Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,830,700 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,830,700 | 0 | A | T | 100.0% | 466.5 / NA | 196 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,830,701 | 0 | G | C | 99.5% | 462.4 / NA | 196 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (102/93); total (102/94) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.80e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,830,702 | 0 | T | A | 100.0% | 469.4 / NA | 196 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (102/94); total (102/94) |
Only 100 of 196 total aligned reads displayed.
CTGACGCGAGGCCGCGCCAGGCTTTACGCCACGCTAGCTAATGGTCGCGTGAGCCTGATCGATTTCTTTGCCGCCCCCTGTTTTATTGGCGAGATTGAGTTAATCGATAAAGACCATGAACCGCGTGCGGTGCAGGCTATTGAAGAGTGTTGGTGCCTTGCGCTCCCTATGAAACATTACCGTCCGCTGTTATTAAACGACACGCTATTTTTACGAAAACTCTGCGTCACCTTAAGTCATAAAAATTATCGTAATATTGTTTCTTTAACTCAGAATCAAAGTTTTCCGTTAGTGAATCGCCTGGCAGCATTTATATTACTCAGCCAGGAAGGTGATCTTTATCACGAAAAGCATACGCAAGCGGCAGAGTATTTAGGCGTTTCTTATCGACATCTTTTATATGTTCTCGCGCAGTTCATTCACGACGGTTTATTAATTAAAAGCAAGAAAGGGTATCTCATTAAAAACAGAAAGCAGTTGAGTGGACTGGCGCTGGAGATGGACCCGGAGAATAAATTCTCCGGGATGATGCAGTAAAAATTATTTTCAATAGCGCGATT > CP042583/1830421‑1830980 ||| cTGACGCGAGGCCGCGCCAGGCTTTACGCCACGCTAGCTAATGGTCGCGTGTCGCTGATCGATTTCTTTGCCGCCCCCTGTTTTATTGGCGAGATTGAGTTAATCGATAAAGACCATGAACCGCGTGCGGTGCAGGCTATTGAAGAGTGTTGGTGCCTTGCGCTCCCTATGAAACATTACCGTCCGCTGTTATTAAACGACACGCTATTTTTACGAAAACTCTGCGTCACCTTAAGTCATAAAAATTATCGTAATATTGTTTCTTTAACTCAGAATCAATCATTTCCGt > 2:1105951/1‑289 (MQ=255) ccGCGCCAGGCTTTACGCCACGCTAGCTAATGGTCGCGTGTCGCTGATCGATTTCTTTGCCGCCCCCTGTTTTATTGGCGAGATTGAGTTAATCGATAAAGACCATGAACCGCGTGCGGTGCAGGCTATTGAAGAGTGTTGGTGCCTTGCGCTCCCTATGAAACATTACCGTCCGCTGTTATTAAACGACACGCTATTTTTACGAAAACTCTGCGTCACCTTAAGTCATAAAAATTATCGTAATATTGTTTCTTTAACTCAGAATCAATCATTTCCGTTAGTGAATCg < 2:826900/288‑1 (MQ=255) gcCAGGCTTTACGCCACGCTAGCTAATGGTCGCGTGTCGCTGATCGATTTCTTTGCCGCCCCCTGTTTTATTGGCGAGATTGAGTTAATCGATAAAGACCATGAACCGCGTGCGGTGCAGGCTATTGAAGAGTGTTGGTGCCTTGCGCTCCCTATGAAACATTACCGTCCGCTGTTATTAAACGACACGCTATTTTTACGAAAACTCTGCGTCACCTTAAGTCATAAAAATTATCGTAATATTGTTTCTTTAACTCAGAATCAATCATTTCCGTTAGTGAATCGCCTgg < 1:548801/289‑1 (MQ=255) gcCAGGCTTTACGCCACGCTAGCTAATGGTCGCGTGTCGCTGATCGATTTCTTTGCCGCCCCCTGTTTTATTGGCGAGATTGAGTTAATCGATAAAGACCATGAACCGCGTGCGGTGCAGGCTATTGAAGAGTGTTGGTGCCTTGCGCTCCCTATGAAACATTACCGTCCGCTGTTATTAAACGACACGCTATTTTTACGAAAACTCTGCGTCACCTTAAGTCATAAAAATTATCGTAATATTGTTTCTTTAACTCAGAATCAATCATTTCCGTTAGTGAATCGCCTgg < 1:665876/289‑1 (MQ=255) ccAGGCTTTACGCCACGCTAGCTAATGGTCGCGTGTCGCTGATCGATTTCTTTGCCGCCCCCTGTTTTATTGGCGAGATTGAGTTAATCGATAAAGACCATGAACCGCGTGCGGTGCAGGCTATTGAAGAGTGTTGGTGCCTTGCGCTCCCTATGAAACATTACCGTCCGCTGTTATTAAACGACACGCTATTTTTACGAAAACTCTGCGTCACCTTAAGTCATAAAAATTATCGTAATATTGTTTCTTTAACTCAGAATCAATCATTTCCGTTAGTGAATCGCCTGgc < 1:1888158/289‑1 (MQ=255) cAGGCTTTACGCCACGCTAGCTAATGGTCGCGTGTCGCTGATCGATTTCTTTGCCGCCCCCTGTTTTATTGGCGAGATTGAGTTAATCGATAAAGACCATGAACCGCGTGCGGTGCAGGCTATTGAAGAGTGTTGGTGCCTTGCGCTCCCTATGAAACATTACCGTCCGCTGTTATTAAACGACACGCTATTTTTACGAAAACTCTGCGTCACCTTAAGTCATAAAAATTATCGTAATATTGTTTCTTTAACTCAGAATCAATCATTTCCGTTAGTGAATCGCCTGgc < 1:1064699/288‑1 (MQ=255) cAGGCGTTACGCCACGCTAGCTAATGGTCGCGTGTCGCTGATCGATTTCTTTGCCGCCCCCTGTTTTATTGGCGAGATTGAGTTAATCGATAAAGACCATGAACCGCGTGCGGTGCAGGCTATTGAAGAGTGTTGGTGCCTTGCGCTCCCTATGAAACATTACCGTCCGCTGTTATTAAACGACACGCTATTTTTACGAAAACTCTGCGTCACCTTAAGTCATAAAAATTATCGTAATATTGTTTCTTTAACTCAGAATCAATCATTTCCGTTAGTGAATCGCCTGgc < 1:532973/288‑1 (MQ=255) cGCTAGCTAATGGTCGCGTGTCGCTGATCGATTTCTTTGCCGCCCCCTGTTTTATTGGCGAGATTGAGTTAATCGATAAAGACCATGAACCGCGTGCGGTGCAGGCTATTGAAGAGTGTTGGTGCCTTGCGCTCCCTATGAAACATTACCGTCCGCTGTTATTAAACGACACGCTATTTTTACGAAAACTCTGCGTCACCTTAAGTCATAAAAATTATCGTAATATTGTTTCTTTAACTCAGAATCAATCATTTCCGTTAGTGAATCGCCTGGCAGCATTTATATTAc > 1:1827990/1‑288 (MQ=255) aaTGGTCGCGTGTCGCTGATCGATTTCTTTGCCGCCCCCTGTTTTATTGGCGAGATTGAGTTAATCGATAAAGACCATGAACCGCGTGCGGTGCAGGCTATTGAAGAGTGTTGGTGCCTTGCGCTCCCTATGAAACATTACCGTCCGCTGTTATTAAACGACACGCTATTTTTACGAAAACTCTGCGTCACCTTAAGTCATAAAAATTATCGTAATATTGTTTCTTTAACTCAGAATCAATCATTTCCGTTAGTGAATCGCCTGGCAGCATTTATATTACTctcgcagg < 1:258920/289‑8 (MQ=255) aaTGGTCGCGTGTCGCTGATCGATTTCTTTGCCGCCCCCTGTTTTATTGGCGAGATTGAGTTAATCGATAAAGACCATGAACCGCGTGCGGTGCAGGCTATTGAAGAGTGTTGGTGCCTTGCGCTCCCTATGAAACATTACCGTCCGCTGTTATTAAACGACACGCTATTTTTACGAAAACTCTGCGTCACCTTAAGTCATAAAAATTATCGTAATATTGTTTCTTTAACTCAGAATCAATCATTTCCGTTAGTGAATCGCCTGGCAGCATTTATATTACTctcgcagg < 1:765628/289‑8 (MQ=255) tGGTCGCGTGTCGCTGATCGATTTCTTTGCCGCCCCCTGTTTTATTGGCGAGATTGAGTTAATCGATAAAGACCATGAACCGCGTGCGGTGCAGGCTATTGAAGAGTGTTGGTGCCTTGCGCTCCCTATGAAACATTACCGTCCGCTGTTATTAAACGACACGCTATTTTTACGAAAACTCTGCGTCACCTTAAGTCATAAAAATTATCGTAATATTGTTTCTTTAACTCAGAATCAATCATTTCCGTTAGTGAATCGCCTGGCAGCATTTATATTACTCTCGCAGGaa > 1:1852681/1‑289 (MQ=255) ggTCGCGTGTCGCTGATCGATTTCTTTGCCGCCCCCTGTTTTATTGGCGAGATTGAGTTAATCGATAAAGACCATGAACCGCGTGCGGTGCAGGCTATTGAAGAGTGTTGGTGCCTTGCGCTCCCTATGAAACATTACCGTCCGCTGTTATTAAACGACACGCTATTTTTACGAAAACTCTGCGTCACCTTAAGTCATAAAAATTATCGTAATATTGTTTCTTTAACTCAGAATCAATCATTTCCGTTAGTGAATCGCCTGGCAGCATTTATATTACTctcgcag > 1:1465475/1‑279 (MQ=255) cgggggtcgcTGATCGATTTCTTTGCCGCCCCCTGTTTTATTGGCGGGATTGAATTAATCGATAAAGACCATGAACCGCGTGCGGTGCAGGCTATTGAATAGTGTTGGTGCCTTGCGCTCCCTATGAAACATTACCGTCCGCTGTTATTAAACGACACGCTATTTTTACGAAAACTCTGCGTCACCTTAAGTCATAAAAATTATCGTAATATTGTTTCTTTAACTCAGAATCAATCATTTCCGTTAGTGAATCGCCTGGCAGCATTTATATTACTCTCGCAGGAAGGTg < 2:1469419/280‑1 (MQ=255) gcgtgtcgcTGATCGATTTCTTTGCCGCCCCCTGTTTTATTGGCGAGATTGAGTTAATCGATAAAGACCATGAACCGCGTGCGGTGCAGGCTATTGAAGAGTGTTGGTGCCTTGCGCCCCCTATGAAACATTACCGTCAGCTGTTATTAAACGACACGCTATTTTTACGAAAACTCTGCGTCACCTTAAGTCATATAAATTATCGTAATATTGTTTCTTTAACTCAGAATCAATCATCTCCGTTAGTGAATCGCCTGGCAGCATTTATATTACTCTCGCAGGAAGGTGa > 1:830549/9‑289 (MQ=255) gcgtgtcgcTGATCGATTTCTTTGCCGCCCCCTGTGTTATTGGCGAGATTGAGTTAATCGATAAAGACCATGAACCGCGTGCGGTGCAGGCTATTGAAGAGTGTTGGTGCCTTGCGCTCCCTATGAAACATTACCGTCCGCTGTTATTAAACGACACGCTATTTTTACGAAAACTCTGCGTCACCTTAAGTCATAAAAATTATCGTAATATTGTTTCTTTAACTCAGAATCAATCATTTCCGTTAGTGAATCGCCTGGCAGCATTTATATTACTCTCGCAGGAAGGt < 2:1432905/279‑1 (MQ=255) ttGCCGCCCCCTGTTTTATTGGCGAGATTGAGTTAATCGATAAAGACCATGAACCGCGTGCGGTGCAGGCTATTGAAGAGTGTTGGTGCCTTGCGCTCCCTATGAAACATTACCGTCCGCTGTTATTAAACGACACGCTATTTTTACGAAAACTCTGCGTCACCTTAAGTCATAAAAATTATCGTAATATTGTTTCTTTAACTCAGAATCAATCATTTCCGTTAGTGAATCGCCTgg < 1:10738/237‑1 (MQ=255) gccCCCTGTTTTATTGGCGAGATTGAGTTAATCGATAAAGACCATGAACCGCGTGCGGTGCAGGCTATTGAAGAGTGTTGGTGCCTTGCGCTCCCTATGAAACATTACCGTCCGCTGTTATTAAACGACACGCTATTTTTACGAAAACTCTGCGTCACCTTAAGTCATAAAAATTATCGTAATATTGTTTCTTTAACTCAGAATCAATCATTTCCGTTAGTGAATCGCCTGGCAGCAt < 2:242191/238‑1 (MQ=255) cTGTTTTATTGGCGAGATTGAGTTAATCGATAAAGACCATGAACCGCGTGCGGTGCAGGCTATTGAAGAGTGTTGGTGCCTTGCGCTCCCTATGAAACATTACCGTCCGCTGTTATTAAACGACACGCTATTTTTACGAAAACTCTGCGTCACCTTAAGTCATAAAAATTATCGTAATATTGTTTCTTTAACTCAGAATCAATCATTTCCGTTAGTGAATCGCCTGGCAGCATTTATATTACTCTCGCAGGAAGGTGATCTTTATCACGAAAAGCATACGCAAGCGGCa < 2:1177392/289‑1 (MQ=255) cTGTTTTATTGGCGAGATTGAGTTAATCGATAAAGACCATGAACCGCGTGCGGTGCAGGCTATTGAAGAGTGTTGGTGCCTTGCGCTCCCTATGAAACATTACCGTCCGCTGTTATTAAACGACACGCTATTTTTACGAAAACTCTGCGTCACCTTAAGTCATAAAAATTATCGTAATATTGTTTCTTTAACTCAGAATCAATCATTTCCGTTAGTGAATCGCCTGGCAGCATTTATATTACTCTCGCAGGAAGGTGATCTTTATCACGAAAAGCATACGCAAGCGGCa < 1:1250323/289‑1 (MQ=255) cTGTTTTATTGGCGAGATTGAGTTAATCGATAAAGACCATGAACCGCGTGCGGTGCAGGCTATTGAAGAGTGTTGGTGCCTTGCGCTCCCTATGAAACATTACCGTCCGCTGTTATTAAACGACACGCTATTTTTACGAAAACTCTGCGTCACCTTAAGTCATAAAAATTATCGTAATATTGTTTCTTTAACTCAGAATCAATCATTTCCGTTAGTGAATCGCCTGGCAGCATTTATATTACTCTCGCAGGAAGGTGATCTTTATCACGAAAAGCATACGCAAGCGGCa < 1:301336/289‑1 (MQ=255) cTGGTTTATTGGCGAGATTGAGTTAATCGATAAAGACCATGAACCGCGTGCGGTGCAGGCTATTGAAGAGTGTTGGTGCCTTGCGCTCCCTATGAAACATTACCGTCCGCTGTTATTAAACGACACGCTATTTTTACGAAAACTCTGCGTCACCTTAAGTCATAAAAATTATCGTAATATTGTTTCTTTAACTCAGAATCAATCATTTCCGTTAGTGAATCGCCTGGCAGCATTTATATTACTCTCGCAGGAAGGTGATCTTTATCACGAAAAGCATACGCAAGCGGCa < 2:1357141/289‑1 (MQ=255) gTTTTATTGGCGAGATTGAGTTAATCGATAAAGACCATGAACCGCGTGCGGTGCAGGCTATTGAAGAGTGTTGGTGCCTTGCGCTCCCTATGAAACATTACCGTCCGCTGTTATTAAACGACACGCTATTTTTACGAAAACTCTGCGTCACCTTAAGTCATAAAAATTATCGTAATATTGTTTCTTTAACTCAGAATCAATCATTTCCGTTAGTGAATCGCCTGGCAGCATTTATATTACTCTCGCAGGAAGGTGATCTTTATCACGAAAAGCATACGCAAGCGGCaga < 1:1795519/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |