| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 1,834,027 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 1,834,027 | 0 | G | C | 100.0% | 686.5 / NA | 290 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 1,834,028 | 0 | C | G | 99.7% | 682.4 / NA | 290 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (154/135); minor base T (0/1); total (154/136) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.69e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,834,029 | 0 | T | A | 100.0% | 685.8 / NA | 290 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (154/136); total (154/136) | |||||||||||
Only 100 of 291 total aligned reads displayed.
TAACCGGATCGACAAATACGGGTACGTTGGCGGCATTATCCAGAATCCATGCCAGTGCCTCTTCACTGATATTACAGTCCGCGACAATGACCTTTGCCCTCTGAATAAATTCACCGTGCTGTGCGAGATATTCAGCTGTAATAGCGTTGCTAATATTCATGTCATTTATAGCAACCAGCATTTCACCGGTATTATCGAGTAAACTTAAATAACTGCTCGTATTTTCTCCCGGCACAATCAGGCATTTATCGACATAAACGCCAGATTGATTGGTTTGCGTTAGCAGGCTTTGACCATAAAAATCACTGCCTACGGCGCTCAGTAGCCAGGCTTTGTTACCCAGCAACGCCAGGTTTTGTGCAATATTGCGCCCTACTCCACCAGGCGTAAATTTTATTTTACCTGGATTACTATCCGCATAATTTAAACTTTCATGACTATATCCGGCGACATCAATATTCGCGCTACCTATAATTACGACATAATCCTTTTCGCGCATAGCACGTCCTCTGGTAAAAAATTACCAACCCTGTCAATCCACAAGAATATAGATACTGCAAAGACGGT > CP042583/1833741‑1834307 ||| aaaCCGGATCGACAAATACGGGTACGTTGGCGGCATTATCCAGAATCCATGCCAGTGCCTCTTCACTGATATTACAGTCCGCGACAATGACCTTTGCCCTCTGAATAAATTCACCGTGCTGTGCGAGATATTCAGCTGTAATAGCGTTGCTAATATTCATGTCATTTATAGCAACCAGCATTTCACCGGTATTATCGAGTAATGATAAATAACTCGACGTATTTTCTCCCGGCACAATCAGGCATTTATCGACATAAACGCCAGATTGATTGGTTTGCGTTAGCAggga > 1:756757/2‑287 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |