| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,844,220 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 1,844,220 | 0 | A | T | 100.0% | 518.2 / NA | 217 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 1,844,221 | 0 | G | C | 99.5% | 507.6 / NA | 217 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (119/97); minor base T (0/1); total (119/98) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.52e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,844,222 | 0 | T | A | 100.0% | 516.2 / NA | 217 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (119/98); total (119/98) | |||||||||||
Only 100 of 217 total aligned reads displayed.
TTTTTGTGGCTGGTTGCATTGACCAACAATCGCGCCTTCGACGGTTGTAGTCTGCTGGCGATGGGTATGTTGATGCTGAGTTTCTGGCTGAAAGAAAACGCCCCTGGCAGACGACGTATCGTGATTATTGGTCTGGTCATGCTATTAACTGCAGT‑GGTATTAAACCAGCTGGGTCAGGCATTAATTCCTGTAAAACGGGCCAGCCCAACATTGACTTTTACCGATATTAACCGCGTCAGCGAACTGCTCTCTGTTCCCACGAAAGATGCCAGTCGAGATAGCTTTCCCGGCGATCACGGCATGATGCTGCTTATTTTTAGCGCATTCATGTGGCGTTATTTCGGCAAAGTTGCAGGCCTTATCGCCCTTATTATTTTTGTGGTTTTTGCATTTCCCAGAGTAATGATTGGCGCACACTGGTTTACTGACATCATTGTCGGTAGCATGACCGTGATATTGATCGGTTTGCCCTGGGTGTTGCTGACGCCATTAAGTGATCGATTAATCACCTTTTTTGACAAAAGTCTACCAGGAAAAAACAAACATT > CP042583/1843950‑1844496 ||| tgtttGGGGCTGGTTGCATTGACCAACAATCGCGCCTTCGACGGTTGTTAACTGCTGGCGATGGGTATGTTGATGCTGAGTTTCTGGCTGAAAGAAAACGCCCCTGGCAGACGACGTATCGTGATTATTGGTCTGGTCATGCTATTAACTGCAGT‑GGTATTAAACCAGCTGGGTCAGGCATTAATTCCTGTAAAACGGGCCAGCCCAACATTGACTTTTACCGATATTAACCGCGTCAGCGAACTGCTCTCTGTTCCCACGAAAGATGCCTCACGAGATAGCTTTCCCg < 2:25392/287‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |