGGTGTCAATTTCCAGCGCGCTCAGTACCACCACGTCGAGACGATCAACCGATGCGCCtttcgaacc < 2:1927507/282‑7 (MQ=255) aTACCGTGGTCTGTGACCAGAATATCGACACTGGAGCCTGGGGTGATGCAGGTCAGTACGTTATCCACCAGAGTCGGAATACGACCGCGTACCAGCGGCGCGACGATGATGGAAAGCGCAGAGGCAATCGCGGTATCGCAGTGACCACCGGAAGCACCACGCAGTACGCCGTCAGAGCCGGTCAGCACGTTAACGTTGAACTGGGTGTCAATTTCCAGCGCGCCCAGTACCACCACGTCGAGACGATCAACCGATGCGCCTTTCGAACCCC‑AGTTAGCGAACTGGTTg > 2:488995/1‑288 (MQ=255) ccGGGGTCTGTGACCAGAATATGGACACTGGAGCCTGGGGTGAGGCAGGTCAGTACGTTATCCACCAGAGTCGGAATACGACCGCGTACCAGCGGCGCGACGATGATGGAAAGCGCAGAGGCAATCGCGGTATCGCAGTGACCACCGGAAGCACCACGCAGTACGCCGTCAGAGCCGGTCAGCACGTTAACGTTGAACTGGGTGTCAATTTCCAGCGCGCTCAGTACCACCACGTCGAGACGATCAACCGATGCGCCTTTCGAACCCC‑AGTTAGCGTACTGGTTGgcgc < 2:1827203/289‑1 (MQ=255) tgtgACCAGAATATCGACACTGGAGCCTGGGGTGATGCAGGTCAGTACGTTATCCACCAGAGTCGGAATACGACCGCGTACCAGCGGCGCGACGATGATGGAAAGCGCAGAGGCAATCGCGGTATCGCAGTGACCACCGGAAGCACCACGCAGTACGCCGTCAGAGCCGGTCAGCACGTTAACGTTGAACTGGGTGTCAATTTCCAGCGCGCTCAGTACCACCACGTCGAGACGATCAACCGATGCGCCTTTCGAACCCC‑AGTTAGCGTACTGGTTGGCGCTGATTTCg > 1:1546475/1‑289 (MQ=255) 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cTGGAGCCTGGGGTGATGCAGGTCAGTACGTTATCCACCAGAGTCGGAATACGACCGCGTACCAGCGGCGCGACGATGATGGAAAGCGCAGAGGCAATCGCGGTATCGCAGTGACCACCGGAAGCACCACGCAGTACGCCGTCAGAGCCGGTCAGCACGTTAACGTTGAACTGGGTGTCAATTTCCAGCGCGCTCAGTACCACCACGTCGAGACGATCAACCGATGCGCCTTTCGAACCCC‑AGTTAGCGTACTGGTTGGCGCTGATTTCGa > 2:1701128/1‑271 (MQ=255) cTGGAGCCTGGGGTGATGCAGGTCAGTACGTTATCCACCAGAGTCGGAATACGACCGCGTACCAGCGGCGCGACGATGATGGAAAGCGCAGAGGCAATCGCGGTATCGCAGTGACCACCGGAAGCACCACGCAGTACGCCGTCAGAGCCGGTCAGCACGTTAACGTTGAACTGGGTGTCAATTTCCAGCGCGCTCAGTACCACCACGTCGAGACGATCAACCGATGCGCCTTTCGAACCCC‑AGTTAGCGTACTGGTTGGCGCTGATTTCGATGTGATTGGGGTTACgg > 1:375623/1‑288 (MQ=255) cTGGAGCCTGGGGTGATGCAGGTCAGTACGTTATCCACCAGAGTCGGAATACGACCGCGTACCAGCGGCGCGACGATGATGGAAAGCGCAGAGGCAATCGCGGTATCGCAGTGACCACCGGAAGCACCACGCAGTACGCCGTCAGAGCCGGTCAGCACGTTAACGTTGAACTGGGTGTCAATTTCCAGCGCGCTCAGTACCACCACGTCGAGACGATCAACCGATGCGCCTTTCGAACCCC‑AGTTAGCGTACTGGTTGGCGCGCATTTTGAGTTGATTGGGGGTACggc > 2:1206690/1‑288 (MQ=255) 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tGATGCAGGTCAGTACGTTATCCACCAGAGTCGGAATACGACCGCGTACCAGCGGCGCGACGATGATGGAAAGCGCAGAGGCAATCGCGGTATCGCAGTGACCACCGGAAGCACCACGCAGTACGCCGTCAGAGCCGGTCAGCACGTTAACGTTGAACTGGGTGTCAATTTCCAGCGCGCTCAGTACCACCACGTCGAGACGATCAACCGATGCGCCTTTCGAACCCC‑AGTTAGCGTACTGGTTGGCGCTGATTTCGATGTGATTGGGGTTACGGGCCAgcgattgcg < 1:1601931/288‑9 (MQ=255) tGCAGGTCAGTACGTTATCCACCAGAGTCGGAATACGACCGCGTACCAGCGGCGCGACGATGATGGAAAGCGCAGAGGCAATCGCGGTATCGCAGTGACCACCGGAAGCACCACGCAGTACGCCGTCAGAGCCGGTCAGCACGTTAACGTTGAACTGGGTGTCAATTTCCAGCGCGCTCAGTACCACCACGTCGAGACGATCAACCGATGCGCCTTTCGAACCCC‑AGTTAGCGTACTGGTTGGCGCTGATTTCGATGTGAtt < 1:604811/262‑1 (MQ=255) gTCAGTACGTTATCCACCAGAGTCGGAATACGACCGCGTACCAGCGGCGCGACGATGATGGAAAGCGCAGAGGCAATCGCGGTATCGCAGTGACCACCGGAAGCACCACGCAGTACGCCGTCAGAGCCGGTCAGCACGTTAACGTTGAACTGGGTGTCAATTTCCAGCGCGCTCAGTACCACCACGTCGAGACGATCAACCGATGCGCCTTTCGAACCCC‑AGTTAGCGTACTGGTTGGCGCTGATTTCGATGTGATTGGGGTTACGGGCCAGCGATTGCGCAGCATg > 1:1452145/1‑287 (MQ=255) 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tCGAGACGATCAACCGATGCGCCTTTCGAACCCC‑AGTTAGCGTACTGGTTGGCGCTGATTTCGATGTGATTGGGGTTACGGGCCAGCGATTGCGCAGCATGGCTGTCAAAGCTCTGCACATCCAGCAGTTTGC‑GGATCAGACCTTTTTCGTGCAGGTCAACCATCGTCGCGGTAATACCGCCAAGGGCGAAGTCGGCGCGAATATCGCGGCTACGCATTTTGTCTTCCAGGAAACGGGTTACCGCCAGCGATGCGCCGCCGGTGCCGGTTTGCATGGAGAAACcttctt > 1:588206/1‑289 (MQ=255) tCGAGACGATCAACCGATGCGCCTTTCGAACCCC‑AGTTAGCGTACTGGTTGGCGCTGATTTCGATGTGATTGGGGTTACGGGCCAGCGATTGCGCAGCATGGCTGTCAAAGCTCTGCACATCCAGCAGTTTGC‑GGATCAGACCTTTTTCGTGCAGGTCAACCATCGTCGCGGTAATACCGCCAAGGGCGAAGTCGGCGCGAATATCGCGGCTACGCATTTTGTCTTCCAGGAAACGGGGTACCGCTCGCGATGCGCCGCCGGTTCCGGTTTGCATGGAGACACattctt > 2:100855/1‑289 (MQ=255) ||| CCGGACGTGCCGGGTTAACTGCGATACCGTGGTCTGTGACCAGAATATCGACACTGGAGCCTGGGGTGATGCAGGTCAGTACGTTATCCACCAGAGTCGGAATACGACCGCGTACCAGCGGCGCGACGATGATGGAAAGCGCAGAGGCAATCGCGGTATCGCAGTGACCACCGGAAGCACCACGCAGTACGCCGTCAGAGCCGGTCAGCACGTTAACGTTGAACTGGGTGTCAATTTCCAGCGCGCTCAGTACCACCACGTCGAGACGATCAACGCTTGCGCCTTTGCTACCCC‑AGTTAGCGTACTGGTTGGCGCTGATTTCGATGTGATTGGGGTTACGGGCCAGGCTTTGCGCAGCATGGCTGTCAAAGCTCTGCACATCCAGCAGTTTGC‑GGATCAGACCTTTTTCGTGCAGGTCAACCATCGTCGCGGTAATACCGCCAAGGGCGAAGTCGGCGCGAATATCGCGGCTACGCATTTTGTCTTCCAGGAAACGGGTTACCGCCAGGCTTGCGCCGCCGGTGCCGGTTTGCATGGAGAAACCTTCTTTGAA > CP042583/521835‑522387 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |