| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,815,589 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP042583 | 1,815,589 | 0 | A | T | 99.3% | 688.0 / NA | 290 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.29e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,815,590 | 0 | C | G | 99.3% | 673.9 / NA | 290 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (149/139); minor base T (2/0); total (151/139) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,815,591 | 0 | T | A | 99.3% | 676.1 / NA | 290 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (150/137); minor base C (1/1); total (151/139) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 290 total aligned reads displayed.
TGCAGGGTAGTGCTTGAGATAAATGCTCGGCGGGGCAGTAGAGTTAATGAAGTGTTACTGAACGCCGAAGCTCACTTTTTAAAATTCGTTCTTCCATGCCCGGTAACGCTCCAGAAAACGGCTTTAATTGTTGTTATGACGCTGTTACCTCGGCAAAAGTGATTATTCACTGTTACATACGGGTTACAACGTTAAAACGGTGCAATCATAGCTATCACATTGTTAAGATACTGTGAAATCACTCACAGATTGAAAGCGGTTACATCGCCTGATTTGTACTGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTGCCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATACTAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACGGGCGATGGGAATATCATCGAAACCGATGATACTGAGATGTAACGGA‑ATCGCAATGCCATTATCTTTTAATGCTGTCAGTGCGCCAGCGG > CP042583/1815312‑1815866 ||| gCAGGGTAGTGCTTGAGATAAATGCTCGGCGGGGCAGTAGAGTTAATGAAGTGTTACTGAACGCCGAAGCTCACTTTTTAAAATTCGTTCTTCCATGCCCGGTAACGCTCCAGAAAACGGCTTTAATTGTTGTTATGACGCTGTTACCTCGGCAAAAGTGATTATTCACTGTTACATACGGGTTACAACGTTAAAACGGTGCAATCATAGCTATCACATTGTTAAGATACTGTGAAATCACTCACAGATTGAAAGCGGTTACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGATc > 1:3970/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |