| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,847,481 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,847,481 | 0 | A | T | 100.0% | 551.1 / NA | 233 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 1,847,482 | 0 | G | C | 98.7% | 537.4 / NA | 233 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (120/109); minor base A (1/2); total (122/111) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.08e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,847,483 | 0 | T | A | 100.0% | 553.6 / NA | 233 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (122/111); total (122/111) | |||||||||||
Only 100 of 233 total aligned reads displayed.
AACCGTATACGCCGCAGTGGTAAGGTGTGCTTACGTCCCTTATTATTCATAGTGAAAGCATGCCGGATTGCGGCTAATGATGAGTAAAAGGAAATCCGTTGCAGATGATTGTGCGCATACTGCTGCTGTTTATCGCTCTGTTCACCTTTGGTGTGCAGGCGCAGGCTATCAAGGAAAGCTATGCCTTTGCCGTGCTGGGCGAACCCCGGTACGCGTTTAATTTCAACCATTTTGATTATGTGAACCCCGCCGCGCCAAAAGGTGGGCAGATAACGTTGAGTGCCCTCGGCACCTTCGATAATTTCAACCGCTATGCACTGCGCGGCAACCCGGGCGCACGCACCGAGCAGCTGTACGACACGCTATTTACGACTTCCGATGACGAACCAGGCAGTTATTACCCGCTGATTGCTGAAAGCGCACGCTATGCTGACGATTATTCCTGGGTGGAGGTCGCTATTAATCCGCGCGCCCGTTTTCATGATGGTAGCCCCATTACTGCCCGCGATGTAGAGTTTACTTTTCAAAAATTTATGACCGAAGGCGTGCCGCAATTTCGT > CP042583/1847203‑1847762 ||| aaCCGTATACGCCGCAGTGGTAAGGTGTGCTTACGTCCCTTATTATTCATAGTGAAAGCATGCCGGATTGCGGCTAATGATGAGTAAAAGGAAATCCGTTGCAGATGATTGTGCGCATACTGCTGCTGTTTATCGCTCTGTTCACCTTTGGTGTGCAGGCGCAGGCTATCAAGGAAAGCTATGCCTTTGCCGTGCTGGGCGAACCCCGGTACGCGTTTAATTTCAACCATTTTGATTATGTGAACCCCGCCGCGCCAAAAGGTGGGCAGATAACGTTGTCAGCCCTCgg < 1:1455913/289‑1 (MQ=255) 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AACCGTATACGCCGCAGTGGTAAGGTGTGCTTACGTCCCTTATTATTCATAGTGAAAGCATGCCGGATTGCGGCTAATGATGAGTAAAAGGAAATCCGTTGCAGATGATTGTGCGCATACTGCTGCTGTTTATCGCTCTGTTCACCTTTGGTGTGCAGGCGCAGGCTATCAAGGAAAGCTATGCCTTTGCCGTGCTGGGCGAACCCCGGTACGCGTTTAATTTCAACCATTTTGATTATGTGAACCCCGCCGCGCCAAAAGGTGGGCAGATAACGTTGAGTGCCCTCGGCACCTTCGATAATTTCAACCGCTATGCACTGCGCGGCAACCCGGGCGCACGCACCGAGCAGCTGTACGACACGCTATTTACGACTTCCGATGACGAACCAGGCAGTTATTACCCGCTGATTGCTGAAAGCGCACGCTATGCTGACGATTATTCCTGGGTGGAGGTCGCTATTAATCCGCGCGCCCGTTTTCATGATGGTAGCCCCATTACTGCCCGCGATGTAGAGTTTACTTTTCAAAAATTTATGACCGAAGGCGTGCCGCAATTTCGT > CP042583/1847203‑1847762 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |