Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,819,243 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,819,243 | 0 | A | T | 100.0% | 551.8 / NA | 237 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,819,244 | 0 | G | C | 99.2% | 549.6 / NA | 237 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); major base C (116/118); minor base A (0/2); total (116/121) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,819,245 | 0 | C | G | 100.0% | 556.7 / NA | 237 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (116/121); total (116/121) |
Only 100 of 237 total aligned reads displayed.
GATCACACTCCGCCACCAGTGCTGTACTGGCTTTCCGGATTAACCTGCAATGACGAGAACTTCACCACCAAGGCGGGTGCCCAGCGGGTAGCGGCGGAACTGGGGATTGTACTGGTGATGCCAGACACCAGCCCGCGCGGCGAAAAGGTTGCCAACGACGATGGCTACGATTTAGGCCAGGGCGCAGGCTTTTATCTTAATGCCACGCAACCGCCGTGGGCGACGCATTACCGGATGTATGATTATCTGCGCGATGAATTACCGGCGCTGGTTCAGAGCCAATTTAATGTCAGCGACCGCTGCGCCATTAGCGGTCACAGTATGGGTGGTCACGGTGCGCTGATTATGGCGC‑TGAAAAATCCGGGTAAATACACCAGCGTTAGCGCCTTTGCGCCAATTGTGAATCCGTGCAGCGTCCCGTGGGGAATCAAAGCGTTTAGCAGCTATTTAGGTGAGGACAAAAATGCATGGCTGGAATGGGACAGTTGCGCACTGATGTATGCCAGTAACGCGCAGGATGCGATCCCGACGCTTATCGATCAGGGCGATAATG > CP042583/1818967‑1819519 ||| gATCACACTCCGCCACCAGTGCTGTACTGGCTTTCCGGATTAACCTGCAATGACGAGAACTTCACCACCAAGGCGGGTGCCCAGCGGGTAGCGGCGGAACTGGGGATTGTACTGGTGATGCCAGACACCAGCCCGCGCGGCGAAAAGGTTGCCAACGACGATGGCTACGATTTAGGCCAGGGCGCAGGCTTTTATCTTAATGCCACGCAACCGCCGTGGGCGACGCATTACCGGATGTATGATTATCTGCGCGATGAATTACCGGCGCTGGTTCAGTCGCAATTTAATg < 1:1763790/289‑1 (MQ=255) acacTCCGCCACCAGTGCTGTACTGGCTTTCCGGATTAACCTGCAATGACGAGAACTTCACCACCAAGGCGGGTGCCCAGCGGGTAGCGGCGGAACTGGGGATTGTACTGGTGATGCCAGACACCAGCCCGCGCGGCGAAAAGGTTGCCAACGACGATGGCTACGATTTAGGCCAGGGCGCAGGCTTTTATCTTAATGCCACGCAACCGCCGTGGGCGACGCATTACCGGATGTATGATTATCTGCGCGATGAATTACCGGCGCTGGTTCAGTCGCAATTTAATGTCa > 1:1348429/1‑288 (MQ=255) cacTCCGCCACCAGTGCTGTACTGGCTTTCCGGATTAACCTGCAATGACGAGAACTTCACCACCAAGGCGGGTGCCCAGCGGGTAGCGGCGGAACTGGGGATTGTACTGGTGATGCCAGACACCAGCCCGCGCGGCGAAAAGGTTGCCAACGACGATGGCTACGATTTAGGCCAGGGCGCAGGCTTTTATCTTAATGCCACGCAACCGCCGTGGGCGACGCATTACCGGATGTATGATTATCTGCGCGATGAATTACCGGCGCTGGTTCAGTCGCAATTTAATGTCAGc > 1:226093/1‑289 (MQ=255) ccGCCACCAGTGCTGTACTGGCTTTCCGGATTAACCTGCAATGACGAGAACTTCACCACCAAGGCGGGTGCCCAGCGGGTAGCGGCGGAACTGGGGATTGTACTGGTGATGCCAGACACCAGCCCGCGCGGCGAAAAGGTTGCCAACGACGATGGCTACGATTTAGGCCAGGGCGCAGGCTTTTATCTTAATGCCACGCAACCGCCGTGGGCGACGCATTACCGGATGTATGATTATCTGCGCGATGAATTACCGGCGCTGGTTCAGTCGCAATTTAATGTCAGCGAc > 2:283962/1‑288 (MQ=255) 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gACGAGAACTTCCCCACCAGGGCGGGGGCCCAGCGGGTAGCGGCGGAACTGGGGATTGTACTGGTGATGCCAGACACCAGCCCGCGCGGCGAAAAGGTTGCCAACGACGATGGCTACGATTTAGGCCAGGGCGCAGGCTTTTATCTTAATGCCACGCAACCGCCGTGGGCGACGCATTACCGGATGTATGATTATCTGCGCGATGAATTACCGGCGCTGGTTCAGTCGCAATTTAATGTCAGCGACCGCTGCGCCATTAGCGGTCACTCAATGGGTGGTCACGGTgcg < 2:1363974/288‑1 (MQ=255) caccacCAAGGCGGGTGCCCAGCGGGTAGCGGCGGAACTGGGGATTGTACTGGTGATGCCAGACACCAGCCCGCGCGGCGAAAAGGTTGCCAACGACGATGGCTACGATTTAGGCCAGGGCGCAGGCTTTTATCTTAATGCCACGCAACCGCCGTGGGCGACGCATTACCGGATGTATGATTATCTGCGCGATGAATTACCGGCGCTGGTTCAGTCGCAATTTAATGTCAGCGACCGCTGCGCCATTAGCGGTCACTCAATGGGTGGTCACGGTGCGCTGATTATGgc > 1:1979581/1‑288 (MQ=255) accaccAAGGCGGGTGCCCAGCGGGTAGCGGCGGAACTGGGGATTGTACTGGTGATGCCAGACACCAGCCCGCGCGGCGAAAAGGTTGCCAACGACGATGGCTACGATTTAGGCCAGGGCGCAGGCTTTTATCTTAATGCCACGCAACCGCCGTGGGCGACGCATTACCGGATGTATGATTATCTGCGCGATGAATTACCGGCGCTGGTTCAGTCGCAATTTAATGTCAGCGACCGCTGCGCCATTAGCGGTCACTCAATGGGTGGTCACGGTGCGCTGATTATGgcgc > 2:1187025/1‑289 (MQ=255) 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GATCACACTCCGCCACCAGTGCTGTACTGGCTTTCCGGATTAACCTGCAATGACGAGAACTTCACCACCAAGGCGGGTGCCCAGCGGGTAGCGGCGGAACTGGGGATTGTACTGGTGATGCCAGACACCAGCCCGCGCGGCGAAAAGGTTGCCAACGACGATGGCTACGATTTAGGCCAGGGCGCAGGCTTTTATCTTAATGCCACGCAACCGCCGTGGGCGACGCATTACCGGATGTATGATTATCTGCGCGATGAATTACCGGCGCTGGTTCAGAGCCAATTTAATGTCAGCGACCGCTGCGCCATTAGCGGTCACAGTATGGGTGGTCACGGTGCGCTGATTATGGCGC‑TGAAAAATCCGGGTAAATACACCAGCGTTAGCGCCTTTGCGCCAATTGTGAATCCGTGCAGCGTCCCGTGGGGAATCAAAGCGTTTAGCAGCTATTTAGGTGAGGACAAAAATGCATGGCTGGAATGGGACAGTTGCGCACTGATGTATGCCAGTAACGCGCAGGATGCGATCCCGACGCTTATCGATCAGGGCGATAATG > CP042583/1818967‑1819519 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |