Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,830,340 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,830,340 | 0 | A | T | 99.3% | 681.4 / NA | 291 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (135/153); minor base C (1/1); total (137/154) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,830,341 | 0 | G | C | 99.0% | 673.5 / NA | 291 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); major base C (134/153); minor base A (3/0); total (137/154) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.04e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,830,342 | 0 | T | A | 100.0% | 691.5 / NA | 291 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (137/154); total (137/154) |
Only 100 of 291 total aligned reads displayed.
TCATTATAGCAATAGCATCATCATGACCCGGATCACAATCCAGAATAATTTTTCTCTTTTCCATTGTTTATTTCCTCTGTTTCCAGTTGCGTTATTTTTTCTACAGCAAAGAAAATTCGACCGGGCCGATGATTGAATCTTAACAACAGCGTACGTATGCTAAATATGAGAAATCTCATAGCGGATAAACATCGTGAAAGAAATCCACAATAATGATCTTAAGCAGCAATTGATGAGTGAATCCGCGTTTAAGGATTGCTTTTTAACGGATGTTAGTGCCGATACGCGGCTGTTTCATTTTTTAGCGCGTGACTACATTGTGCAGGAAGGGCAACAGCCGTCCTGGCTGTTTTACCTGACGCGAGGCCGCGCCAGGCTTTACGCCACGCTAGCTAATGGTCGCGTGAGCCTGATCGATTTCTTTGCCGCCCCCTGTTTTATTGGCGAGATTGAGTTAATCGATAAAGACCATGAACCGCGTGCGGTGCAGGCTATTGAAGAGTGTTGGTGCCTTGCGCTCCCTATGAAACATTACCGTCCGCTGTTATTAAA > CP042583/1830066‑1830617 ||| tcatTATAGCAATAGCATCATCATGACCCGGATCACAATCCAGAATAATTTTTCTCTTTTCCATTGTTTATTTCCTCTGTTTCCAGTTGCGTTATTTTTTCTACAGCAAAGAAAATTCGACCGGGCCGATGATTGAATCTTAACAACAGCGTACGTATGCTAAATATGAGAAATCTCATAGCGGATAAACATCGTGAAAGAAATCCACAATAATGATCTTAAGCAGCAATTGATGAGTGAATCCGCGTTTAAGGATTGCTTTTTAACGGATGTTTCAGCCGATACGCgg < 1:658886/289‑1 (MQ=255) atagcaTCATCATGACCCGGATCACAATCCAGAATAATTTTTCTCTTTTCCATTGTTTATTTCCTCTGTTTCCAGTTGCGTTATTTTTTCTACAGCAAAGAAAATTCGACCGGGCCGATGATTGAATCTTAACAACAGCGTACGTATGCTAAATATGAGAAATCTCATAGCGGATAAACATCGTGAAAGAAATCCACAATAATGATCTTAAGCAGCAATTGATGAGTGAATCCGCGTTTAAGGATTGCTTTTTAACGGATGTTTCAGCCGATACGCGGCTGTTTCAttt > 1:1883068/1‑289 (MQ=255) atagcaTCATCATGACCCGGATCACAATCCAGAATAATTTTTCTCTTTTCCATTGTTTATTTCCTCTGTTTCCAGTTGCGTTATTTTTTCTACAGCAAAGAAAATTCGACCGGGCCGATGATTGAATCTTAACAACAGCGTACGTATGCTAAATATGAGAAATCTCATAGCGGATAAACATCGTGAAAGAAATCCACAATAATGATCTTAAGCAGCAATTGATGAGTGAATCCGCGTTTAAGGATTGCTTTTTAACGGATGTTTCAGCCGATACGCGGCTGTTTCAttt > 1:1943594/1‑289 (MQ=255) atagcaTCATCATGACCCGGATCACAATCCAGAATAATTTTTCTCTTCTCCATTGTTTATTTCCTCTGTTTCCAGTTGCGTTATTTTTTCTACAGCAAAGAAAATTCGACCGGGCCGATGATTGAATCTTAACAACAGCGTACGTATGCTAAATATGAGAAATCTCATAGCGGATAAACATCGTGAAAGAAATCCACAATAATGATCTTAAGCAGCAATTGATGAGTGAATCCGCGTTTAAGGATTGCTTTTTAACGGATGTTTCAGCCGATACGCGGCTGTTTCAttt > 1:1255659/1‑289 (MQ=255) tagcaTCATCATGACCCGGATCACAATCCAGAATAATTTTTCTCTTTTCCATTGTTTATTTCCTCTGTTTCCAGTTGCGTTATTTTTTCTACAGCAAAGAAAATTCGACCGGGCCGATGATTGAATCTTAACAACAGCGTACGTATGCTAAATATGAGAAATCTCATAGCGGATAAACATCGTGAAAGAAATCCACAATAATGATCTTAAGCAGCAATTGATGAGTGAATCCGCGTTTAAGGATTGCTTTTTAACGGATGTTTCAGCCGATACGCGGCTGTTTCAtttt > 1:1843939/1‑289 (MQ=255) tagcaTCATCATGACCCGGATCACAATCCAGAATAATTTTTCTCTTTTCCATTGTTTATTTCCTCTGTTTCCAGTTGCGTTATTTTTTCTACAGCAAAGAAAATTCGACCGGGCCGATGATTGAATCTTAACAACAGCGTACGTATGCTAAATATGAGAAATCTCATAGCGGATAAACATCGTGAAAGAAATCCACAATAATGATCTTAAGCAGCAATTGATGAGTGAATCCGCGTTTAAGGATTGCTTTTTAACGGATGTTTCAGCCGATACGCGGCTGTTTCAtttt > 2:779071/1‑289 (MQ=255) tagcaTCATCATGACCCGGATCACAATCCAGAATAATTTTTCTCTTTTCCATTGTTTATTTCCTCTGTTTCCAGTTGCGTTATTTTTTCTACAGCAAAGAAAATTCGACCGGGCCGATGATTGAATCTTAACAACAGCGTACGTATGCTAAATATGAGAAATCTCATAGCGGATAAACATCGTGAAAGAAATCCACAATAATGATCTTAAGCAGCAATTGATGAGTGAATCCGCGTTTAAGGATTGCTTTTTAACGGATGTTTCAGCCGATACGCGGCTGTTTCAtttt > 2:132207/1‑289 (MQ=255) catcatGACCCGGATCACAATCCAGAATAATTTTTCTCTTTTCCTTTGTTTATTTCCTCTGTTTCCAGTTGCGTTATTTTTTCTACAGCAAAGAAAATTCGACCGGGCCGATGATTGAATCTTAACAACAGCGTACGTATGCTAAATATGAGAAATCTCATAGCGGATAAACATCGTGAAAGAAATCCACAATAATGATCTTAAGCAGCAATTGATGAGTGAATCCGCGTTTAAGGATTGCTTTTTAACGGATGTTTCAGCCGATACGCGGCTGTTTCATTTTTTAgcg < 1:1096262/289‑1 (MQ=255) catcatGACCCGGATCACAATCCAGAATAATTTTTCTCTTTTCCATTGTTTATTTCCTCTGTTTCCAGTTGCGTTATTTTTTCTACAGCAAAGAAAATTCGACCGGGCCGATGATTGAATCTTAACAACAGCGTACGTATGCTAAATATGAGAAATCTCATAGCGGATAAACATCGTGAAAGAAATCCACAATAATGATCTTAAGCAGCAATTGATGAGTGAATCCGCGTTTAAGGATTGCTTTTTAACGGATGTTTCAGCCGATACGCGGCTGTTTCATTTTTTAgcg < 1:1207558/289‑1 (MQ=255) catcatGACCCGGATCACAATCCAGAATAATTTTTCTCTTTTCCATTGTTTATTTCCTCTGTTTCCAGTTGCGTTATTTTTTCTACAGCAAAGAAAATTCGACCGGGCCGATGATTGAATCTTAACAACAGCGTACGTATGCTAAATATGAGAAATCTCATAGCGGATAAACATCGTGAAAGAAATCCACAATAATGATCTTAAGCAGCAATTGATGAGTGAATCCGCGTTTAAGGATTACTGTTTAACGGATGTTTCAGCCGATACGCGGCTGTTTCATTTTTTAgcg < 1:969865/289‑1 (MQ=255) 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tttCTACAGCAAAGAAAATTCGACCGGGCCGATGATTGAATCTTAACAACAGCGTACGTATGCTAAATATGAGAAATCTCATAGCGGATAAACATCGTGAAAGAAATCCACAATAATGATCTTAAGCAGCAATTGATGAGTGAATCCGCGTTTAAGGATTGCTTTTTAACGGATGTTTCAGCCGATACGCGGCTGTTTCATTTTTTAGCGCGTGACTACATTGTGCAGGAAGGGCAACAGCCGTCCTGGCTGTTTTACCTGACGCGAGGCCGCGCCAGGCTTTACGCCa < 1:1915175/289‑1 (MQ=255) tCTACATCAAAGAAAATTCGACCGGGCCGATGATTGAATCTTAACAACAGCGTACGTATGCTAAATATGAGAAATCTCATAGCGGATAAACATCGTGAAAGAAATCCACAATAATGATCTTAAGCAGCAATTGATGAGTGAATCCGCGTTTAAGGATTGCTTTTTAACGGATGTTTCAGCCGATACGCGGCTGTTTCATTTTTTAGCGCGTGACTACATTGTGCAGGAAGGGCAACAGCCGTCCTGGCTGTTTTACCTGACGCGAGGCCGCGCCAGGCTTTACGCCACg < 2:970450/289‑1 (MQ=255) aGCAAAGAAAATTCGACCGCGCCGATGATTGAATCTTAACAACAGCCTACGTATGCTAAATAGGAGAAATCTCATAGCGGATAAACATCGTGAAAGACATCCACAATAATGATCTCAGGCAGCAATCGATGAGTGAATCCGAGTTTAAGAATTGCTTTTTAACTGATGTTTCAGCCGAAACGCCGCTCTTTCATTCTTTAGTGCGTGACTACATTGTGCAGCAAAGGCAGCAGCCGTCCTGGCGGGTTTACCTGTAGCGAGGCCGCGCCAGGCtttccccccctctcg > 2:1795519/1‑276 (MQ=255) 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ttGCTTTTTAACGGATGTTTCAGCCGATACGCGGCTGTTTCATTTTTTAGCGCGTGACTACATTGTGCAGGAAGGGCAACAGCCGTCCTGGCTGTTTTACCTGACGCGAGGCCGCGCCAGGCTTTACGCCACGCTAGCTAATGGTCGCGTGTCGCTGATCGATTTCTTTGCCGCCCCCTGTTTTATTGGCGAGATTGAGTTAATCGATAAAGACCATGAACCGCGTGCGGTGCAGGCTATTGAAGAGTGTTGGTGCCTTGCGCTCCCTATg < 2:76553/271‑1 (MQ=255) tGCTTTTTAACGGATGTTTCAGCCGATACGCGGCTGTTTCATTTTTTAGCGCGTGACTACATTGTGCAGGAAGGGCAACAGCCGTCCTGGCTGTTTTACCTGACGCGAGGCCGCGCCAGGCTTTACGCCACGCTAGCTAATGGTCGCGTGTCGCTGATCGATTTCTTTGCCGCCCCCTGTTTTATTGGCGAGATTGAGTTAATCGATAAAGACCATGAACCGCGTGCGGTGCAGGCTATTGAAGAGTGTTGGTGCCTTGCGCTCCCTATGAAACATTACCGTCCGCTGt > 1:569891/1‑289 (MQ=255) tAACGGATGTTTCAGCCGATACGCGGCTGTTTCATTTTTTAGCGCGTGACTACATTGTGCAGGAAGGGCAACAGCCGTCCTGGCTGTTTTACCTGACGCGAGGCCGCGCCAGGCTTTACGCCACGCTAGCTAATGGTCGCGTGTCGCTGATCGATTTCTTTGCCGCCCCCTGTTTTATTGGCGAGATTGAGTTAATCGATAAAGACCATGAACCGCGTGCGGTGCAGGCTATTGAAGAGTGTTGGTGCCTTGCGCTCCCTATGAAACATTACCGTCCGCTGTTATTaaa < 1:403087/289‑1 (MQ=255) ||| TCATTATAGCAATAGCATCATCATGACCCGGATCACAATCCAGAATAATTTTTCTCTTTTCCATTGTTTATTTCCTCTGTTTCCAGTTGCGTTATTTTTTCTACAGCAAAGAAAATTCGACCGGGCCGATGATTGAATCTTAACAACAGCGTACGTATGCTAAATATGAGAAATCTCATAGCGGATAAACATCGTGAAAGAAATCCACAATAATGATCTTAAGCAGCAATTGATGAGTGAATCCGCGTTTAAGGATTGCTTTTTAACGGATGTTAGTGCCGATACGCGGCTGTTTCATTTTTTAGCGCGTGACTACATTGTGCAGGAAGGGCAACAGCCGTCCTGGCTGTTTTACCTGACGCGAGGCCGCGCCAGGCTTTACGCCACGCTAGCTAATGGTCGCGTGAGCCTGATCGATTTCTTTGCCGCCCCCTGTTTTATTGGCGAGATTGAGTTAATCGATAAAGACCATGAACCGCGTGCGGTGCAGGCTATTGAAGAGTGTTGGTGCCTTGCGCTCCCTATGAAACATTACCGTCCGCTGTTATTAAA > CP042583/1830066‑1830617 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |