Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,830,472 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,830,472 | 0 | A | T | 99.7% | 667.4 / NA | 282 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.50e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,830,473 | 0 | G | C | 99.7% | 658.4 / NA | 282 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (126/155); total (127/155) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.50e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,830,474 | 0 | C | G | 99.7% | 658.0 / NA | 282 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (126/155); total (127/155) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.50e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 282 total aligned reads displayed.
GAATCTTAACAACAGCGTACGTATGCTAAATATGAGAAATCTCATAGCGGATAAACATCGTGAAAGAAATCCACAATAATGATCTTAAGCAGCAATTGATGAGTGAATCCGCGTTTAAGGATTGCTTTTTAACGGATGTTAGTGCCGATACGCGGCTGTTTCATTTTTTAGCGCGTGACTACATTGTGCAGGAAGGGCAACAGCCGTCCTGGCTGTTTTACCTGACGCGAGGCCGCGCCAGGCTTTACGCCACGCTAGCTAATGGTCGCGTGAGCCTGATCGATTTCTTTGCCGCCCCCTGTTTTATTGGCGAGATTGAGTTAATCGATAAAGACCATGAACCGCGTGCGGTGCAGGCTATTGAAGAGTGTTGGTGCCTTGCGCTCCCTATGAAACATTACCGTCCGCTGTTATTAAACGACACGCTATTTTTACGAAAACTCTGCGTCACCTTAAGTCATAAAAATTATCGTAATATTGTTTCTTTAACTCAGAATCAAAGTTTTCCGTTAGTGAATCGCCTGGCAGCATTTATATTACTCAGCCAGGAAGG > CP042583/1830200‑1830752 ||| gAATCTTAACAACAGCGTACGTATGCTAAATATGAGAAATCTCATAGCGGATAAACATCGTGAAAGAAATCCACAATAATGATCTTAAGCAGCAATTGATGAGTGAATCCGCGTTTAAGGATTGCTTTTTAACGGATGTTTCAGCCGATACGCGGCTGTTTCATTTTTTAGCGCGTGACTACATTGTGCAGGAAGGGCAACAGCCGTCCTGGCTGTTTTACCTGACGCGAGGCCGCGCCAGGCTTTACGCCACGCTAGCTAATGGTCGCGTGTCGCTGATCGATTTCtt > 2:1078715/1‑289 (MQ=255) 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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |