| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,815,730 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP042583 | 1,815,730 | 0 | A | T | 99.7% | 686.5 / NA | 291 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.81e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,815,731 | 0 | C | G | 99.3% | 678.3 / NA | 291 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); major base G (148/139); minor base A (1/1); total (151/140) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,815,732 | 0 | T | A | 99.7% | 688.4 / NA | 291 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base A (150/139); total (151/140) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 291 total aligned reads displayed.
CGCTGTTACCTCGGCAAAAGTGATTATTCACTGTTACATACGGGTTACAACGTTAAAACGGTGCAATCATAGCTATCACATTGTTAAGATACTGTGAAATCACTCACAGATTGAAAGCGGTTACATCGCCTGATTTGTACTGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTGCCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATACTAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACGGGCGATGGGAATATCATCGAAACCGATGATACTGAGATGTAACGGA‑ATCGCAATGCCATTATCTTTTAATGCTGTCAGTGCGCCAGCGGCCATATTGTCGTTATAAGCAAATACAGCGGTAAGTTGTAGATTGCGCCCCAGCAGTTCAACCATCGCCGCCTCACCGCCCGGCATGTCCGGCGTACCAGCGCCAATCCAGCTTTCCGGCGGAATAATATCCTGCTCTTTCAA > CP042583/1815451‑1816008 ||| cTGTTACCTCGGCAAAAGTGATTATTCACTGTTACATACGGGTTACAACGTTAAAACGGTGCAATCATAGCTATCACATTGTTAAGATACTGTGAAATCACTCACAGATTGAAAGCGGTTACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTGCCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATggg > 1:391008/1‑289 (MQ=255) 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CGCTGTTACCTCGGCAAAAGTGATTATTCACTGTTACATACGGGTTACAACGTTAAAACGGTGCAATCATAGCTATCACATTGTTAAGATACTGTGAAATCACTCACAGATTGAAAGCGGTTACATCGCCTGATTTGTACTGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTGCCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATACTAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACGGGCGATGGGAATATCATCGAAACCGATGATACTGAGATGTAACGGA‑ATCGCAATGCCATTATCTTTTAATGCTGTCAGTGCGCCAGCGGCCATATTGTCGTTATAAGCAAATACAGCGGTAAGTTGTAGATTGCGCCCCAGCAGTTCAACCATCGCCGCCTCACCGCCCGGCATGTCCGGCGTACCAGCGCCAATCCAGCTTTCCGGCGGAATAATATCCTGCTCTTTCAA > CP042583/1815451‑1816008 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |