| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 1,833,346 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 1,833,347 | 0 | C | G | 100.0% | 556.7 / NA | 236 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (106/130); total (106/130) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,833,348 | 0 | T | A | 99.6% | 556.1 / NA | 236 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (105/130); minor base C (1/0); total (106/130) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.49e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 237 total aligned reads displayed.
TCAATTTCTTCTTTGCTTAACCCCACTTTCATCACGCCGCCAATAATGGCGATCGTGGCAGGTACAGCGCCCTGTTTACGAATAGTTTCTTCAACTTCAATTGCGGTCTGGGCATTTTGTGGGAACGGCATCCCGTGAGAAATAATGGTGCTTTCCAGCGCCACAACCGGTTTTTTGTTTTTTAAAGCGTCCTGCACTTCCGGGGAAATTTGTAATAATTCAGGGGAAATTTTTAATTCAGACATTCTGCGTTCTCCACTAAGCTTATAACGTTGGCAATGCTTAAATCGGGGTTATTGGTGTATTCACAGGAGAGCGCCATACTGCTACATCCCTGTGCGAAACGAACAGATTCGGCAAACGGCATTCCGTCTACCCAACAGCTAGCAAGTCCCGCCATCATGGCATCGCCCGCTCCGGTAACATTAATAACATTGGTTTTGATCGGCGCAGACCAGCCACTTTCACCGCTGATATCGCTGTAATAAACGCCGTCGCCGCCCATGCTCAATACCAGTCGGTTCAGGCCATGTTGATGGAACCAGGCAGCAACTTTTGCCACATCTT > CP042583/1833066‑1833632 ||| tCAATTTCTTCTTTGCTTAACCCCACTTTCATCACGCCGCCAATAATGGCGATCGTGGCAGGTACAGCGCCCTGTTTACGAATAGTTTCTTCAACTTCAATTGCGGTCTGGGCATTTTGTGGGAACGGCATCCCGTGAGAAATAATGGTCGATTCCAGCGCCACAACCGGTTTTTTGTTTTTTAAAGCGTCCTGCACTTCCGGGGAAATTTGTAATAATTCAGGGGAAATTTTTAATTCAGACATTCTGCGTTCTCCACTAACGATATAACGTTGGCAATCGATAAATc < 1:1720467/289‑1 (MQ=255) 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tGGCAATCGATAAATCGGGGTTATTGGTGTATTCACAGCAGAGCGCCATTGACGAACATCCCTGTGCGAAACGAACAGATTCGGCAAACGGCATTCCGTCTACCCAACACGAAGCAAGTCCCGCCATCATGGCATCGCCCGCTCCGGTAACATTAATAACATTGGTTTTGATCGGCGCAGACCAGCCACTTTCACCGCTGATATCGCt > 2:1654357/1‑208 (MQ=255) ||| TCAATTTCTTCTTTGCTTAACCCCACTTTCATCACGCCGCCAATAATGGCGATCGTGGCAGGTACAGCGCCCTGTTTACGAATAGTTTCTTCAACTTCAATTGCGGTCTGGGCATTTTGTGGGAACGGCATCCCGTGAGAAATAATGGTGCTTTCCAGCGCCACAACCGGTTTTTTGTTTTTTAAAGCGTCCTGCACTTCCGGGGAAATTTGTAATAATTCAGGGGAAATTTTTAATTCAGACATTCTGCGTTCTCCACTAAGCTTATAACGTTGGCAATGCTTAAATCGGGGTTATTGGTGTATTCACAGGAGAGCGCCATACTGCTACATCCCTGTGCGAAACGAACAGATTCGGCAAACGGCATTCCGTCTACCCAACAGCTAGCAAGTCCCGCCATCATGGCATCGCCCGCTCCGGTAACATTAATAACATTGGTTTTGATCGGCGCAGACCAGCCACTTTCACCGCTGATATCGCTGTAATAAACGCCGTCGCCGCCCATGCTCAATACCAGTCGGTTCAGGCCATGTTGATGGAACCAGGCAGCAACTTTTGCCACATCTT > CP042583/1833066‑1833632 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |